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119904386铁虫 (小有名气)
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请教大家，跨膜蛋白的同源建模，遇到了困难
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使用DS对一个跨膜蛋白尝试进行同源建模。创腾公司的视频教程里是以GLP-1R蛋白为例，采取胞外区和跨膜区分开的策略，胞外区的模板是blast得到的，这个没问题；跨膜区没有搜索到同源性较高的模板，于是就“查阅文献，采用与GLP最相近的蛋白质家族中分辨率最高的1UL9“作为模板。在跨膜区的序列比对中，对目标蛋白GLP-1R和1UL9跨膜区的二级结构也进行了预测，发现基本吻合，然后继续进行后面的操作。 我的目标蛋白是MHC的一部分，并且为胞外区、跨膜区、胞内区三部分。现在的问题是，跨膜区与例子类似也是没有blast到同源性较高的模板，然后拿同属超MHC家族的人、鼠等MHC作为模板，跨膜区的序列比对发现，二级结构并不吻合，就在这里卡壳了。protein data bank里面的MHC结构有很多，但是似乎都是胞外部分，未发现有包含跨膜区的三维结构，也就是说，没有找到自己的”1UL9“。请问大家，我该怎么办呢？ PS:同源建模当然是蛋白质结构预测最为流行的方法，文献多如牛毛。那么折叠模式识别是否在近几年已经无人问津了呢？我在I-TASSER上试了一下，模型倒也差不多，只是需要优化。我没有找到类似最近的关于折叠模式识别的文献，各位专家有的话请共享一下吧，哈哈 [ Last edited by 119904386 on 2011-10-10 at 23:05 ] |
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