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kzyl

银虫 (正式写手)

[求助] 请问,蛋白质分子在不同温度下的构象能否模拟出来?

如题:我想提取在不同温度下蛋白质发生构象变化时的原子坐标,这样就能得到蛋白在不同温度下的构象的三维结构,也就是中间态的结构,不知道用能否实现?用什么软件能得到?请大侠不吝赐教!
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by minwell at 2013-02-26 15:40:57
好的,谢谢了。。能做从非折叠态到折叠态的动力学学模拟呢,用什么软件呢?谢谢...

这个貌似用MD做不了,我对具体的原因不是特别了解,不敢瞎说误导你,权且一听哈,就是MD只能取得能量的局部最小值,但是取不到全局最小值,因此很难取到折叠态所具有的构象。
9楼2013-02-26 22:18:36
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-06-12 15:45:38
kzyl: 金币+5, 有帮助, 5 2012-06-18 10:38:34
这个很容易得到吧,用任意一个MD模拟软件,模拟不同温度,然后在VMD中导入轨迹文件就能看到不同温度下是三维结构
2楼2012-06-12 13:44:16
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流,哈哈,z版主解答的更细致!赞一个 2012-06-12 16:17:47
kzyl: 金币+5 2012-06-18 10:38:42
MD是可以实现这种功能的,针对你的目的,gromacs,namd以及AMBER都可以实现,但是要观察到折叠态到非折叠的过程,模拟的时间可能需要足够的长~
3楼2012-06-12 15:45:31
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kzyl

银虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-12 15:45:31
MD是可以实现这种功能的,针对你的目的,gromacs,namd以及AMBER都可以实现,但是要观察到折叠态到非折叠的过程,模拟的时间可能需要足够的长~

不知道楼上可知道:用sybyl或DS软件可以达到这个目的吗?
4楼2012-06-18 10:39:34
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