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1楼 2012-05-19 19:52:47

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liuwei4410

金虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 942.4
帖子: 634
在线: 115.8小时
虫号: 1272527

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-22 08:59:55
ghs25372216: 金币+1 2012-05-22 10:39:43

可以同时综合这2个模板进行模建的。

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2楼2012-05-22 08:28:50

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huairpan

木虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 4893.3
帖子: 393
在线: 326.2小时
虫号: 320609

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-22 09:00:17
ghs25372216: 金币+1 2012-05-22 10:41:32

希望你所找到的这两个模板由部分重叠，比如模板A的N末端为1234等，同时模板B的C末端为4321等。这样可以讲两个模板叠合（overlalp）.insightII里面有相关的模块完成该功能。

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3楼2012-05-22 08:55:51

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wavingsea9911

木虫 (小有名气)

模拟EPI: 1
应助: 2 (幼儿园)
金币: 639.7
帖子: 231
在线: 73.7小时
虫号: 565734

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
ghs25372216: 金币+1 2012-05-22 10:41:28
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-22 13:56:47

这个问题还是要做一些文献调研工作，考察你研究的这个蛋白是否有同族的晶体结构，哪怕序列相似度很低也没关系，有些蛋白家族的一维序列变化很大，但三维结构比较保守，比如GPCR蛋白就是如此。找到同族的蛋白晶体作为最终结合模板，再进行多步动力学优化，有可能得到一个比较合理的模型。
这篇文章里的工作和你的需求比较相似，对GPCR蛋白的7个过膜螺旋使用不同的模板进行建模，最后组装到一起。你可以参考一下。
Molecular Mechanism of Action for Reversible P2Y12 Antagonists, Biophys. Chem., 155 (2011) 74-81.

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4楼2012-05-22 10:12:13

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