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ghs25372216

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1楼 2012-05-19 19:52:47
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wavingsea9911

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
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ghs25372216: 金币+1 2012-05-22 10:41:28
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-22 13:56:47
这个问题还是要做一些文献调研工作，考察你研究的这个蛋白是否有同族的晶体结构，哪怕序列相似度很低也没关系，有些蛋白家族的一维序列变化很大，但三维结构比较保守，比如GPCR蛋白就是如此。找到同族的蛋白晶体作为最终结合模板，再进行多步动力学优化，有可能得到一个比较合理的模型。
这篇文章里的工作和你的需求比较相似，对GPCR蛋白的7个过膜螺旋使用不同的模板进行建模，最后组装到一起。你可以参考一下。
Molecular Mechanism of Action for Reversible P2Y12 Antagonists, Biophys. Chem., 155 (2011) 74-81.
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4楼2012-05-22 10:12:13
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liuwei4410

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-22 08:59:55
ghs25372216: 金币+1 2012-05-22 10:39:43
可以同时综合这2个模板进行模建的。
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2楼2012-05-22 08:28:50
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huairpan

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-22 09:00:17
ghs25372216: 金币+1 2012-05-22 10:41:32
希望你所找到的这两个模板由部分重叠，比如模板A的N末端为1234等，同时模板B的C末端为4321等。这样可以讲两个模板叠合（overlalp）.insightII里面有相关的模块完成该功能。
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3楼2012-05-22 08:55:51
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)
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5楼2012-05-22 10:39:33
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