| 查看: 4592 | 回复: 18 | |||||||
| 【奖励】 本帖被评价14次，作者tuobaohua增加金币 11 个 | |||||||
| 本帖产生 1 个 MicEPI ，点击这里进行查看 | |||||||
[资源]
做16S rDNA鉴定时进行同源性比较的方法！！
|
|||||||
|
前面我已经在环境版块公布了测序结果的处理方法及对测序结果的评判方法，如果有虫友需要了解可以在环境版块的资源帖查到到，现在本人紧接着上一步操作，整理出做16S rDNA鉴定时进行同源性比较的方法，希望对部分刚涉及到此方面的虫友有所帮助。 （2）序列同源性比较方法： 1，打开网页http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi; 2，在网页的中间部分有个“Basic BLAST”，其下有一个选项“nucleotide blast”; 3，点开“nucleotide blast”，出现一个空白框，上面有一行字“Enter accession number(s),gi(s),or FASTA sequence(s)”，将你的序列复制到这个空白框中； 4，其他的都不变，不必添加什么。注意网页中间部分有个Database，选中“Others (nr etc.)”; 5，点击网页下部的“BLAST”按钮，等待数十秒钟（不要急，多等一会哈！！），直到网页中出现一个很大的表格； 6，这个表格就是和你的细菌的16S rDNA序列相似性很高的序列。 Accession:去掉后面的“.1”就是可以查序列的GenBank登录号了； Description:对菌株的描述； 7，把那个表格拖过去，会有很长很长一段对每个相似度较高序列的说明，其中在各个序列的前段部分会有以下几个数值： Score：提交的序列和搜索出的序列之间的分值，越高说明越相似； Expect：比对的期望值，比对越好，expect越小。一般在核酸层次的比对，expect值小于1e-10时，就算比对很好了，多数情况下为0； Identities：提交的序列好参比序列的相似性； Gaps：空位，指对不上位的碱基数目； Strand：链的方向，Plus/Minus意味着提交的序列和参比序列是反向互补的；Plus/Plus意味着二者是皆为正向； 8，这样就可以从那个表格中挑选出一些有代表性的菌株，拷贝其16S rDNA序列，用于进一步的系统发育树分析； 系统发育树构建见下文。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 收藏 | 微生物+英语+情商=？ | 微生物 | 我喜欢的 |
| 伦伦天马行空 |
» 猜你喜欢
考研化学学硕调剂，一志愿985
已经有5人回复
-
286求调剂
已经有4人回复
-
328求调剂，英语六级551，有科研经历
已经有4人回复
-
机械专硕325，寻找调剂院校
已经有5人回复
-
材料专硕306英一数二
已经有6人回复
-
伙伴们，祝我生日快乐吧
已经有26人回复
-
333求调剂
已经有7人回复
-
0854控制工程 359求调剂 可跨专业
已经有9人回复
-
梁成伟老师课题组欢迎你的加入
已经有9人回复
-
化学调剂0703
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 16s RNA鉴定细菌测序需要多少钱
已经有12人回复
- 关于16S 提取菌种鉴定
已经有7人回复
- 怎么做菌种鉴定
已经有20人回复
- 关于16s RNA测序
已经有3人回复
- 为什么细菌鉴定需要结合生理生化和16S rDNA鉴定
已经有3人回复
- 16S rDNA和16S rRNA区别
已经有3人回复
- rDNA-ITS序列分析？
已经有4人回复
- 同源序列比对的图怎么做
已经有5人回复
- 怎样判断两个靶点的同源性
已经有3人回复
- 用16S测序鉴定单一菌株的困惑
已经有15人回复
- 核酸序列比对方法
已经有8人回复
- 16S rDNA 鉴定细菌的方法及其注意事项
已经有236人回复
- 同源性比对！！！
已经有4人回复
- 求教 放线菌 16S rDNA 比对
已经有4人回复
- 16S rDNA测序问题
已经有21人回复
- 土壤微生物16s rDNA 18s rDNA 抑制扩增不出来？？？？？？
已经有12人回复
- 请教大家，跨膜蛋白的同源建模，遇到了困难
已经有3人回复
- 菌株16S rDNA同源性分析方法！！
已经有5人回复
- 16S rRNA 和16S rDNA的区别
已经有10人回复
- 16S rDNA测序问题
已经有3人回复
- 16s rDNA 扩增引物的选择
已经有9人回复
- 【求助/交流】NCBI中的核酸序列方向？
已经有5人回复
- 【求助/交流】16s rDNA,在NCBI blast
已经有3人回复
- 【求助/交流】16S rDNA测序 系统发育树构建 急！！！
已经有6人回复
- 【求助/交流】人的同源性
已经有14人回复
6楼2011-09-10 12:56:25
7楼2011-09-11 07:49:14
9楼2012-03-29 17:19:45
10楼2012-03-30 08:33:15
11楼2012-04-03 18:09:55
12楼2012-04-03 18:10:37
13楼2012-04-08 13:49:39
14楼2012-06-01 09:43:38
★★★★★ 五星级,优秀推荐
|
我也想请教一下楼主，我也是，一个序列blast后，前4个的各项参数是一模一样的，而对应的菌株Rhizobium sp.XjGEB-70 ，Agrobacterium tumefaciens strain XjGEB-58， Rhizobium sp. XjGEN-53 和 Rhizobium sp. CCNWSX0504，这种情况应该怎样确定？还有就是blast前Choose Search Set一项中，选others后，下方有个下拉菜单，是选择Nucleotide collection 还是16s ribosomal RNA sequence( bacteria and archaea)，同一个序列选择不同的结果不一致 望楼主指教 |
15楼2012-09-28 19:35:28
16楼2012-09-28 19:38:46
17楼2012-11-14 20:27:39
简单回复
来一桶2楼
2011-07-31 08:19
回复
五星好评 
xp1987663楼
2011-07-31 16:49
回复
五星好评 
2011-08-09 09:06
回复
五星好评 
2011-08-10 13:55
回复
五星好评 
瓶儿花8楼
2011-09-11 11:58
回复
五星好评
winter200218楼
2013-01-23 10:18
回复
五星好评 
little198419楼
2013-05-22 16:13
回复
五星好评
