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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 关于未知菌的16s rDNA序列在ncbi上分析的结果很奇怪
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放肆猫某人

铜虫 (小有名气)

[交流] 关于未知菌的16s rDNA序列在ncbi上分析的结果很奇怪 已有1人参与

做了差不多一个月的分子实验，小小本科生到现在都还没回家，班上女生就我一个没回去过了，各种想家啊。昨天上海那边终于把测序结果返过来，很奇怪，blast后发现貌似没有芽孢杆菌的类似菌做对比，相反都是没有芽孢的菌，（挑去培养一天的单菌落，做过芽孢染色，知道至少是芽孢杆菌），做实验的时候觉得可能自己无菌操作有问题，因为培养液浑浊沉淀根本不一样，有的有分层，有的是均匀的浑浊，各位大神也可以帮忙看下我发的另外一帖子（http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6209229），里面有关于无菌操作现象的详细描述。
然后我查了下给出的类似菌种，发现大多是杆菌，只是没芽孢，跟我镜检下的情况也类似，因为芽孢染色效果不理想，大多只能看到杆菌，而且培养时间16个小时，看不到大量芽孢，所以不确定是否染菌了，但是这个结果返回来之后，我就慌了，没一种是芽孢杆菌，是不是真的意味着我操作有问题啊，全错啊。还是我自己不会用blast，技术渣啊？我把序列附上了，希望大神帮我看下是不是真的不是芽孢杆菌。如果不是，我实验就全白搭了，时间也浪费了，钱也浪费了，好心疼，好想家啊。cry:
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    • 2013-08-15 20:10:00, 1.26 K

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1楼 2013-08-15 20:10:07
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eagles123

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你这个序列可能是质量不好啊，检查下质量先。你P的16S? BLAST 出来 没合格的match。
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2楼2013-08-15 21:28:45
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放肆猫某人

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by eagles123 at 2013-08-15 21:28:45
你这个序列可能是质量不好啊，检查下质量先。你P的16S? BLAST 出来 没合格的match。

!!!那请问下我要如何检查质量呢？难道要重做吗~
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3楼2013-08-15 21:36:11
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放肆猫某人

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by eagles123 at 2013-08-15 21:28:45
你这个序列可能是质量不好啊，检查下质量先。你P的16S? BLAST 出来 没合格的match。

对了 我还想问下为什么只有1100+bp 不是应该有1500左右吗 我电泳条带都在1500bp附近~
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4楼2013-08-15 21:38:58
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放肆猫某人

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by eagles123 at 2013-08-15 21:28:45
你这个序列可能是质量不好啊，检查下质量先。你P的16S? BLAST 出来 没合格的match。

额 还可不可以再多问一个问题呀 这跟染菌与否有关吗 谢谢啦~
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5楼2013-08-15 21:41:29
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eagles123

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
测序公司应该会给你个质量报告， 里面有每个碱基的波形，你看下这些波峰强不强 是不是独立的
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6楼2013-08-15 21:41:39
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eagles123

金虫 (正式写手)
染没染菌 不好说 要看到具体的东西才知道
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7楼2013-08-15 21:43:07
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eagles123

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 放肆猫某人 at 2013-08-15 21:38:58
对了 我还想问下为什么只有1100+bp 不是应该有1500左右吗 我电泳条带都在1500bp附近~...

还是看质量

[ Last edited by eagles123 on 2013-8-15 at 21:46 ]
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8楼2013-08-15 21:45:32
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放肆猫某人

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by eagles123 at 2013-08-15 21:41:39
测序公司应该会给你个质量报告， 里面有每个碱基的波形，你看下这些波峰强不强 是不是独立的

这个是老师给我的 测序结果都是发给老师的 我要跟老师讲吗？
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9楼2013-08-16 12:10:44
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放肆猫某人

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by eagles123 at 2013-08-15 21:43:07
染没染菌 不好说 要看到具体的东西才知道

那请问具体是看什么东西呢 ？
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10楼2013-08-16 12:11:07
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