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1楼 2012-05-19 19:52:47

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wavingsea9911

木虫 (小有名气)

模拟EPI: 1
应助: 2 (幼儿园)
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虫号: 565734

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
ghs25372216: 金币+1 2012-05-22 10:41:28
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-22 13:56:47

这个问题还是要做一些文献调研工作，考察你研究的这个蛋白是否有同族的晶体结构，哪怕序列相似度很低也没关系，有些蛋白家族的一维序列变化很大，但三维结构比较保守，比如GPCR蛋白就是如此。找到同族的蛋白晶体作为最终结合模板，再进行多步动力学优化，有可能得到一个比较合理的模型。
这篇文章里的工作和你的需求比较相似，对GPCR蛋白的7个过膜螺旋使用不同的模板进行建模，最后组装到一起。你可以参考一下。
Molecular Mechanism of Action for Reversible P2Y12 Antagonists, Biophys. Chem., 155 (2011) 74-81.