24小时热门版块排行榜    

查看: 1612  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

kzyl

银虫 (正式写手)

[求助] 请问,蛋白质分子在不同温度下的构象能否模拟出来?

如题:我想提取在不同温度下蛋白质发生构象变化时的原子坐标,这样就能得到蛋白在不同温度下的构象的三维结构,也就是中间态的结构,不知道用能否实现?用什么软件能得到?请大侠不吝赐教!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minwell

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by zh1987hs at 2013-02-25 20:56:19
是的...

好的,谢谢了。。能做从非折叠态到折叠态的动力学学模拟呢,用什么软件呢?谢谢
8楼2013-02-26 15:40:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-06-12 15:45:38
kzyl: 金币+5, 有帮助, 5 2012-06-18 10:38:34
这个很容易得到吧,用任意一个MD模拟软件,模拟不同温度,然后在VMD中导入轨迹文件就能看到不同温度下是三维结构
2楼2012-06-12 13:44:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流,哈哈,z版主解答的更细致!赞一个 2012-06-12 16:17:47
kzyl: 金币+5 2012-06-18 10:38:42
MD是可以实现这种功能的,针对你的目的,gromacs,namd以及AMBER都可以实现,但是要观察到折叠态到非折叠的过程,模拟的时间可能需要足够的长~
3楼2012-06-12 15:45:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kzyl

银虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-12 15:45:31
MD是可以实现这种功能的,针对你的目的,gromacs,namd以及AMBER都可以实现,但是要观察到折叠态到非折叠的过程,模拟的时间可能需要足够的长~

不知道楼上可知道:用sybyl或DS软件可以达到这个目的吗?
4楼2012-06-18 10:39:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 澳大利亚 Murdoch University 全奖博士招生(3个名额)地质化工冶金领域 +38 AI8RaGaPaSCR 2026-08-07 40/2000 2026-08-13 23:45 by 9kfQ6ZJVaWOC
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +10 医学老男孩 2026-08-13 28/1400 2026-08-13 22:44 by 医学老男孩
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] FileCode能看出啥? +10 要乐观耀哥 2026-08-10 28/1400 2026-08-13 17:51 by 医学老男孩
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +9 家与远方 2026-08-10 14/700 2026-08-13 09:41 by 臭臭不臭01
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
信息提示
请填处理意见