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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 求教 放线菌 16S rDNA 比对
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hnny505

金虫 (小有名气)

[求助] 求教 放线菌 16S rDNA 比对

本人想鉴定一株放线菌，采用通用引物扩增的16S rNDA经测序后与NCBI基因库进行在线blast比对，发现基因库中有很多菌株与该菌株相似性达99%以上（绝大多数是链霉菌），我想请教这种情况下构建系统发育树有意义吗？如果有的话，该怎么挑选相似性的菌株进行建树才具有科学性呢，敢请哪位知情的大侠指点一二，小弟拜谢了！
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1楼2012-12-07 16:08:44
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jiaying613

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hnny505: 金币+15, ★★★很有帮助, 提供另一种途径 2012-12-08 16:59:34
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励应助 2012-12-08 17:19:46
放线菌可以不到NCBI上去比对 到EzTaxon 服务器上去找模式菌株建树
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hnny505
2楼2012-12-08 15:29:56
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hnny505

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
内容已删除
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3楼2012-12-08 16:58:55
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zqp9110

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
RDP也可以试试http://rdp.cme.msu.edu
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BEYOND
4楼2012-12-09 21:43:32
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hnny505

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zqp9110 at 2012-12-09 21:43:32
RDP也可以试试http://rdp.cme.msu.edu
用 CLASSIFIER

谢谢热心的大侠啊
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5楼2012-12-13 10:36:42
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