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hnny505

金虫 (小有名气)

[求助] 求教 放线菌 16S rDNA 比对

本人想鉴定一株放线菌,采用通用引物扩增的16S rNDA经测序后与NCBI基因库进行在线blast比对,发现基因库中有很多菌株与该菌株相似性达99%以上(绝大多数是链霉菌),我想请教这种情况下构建系统发育树有意义吗?如果有的话,该怎么挑选相似性的菌株进行建树才具有科学性呢,敢请哪位知情的大侠指点一二,小弟拜谢了!
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jiaying613

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
hnny505: 金币+15, ★★★很有帮助, 提供另一种途径 2012-12-08 16:59:34
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励应助 2012-12-08 17:19:46
放线菌可以不到NCBI上去比对 到EzTaxon 服务器上去找模式菌株建树

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2012-12-08 15:29:56
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hnny505

金虫 (小有名气)

送鲜花一朵
内容已删除
3楼2012-12-08 16:58:55
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zqp9110

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
RDP也可以试试http://rdp.cme.msu.edu
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BEYOND
4楼2012-12-09 21:43:32
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hnny505

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zqp9110 at 2012-12-09 21:43:32
RDP也可以试试http://rdp.cme.msu.edu
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谢谢热心的大侠啊
5楼2012-12-13 10:36:42
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