同源建模之----分别建模 - 分子模拟 - MS - 小木虫论坛-学术科研互动平台

版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

返回列表

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2012-05-19 19:52:47

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

liuwei4410

金虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 942.4
帖子: 634
在线: 115.8小时
虫号: 1272527

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-22 08:59:55
ghs25372216: 金币+1 2012-05-22 10:39:43

可以同时综合这2个模板进行模建的。

赞一下

回复此楼

2楼2012-05-22 08:28:50

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

huairpan

木虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 4893.3
帖子: 393
在线: 326.2小时
虫号: 320609

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-22 09:00:17
ghs25372216: 金币+1 2012-05-22 10:41:32

希望你所找到的这两个模板由部分重叠，比如模板A的N末端为1234等，同时模板B的C末端为4321等。这样可以讲两个模板叠合（overlalp）.insightII里面有相关的模块完成该功能。

赞一下

回复此楼

3楼2012-05-22 08:55:51

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wavingsea9911

木虫 (小有名气)

模拟EPI: 1
应助: 2 (幼儿园)
金币: 639.7
帖子: 231
在线: 73.7小时
虫号: 565734

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
ghs25372216: 金币+1 2012-05-22 10:41:28
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-22 13:56:47

这个问题还是要做一些文献调研工作，考察你研究的这个蛋白是否有同族的晶体结构，哪怕序列相似度很低也没关系，有些蛋白家族的一维序列变化很大，但三维结构比较保守，比如GPCR蛋白就是如此。找到同族的蛋白晶体作为最终结合模板，再进行多步动力学优化，有可能得到一个比较合理的模型。
这篇文章里的工作和你的需求比较相似，对GPCR蛋白的7个过膜螺旋使用不同的模板进行建模，最后组装到一起。你可以参考一下。
Molecular Mechanism of Action for Reversible P2Y12 Antagonists, Biophys. Chem., 155 (2011) 74-81.

赞一下

回复此楼

4楼2012-05-22 10:12:13

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖