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游子8921铁杆木虫 (知名作家)
游子8921
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[求助]
Autodock对接构象有问题，请教
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这是复合物配体正确的坐标 HETATM 1 C 0 3.265 15.861 8.883 0.00 0.00 0.099 A HETATM 2 C 0 2.378 15.883 7.803 0.00 0.00 0.040 A HETATM 3 C 0 2.690 15.245 6.605 0.00 0.00 0.014 A HETATM 4 C 0 4.481 15.174 8.743 0.00 0.00 0.102 A HETATM 5 C 0 4.782 14.541 7.540 0.00 0.00 0.051 A HETATM 6 C 0 3.906 14.555 6.435 0.00 0.00 -0.033 A HETATM 7 O 0 2.997 16.490 10.083 0.00 0.00 -0.358 OA HETATM 8 H 0 3.803 16.440 10.620 0.00 0.00 0.218 HD HETATM 9 O 0 5.415 15.160 9.766 0.00 0.00 -0.353 OA HETATM 10 C 0 6.402 14.141 9.652 0.00 0.00 0.210 C HETATM 11 C 0 4.287 13.865 5.199 0.00 0.00 0.018 C HETATM 12 C 0 4.993 14.348 4.162 0.00 0.00 0.085 C HETATM 13 C 0 5.326 13.517 2.905 0.00 0.00 0.198 C HETATM 14 O 0 4.407 13.416 2.053 0.00 0.00 -0.645 OA HETATM 15 O 0 6.492 13.045 2.906 0.00 0.00 -0.645 OA 这是对接后配体坐标 HETATM 1 C 0 3.265 15.861 8.883 0.00 0.00 0.099 A HETATM 2 C 0 2.378 15.883 7.803 0.00 0.00 0.040 A HETATM 3 C 0 2.690 15.245 6.605 0.00 0.00 0.014 A HETATM 4 C 0 4.481 15.174 8.743 0.00 0.00 0.102 A HETATM 5 C 0 4.782 14.541 7.540 0.00 0.00 0.051 A HETATM 6 C 0 3.906 14.555 6.435 0.00 0.00 -0.033 A HETATM 7 O 0 2.997 16.490 10.083 0.00 0.00 -0.358 OA HETATM 8 H 0 3.803 16.440 10.620 0.00 0.00 0.218 HD HETATM 9 O 0 5.415 15.160 9.766 0.00 0.00 -0.353 OA HETATM 10 C 0 6.402 14.141 9.652 0.00 0.00 0.210 C HETATM 11 C 0 4.287 13.865 5.199 0.00 0.00 0.018 C HETATM 12 C 0 4.993 14.348 4.162 0.00 0.00 0.085 C HETATM 13 C 0 5.326 13.517 2.905 0.00 0.00 0.198 C HETATM 14 O 0 4.407 13.416 2.053 0.00 0.00 -0.645 OA HETATM 15 O 0 6.492 13.045 2.906 0.00 0.00 -0.645 OA 明显差别较大，我看了构象，对接后配体平躺着。这该怎么处理？请指教 我上传两张图片，第一张是复合物中配体正确构象，第二张是对接后的构象   |
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8楼2013-03-24 21:12:17
游子8921
铁杆木虫 (知名作家)
游子8921
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- 专业: 理论和计算化学
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抱歉复合物配体坐标错了，应该是HETATM 2623 C4 FER A 169 9.641 10.138 14.603 1.00 45.97 C HETATM 2624 C5 FER A 169 8.912 11.273 14.280 1.00 44.51 C HETATM 2625 C6 FER A 169 8.154 11.294 13.124 1.00 43.93 C HETATM 2626 C3 FER A 169 9.632 9.050 13.778 1.00 44.28 C HETATM 2627 C2 FER A 169 8.891 9.061 12.564 1.00 45.02 C HETATM 2628 C1 FER A 169 8.120 10.211 12.261 1.00 44.03 C HETATM 2629 C10 FER A 169 10.437 7.399 15.544 1.00 44.04 C HETATM 2630 C7 FER A 169 7.314 10.472 11.052 1.00 44.58 C HETATM 2631 C8 FER A 169 7.861 11.594 10.595 1.00 41.32 C HETATM 2632 C9 FER A 169 7.751 12.575 9.506 1.00 32.64 C HETATM 2633 O1 FER A 169 7.071 12.505 8.551 1.00 36.22 O HETATM 2634 O2 FER A 169 8.448 13.554 9.605 1.00 30.47 O HETATM 2635 O4 FER A 169 10.381 10.070 15.758 1.00 47.92 O HETATM 2636 O3 FER A 169 10.410 7.999 14.226 1.00 48.42 O |
2楼2011-04-25 10:03:22
御剑江湖
荣誉版主 (著名写手)
天池冶海
- 模拟EPI: 15
- 应助: 7 (幼儿园)
- 贵宾: 6.831
- 金币: 9082.9
- 散金: 8688
- 红花: 129
- 沙发: 4
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- 在线: 1251.7小时
- 虫号: 1229656
- 注册: 2011-03-11
- 专业: 电机与电器
- 管辖: 第一性原理
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近期我版在做活动，去本主题提问，会有很多牛牛会详细回答你，谢谢。 [交流] 【500金币分子模拟版块活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享” 详见：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3119249&fpage=1 【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 御剑江湖 的 500 个金币，回帖就立即获得 1 个金币，每人有1次机会 |
3楼2011-04-25 10:05:48
jawang
木虫 (正式写手)
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4楼2011-04-26 11:36:30
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