| 查看: 1344 | 回复: 3 | ||
119904386铁虫 (小有名气)
|
[求助]
请教大家，跨膜蛋白的同源建模，遇到了困难
|
|
使用DS对一个跨膜蛋白尝试进行同源建模。创腾公司的视频教程里是以GLP-1R蛋白为例，采取胞外区和跨膜区分开的策略，胞外区的模板是blast得到的，这个没问题；跨膜区没有搜索到同源性较高的模板，于是就“查阅文献，采用与GLP最相近的蛋白质家族中分辨率最高的1UL9“作为模板。在跨膜区的序列比对中，对目标蛋白GLP-1R和1UL9跨膜区的二级结构也进行了预测，发现基本吻合，然后继续进行后面的操作。 我的目标蛋白是MHC的一部分，并且为胞外区、跨膜区、胞内区三部分。现在的问题是，跨膜区与例子类似也是没有blast到同源性较高的模板，然后拿同属超MHC家族的人、鼠等MHC作为模板，跨膜区的序列比对发现，二级结构并不吻合，就在这里卡壳了。protein data bank里面的MHC结构有很多，但是似乎都是胞外部分，未发现有包含跨膜区的三维结构，也就是说，没有找到自己的”1UL9“。请问大家，我该怎么办呢？ PS:同源建模当然是蛋白质结构预测最为流行的方法，文献多如牛毛。那么折叠模式识别是否在近几年已经无人问津了呢？我在I-TASSER上试了一下，模型倒也差不多，只是需要优化。我没有找到类似最近的关于折叠模式识别的文献，各位专家有的话请共享一下吧，哈哈 [ Last edited by 119904386 on 2011-10-10 at 23:05 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急
已经有7人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急
已经有11人回复
-
为什么中国大学工科教授们水了那么多所谓的顶会顶刊，但还是做不出宇树机器人？
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急
已经有9人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 膜蛋白Gromacs模拟的问题
已经有5人回复
- 膜蛋白的跨膜区分析图看不懂，截图如下，请各位大神帮看看。。。
已经有3人回复
- 大家在做蛋白同源模拟的时候，如何把不同结构域的分别建模连接到一起？
已经有30人回复
- 求助！蛋白质同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么办？
已经有12人回复
- 膜蛋白通过TMHMM预测怎么没有跨膜区啊
已经有5人回复
- 膜蛋白的蛋白质互作还是很迷惑，请指点！
已经有6人回复
- 请教140KD蛋白的转膜条件
已经有20人回复
- 求助蛋白质三维建模
已经有11人回复
- 请教界面模型及优化错误
已经有4人回复
- 跨膜蛋白原核表达、纯化
已经有10人回复
- 请教膜上如何除霉菌
已经有3人回复
- "4次跨膜蛋白"中的“4次”指的是什么？
已经有3人回复
- 如何提细胞跨膜蛋白？急求！
已经有7人回复
- 同源建模之----分别建模
已经有7人回复
- 做过跨膜蛋白原核表达的战友过来看看哦
已经有18人回复
- 同源建模，希望建的蛋白质结构，N端和C端分别使用不同的蛋白模版，请教
已经有11人回复
- 请教大家关于药品辅料没有批文的问题
已经有5人回复
- 做16S rDNA鉴定时进行同源性比较的方法！！
已经有18人回复
- 这种跨膜蛋白的图用什么软件能画？
已经有11人回复
- 【求助】modeller同源建模结果选择
已经有10人回复
- 【求助/交流】请问什么是Ⅰ型和Ⅱ型跨膜蛋白？有什么区别呢？O(∩_∩)O谢谢！
已经有4人回复
- 【求助/交流】做过膜蛋白表达的看过来
已经有12人回复
119904386
铁虫 (小有名气)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 1120.3
- 散金: 110
- 红花: 2
- 帖子: 82
- 在线: 72.4小时
- 虫号: 1049516
- 注册: 2010-06-29
- 性别: GG
- 专业: 兽医传染病学
2楼2011-10-16 20:19:19
119904386
铁虫 (小有名气)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 1120.3
- 散金: 110
- 红花: 2
- 帖子: 82
- 在线: 72.4小时
- 虫号: 1049516
- 注册: 2010-06-29
- 性别: GG
- 专业: 兽医传染病学
3楼2011-10-20 15:13:42
明日又天涯
捐助贵宾 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 345.2
- 帖子: 176
- 在线: 131.8小时
- 虫号: 210386
- 注册: 2006-03-07
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2012-10-19 14:48:47
