应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock对接构象有问题，请教
81/1返回列表
查看: 2080  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

[求助] Autodock对接构象有问题，请教

这是复合物配体正确的坐标
HETATM    1  C           0       3.265  15.861   8.883  0.00  0.00     0.099 A
HETATM    2  C           0       2.378  15.883   7.803  0.00  0.00     0.040 A
HETATM    3  C           0       2.690  15.245   6.605  0.00  0.00     0.014 A
HETATM    4  C           0       4.481  15.174   8.743  0.00  0.00     0.102 A
HETATM    5  C           0       4.782  14.541   7.540  0.00  0.00     0.051 A
HETATM    6  C           0       3.906  14.555   6.435  0.00  0.00    -0.033 A
HETATM    7  O           0       2.997  16.490  10.083  0.00  0.00    -0.358 OA
HETATM    8  H           0       3.803  16.440  10.620  0.00  0.00     0.218 HD
HETATM    9  O           0       5.415  15.160   9.766  0.00  0.00    -0.353 OA
HETATM   10  C           0       6.402  14.141   9.652  0.00  0.00     0.210 C
HETATM   11  C           0       4.287  13.865   5.199  0.00  0.00     0.018 C
HETATM   12  C           0       4.993  14.348   4.162  0.00  0.00     0.085 C
HETATM   13  C           0       5.326  13.517   2.905  0.00  0.00     0.198 C
HETATM   14  O           0       4.407  13.416   2.053  0.00  0.00    -0.645 OA
HETATM   15  O           0       6.492  13.045   2.906  0.00  0.00    -0.645 OA
这是对接后配体坐标
HETATM    1  C           0       3.265  15.861   8.883  0.00  0.00     0.099 A
HETATM    2  C           0       2.378  15.883   7.803  0.00  0.00     0.040 A
HETATM    3  C           0       2.690  15.245   6.605  0.00  0.00     0.014 A
HETATM    4  C           0       4.481  15.174   8.743  0.00  0.00     0.102 A
HETATM    5  C           0       4.782  14.541   7.540  0.00  0.00     0.051 A
HETATM    6  C           0       3.906  14.555   6.435  0.00  0.00    -0.033 A
HETATM    7  O           0       2.997  16.490  10.083  0.00  0.00    -0.358 OA
HETATM    8  H           0       3.803  16.440  10.620  0.00  0.00     0.218 HD
HETATM    9  O           0       5.415  15.160   9.766  0.00  0.00    -0.353 OA
HETATM   10  C           0       6.402  14.141   9.652  0.00  0.00     0.210 C
HETATM   11  C           0       4.287  13.865   5.199  0.00  0.00     0.018 C
HETATM   12  C           0       4.993  14.348   4.162  0.00  0.00     0.085 C
HETATM   13  C           0       5.326  13.517   2.905  0.00  0.00     0.198 C
HETATM   14  O           0       4.407  13.416   2.053  0.00  0.00    -0.645 OA
HETATM   15  O           0       6.492  13.045   2.906  0.00  0.00    -0.645 OA
明显差别较大，我看了构象，对接后配体平躺着。这该怎么处理？请指教
我上传两张图片，第一张是复合物中配体正确构象，第二张是对接后的构象
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
1楼 2011-04-25 10:00:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
抱歉复合物配体坐标错了，应该是HETATM 2623  C4  FER A 169       9.641  10.138  14.603  1.00 45.97           C  
HETATM 2624  C5  FER A 169       8.912  11.273  14.280  1.00 44.51           C  
HETATM 2625  C6  FER A 169       8.154  11.294  13.124  1.00 43.93           C  
HETATM 2626  C3  FER A 169       9.632   9.050  13.778  1.00 44.28           C  
HETATM 2627  C2  FER A 169       8.891   9.061  12.564  1.00 45.02           C  
HETATM 2628  C1  FER A 169       8.120  10.211  12.261  1.00 44.03           C  
HETATM 2629  C10 FER A 169      10.437   7.399  15.544  1.00 44.04           C  
HETATM 2630  C7  FER A 169       7.314  10.472  11.052  1.00 44.58           C  
HETATM 2631  C8  FER A 169       7.861  11.594  10.595  1.00 41.32           C  
HETATM 2632  C9  FER A 169       7.751  12.575   9.506  1.00 32.64           C  
HETATM 2633  O1  FER A 169       7.071  12.505   8.551  1.00 36.22           O  
HETATM 2634  O2  FER A 169       8.448  13.554   9.605  1.00 30.47           O  
HETATM 2635  O4  FER A 169      10.381  10.070  15.758  1.00 47.92           O  
HETATM 2636  O3  FER A 169      10.410   7.999  14.226  1.00 48.42           O
赞一下 回复此楼
为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
2楼2011-04-25 10:03:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

天池冶海

优秀版主
引用回帖:
Originally posted by 游子8921 at 2011-04-25 10:03:22:
抱歉复合物配体坐标错了，应该是HETATM 2623  C4  FER A 169       9.641  10.138  14.603  1.00 45.97           C  
HETATM 2624  C5  FER A 169       8.912  11.273  14.280  1.00 44.51           C  
HET ...

近期我版在做活动，去本主题提问，会有很多牛牛会详细回答你，谢谢。
[交流] 【500金币分子模拟版块活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
详见：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3119249&fpage=1
【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 御剑江湖 的 500 个金币，回帖就立即获得 1 个金币，每人有1次机会
赞一下 回复此楼
莫问前尘事，只怜今世缘，承临纵横风，御剑凡尘路，蹉跎浮华，嬉笑洒脱。
3楼2011-04-25 10:05:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-26 12:14:16
游子8921(金币+10): 终于有救命的啦，能否具体指导下，我快疯掉了QQ592930344.救命啊，高手 2011-04-26 15:49:15
autodock出来的对接构象有蛮多个，和你选择得参数有个，有时打分最好的不一定就是最合理的构象，你可以看看其他几个打分稍微差点的构象，另外你已经有了复合物的晶体结构了，为什么还要做对接呢，目的是什么哦？
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-04-26 11:36:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
啥平躺着什么的呀！docking本来就是糊弄人的东西，跟真实环境诚然不一样了！
赞一下 回复此楼
书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
5楼2011-06-21 19:11:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
赞一下 回复此楼
故地如重游月圆更寂寞
6楼2011-09-05 19:13:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
看不明白了
回复此楼
7楼2012-04-03 20:53:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fycpu

银虫 (小有名气)
从哪里看打分的高低啊？
赞一下 回复此楼
8楼2013-03-24 21:12:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 游子8921 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 289求调剂 +9 怀瑾握瑜l 2026-03-20 9/450 2026-03-25 11:02 by userper
[考研] 生物技术与工程 +3 1294608413 2026-03-25 3/150 2026-03-25 10:45 by hxsm
[考研] 287求调剂 +10 晨昏线与星海 2026-03-19 11/550 2026-03-25 10:35 by userper
[考研] 化学调剂 +6 yzysaa 2026-03-21 6/300 2026-03-25 09:27 by aa331100
[考研] 生物学学硕求调剂 +7 小羊睡着了? 2026-03-23 10/500 2026-03-25 02:24 by 清风拂扬。 m
[考研] 281求调剂 +3 Koxui 2026-03-24 4/200 2026-03-24 22:59 by barlinike
[有机交流] 有机合成求助 20+3 FENGSHUJEI 2026-03-23 5/250 2026-03-24 19:31 by 88817753
[考研] 070300化学求调剂 +9 苑豆豆 2026-03-20 9/450 2026-03-24 17:15 by licg0208
[考研] 300求调剂，材料科学英一数二 +5 leaflight 2026-03-24 5/250 2026-03-24 16:25 by laoshidan
[考研] 一志愿哈工大，085400，320，求调剂 +3 gdlf9999 2026-03-24 3/150 2026-03-24 10:08 by 搏击518
[考研] 求材料，环境专业调剂 +3 18567500178 2026-03-18 3/150 2026-03-23 23:50 by 热情沙漠
[考研] 求调剂 +7 十三加油 2026-03-21 7/350 2026-03-23 23:48 by 热情沙漠
[论文投稿] 急发核心期刊论文 +3 贤达问津 2026-03-23 5/250 2026-03-23 17:13 by 妹子不好惹
[考研] 291 求调剂 +4 化工2026届毕业� 2026-03-21 5/250 2026-03-23 16:46 by 化工2026届毕业�
[考研] 350求调剂 +6 weudhdk 2026-03-19 6/300 2026-03-23 15:47 by tangyuan0840221
[考研] 接收2026硕士调剂(学硕+专硕) +4 allen-yin 2026-03-23 6/300 2026-03-23 15:04 by 汪！？！
[考研] 275求调剂 +6 shansx 2026-03-22 8/400 2026-03-22 15:27 by barlinike
[考研] 269专硕求调剂 +6 金恩贝 2026-03-21 6/300 2026-03-22 14:31 by ColorlessPI
[考研] 297求调剂 +3 喜欢还是不甘心 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:33 by 学员8dgXkO
[考研] 317求调剂 +5 申子申申 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:26 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭