24小时热门版块排行榜    

查看: 3213  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

rainbow001

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于Autodock中Grid中的问题 已有4人参与

请问各位大侠Autodock的Grid中怎样才能得到gpf格式的文件?操作这步之前必须要打开这个文件吗?另外Docking操作之前一定要打开dpf文件吗?怎么才能得到呢?先谢谢各位大侠了
回复此楼
加油加油
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoqunqunl

金虫 (小有名气)


rainbow001(金币+1):谢谢参与
群主解决问题了吗?
6楼2010-05-11 20:03:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★ ★
rainbow001(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-15 16:46
rainbow001(金币+1): 2010-03-15 21:12
引用回帖:
Originally posted by rainbow001 at 2010-03-15 16:27:50:
请问各位大侠Autodock的Grid中怎样才能得到gpf格式的文件?操作这步之前必须要打开这个文件吗?另外Docking操作之前一定要打开dpf文件吗?怎么才能得到呢?先谢谢各位大侠了

gpf文件是通过GRID操作就可以获得的,先要编辑蛋白质的PDBQT文件,选择配体,设定Gridbox的大小,设定原子类型等等,最后保存就可以了。
dock之前一定要写DPF文件,这个利用MGLtools很容易就能完成,主要包括大分子的选择,算法的选择等等,如果是柔性对接还需要选择柔性的残基等等,最后保存成Dpf文件就可以了。
2楼2010-03-15 16:38:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rainbow001

木虫 (小有名气)

可是这个dpf文件具体在哪做出来的?是Docking还是其他的地方?他应该放在哪个文件夹下?
加油加油
3楼2010-03-16 15:53:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-24 19:01
引用回帖:
Originally posted by rainbow001 at 2010-03-16 15:53:47:
可是这个dpf文件具体在哪做出来的?是Docking还是其他的地方?他应该放在哪个文件夹下?

就是在DOCKING指令下做出来的,你所有的文件都应该在一个文件夹啊~包括PDB,PDBQT,GPF,DPF等等
4楼2010-03-24 17:11:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题,而不是去凝练问题 +7 瞬息宇宙 2026-09-01 14/700 2026-09-02 17:33 by ma0526
[基金申请] 要骂人了,新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西,结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 17/850 2026-09-02 14:04 by anjeeshine
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 10/500 2026-09-02 11:35 by 大不刘6
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗? +5 瞬息宇宙 2026-08-31 5/250 2026-09-02 10:13 by 雨冰共舞
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 8/400 2026-09-02 02:42 by Leogzhya
[基金申请] 面上合作单位盖章 +6 ssyjh 2026-08-27 9/450 2026-09-01 20:01 by huagongfeihu
[基金申请] 面上函评意见出来了,像什么等级? 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
信息提示
请填处理意见