应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 请问，蛋白质分子在不同温度下的构象能否模拟出来？
51/1返回列表
查看: 1627  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

kzyl

银虫 (正式写手)

[求助] 请问，蛋白质分子在不同温度下的构象能否模拟出来？

如题：我想提取在不同温度下蛋白质发生构象变化时的原子坐标，这样就能得到蛋白在不同温度下的构象的三维结构，也就是中间态的结构，不知道用能否实现？用什么软件能得到？请大侠不吝赐教！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-06-12 09:40:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minwell

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-12 15:45:31
MD是可以实现这种功能的，针对你的目的，gromacs,namd以及AMBER都可以实现，但是要观察到折叠态到非折叠的过程，模拟的时间可能需要足够的长~

我想知道模拟的初始结构呢，是折叠态么？
赞一下 回复此楼
6楼2013-02-25 20:28:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-06-12 15:45:38
kzyl: 金币+5, ★有帮助, 5 2012-06-18 10:38:34
这个很容易得到吧，用任意一个MD模拟软件，模拟不同温度，然后在VMD中导入轨迹文件就能看到不同温度下是三维结构
赞一下 回复此楼
2楼2012-06-12 13:44:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流,哈哈，z版主解答的更细致！赞一个 2012-06-12 16:17:47
kzyl: 金币+5 2012-06-18 10:38:42
MD是可以实现这种功能的，针对你的目的，gromacs,namd以及AMBER都可以实现，但是要观察到折叠态到非折叠的过程，模拟的时间可能需要足够的长~
赞一下 回复此楼
3楼2012-06-12 15:45:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kzyl

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-12 15:45:31
MD是可以实现这种功能的，针对你的目的，gromacs,namd以及AMBER都可以实现，但是要观察到折叠态到非折叠的过程，模拟的时间可能需要足够的长~

不知道楼上可知道：用sybyl或DS软件可以达到这个目的吗？
赞一下 回复此楼
4楼2012-06-18 10:39:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +3 基诺咪客 2026-08-17 3/150 2026-08-17 15:25 by xinshengwu
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +12 Ldrop2023 2026-08-13 15/750 2026-08-17 15:02 by 小豌豆_发芽
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +7 wangze12014 2026-08-14 9/450 2026-08-17 14:59 by wangze12014
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +33 医学老男孩 2026-08-13 80/4000 2026-08-17 14:40 by yq199112088
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 EWi2p09MOOv8 2026-08-16 6/300 2026-08-17 14:02 by EYK67XJMj64E
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 6/300 2026-08-17 13:58 by EYK67XJMj64E
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 4/200 2026-08-17 13:49 by EYK67XJMj64E
[论文投稿] 岩土工程学报什么时候才能终审完呐 25+3 yeager111 2026-08-10 4/200 2026-08-16 20:42 by tfang
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭