24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 1811  |  回复: 10

放肆猫某人

铜虫 (小有名气)

[交流] 关于未知菌的16s rDNA序列在ncbi上分析的结果很奇怪已有1人参与

做了差不多一个月的分子实验,小小本科生到现在都还没回家,班上女生就我一个没回去过了,各种想家啊。昨天上海那边终于把测序结果返过来,很奇怪,blast后发现貌似没有芽孢杆菌的类似菌做对比,相反都是没有芽孢的菌,(挑去培养一天的单菌落,做过芽孢染色,知道至少是芽孢杆菌),做实验的时候觉得可能自己无菌操作有问题,因为培养液浑浊沉淀根本不一样,有的有分层,有的是均匀的浑浊,各位大神也可以帮忙看下我发的另外一帖子(http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6209229),里面有关于无菌操作现象的详细描述。
然后我查了下给出的类似菌种,发现大多是杆菌,只是没芽孢,跟我镜检下的情况也类似,因为芽孢染色效果不理想,大多只能看到杆菌,而且培养时间16个小时,看不到大量芽孢,所以不确定是否染菌了,但是这个结果返回来之后,我就慌了,没一种是芽孢杆菌,是不是真的意味着我操作有问题啊,全错啊。还是我自己不会用blast,技术渣啊?我把序列附上了,希望大神帮我看下是不是真的不是芽孢杆菌。如果不是,我实验就全白搭了,时间也浪费了,钱也浪费了,好心疼,好想家啊。cry:
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : ZB08110002(BACLILLUSSUBTIHIS)M13+_G02.seq
  • 2013-08-15 20:10:00, 1.26 K

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

eagles123

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你这个序列可能是质量不好啊,检查下质量先。你P的16S? BLAST 出来 没合格的match。
2楼2013-08-15 21:28:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

放肆猫某人

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by eagles123 at 2013-08-15 21:28:45
你这个序列可能是质量不好啊,检查下质量先。你P的16S? BLAST 出来 没合格的match。

!!!那请问下我要如何检查质量呢?难道要重做吗~
3楼2013-08-15 21:36:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

放肆猫某人

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by eagles123 at 2013-08-15 21:28:45
你这个序列可能是质量不好啊,检查下质量先。你P的16S? BLAST 出来 没合格的match。

对了 我还想问下为什么只有1100+bp 不是应该有1500左右吗 我电泳条带都在1500bp附近~
4楼2013-08-15 21:38:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

放肆猫某人

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by eagles123 at 2013-08-15 21:28:45
你这个序列可能是质量不好啊,检查下质量先。你P的16S? BLAST 出来 没合格的match。

额 还可不可以再多问一个问题呀 这跟染菌与否有关吗 谢谢啦~
5楼2013-08-15 21:41:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

eagles123

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
测序公司应该会给你个质量报告, 里面有每个碱基的波形,你看下这些波峰强不强 是不是独立的
6楼2013-08-15 21:41:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

eagles123

金虫 (正式写手)

染没染菌 不好说 要看到具体的东西才知道
7楼2013-08-15 21:43:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

eagles123

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 放肆猫某人 at 2013-08-15 21:38:58
对了 我还想问下为什么只有1100+bp 不是应该有1500左右吗 我电泳条带都在1500bp附近~...

还是看质量

[ Last edited by eagles123 on 2013-8-15 at 21:46 ]
8楼2013-08-15 21:45:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

放肆猫某人

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by eagles123 at 2013-08-15 21:41:39
测序公司应该会给你个质量报告, 里面有每个碱基的波形,你看下这些波峰强不强 是不是独立的

这个是老师给我的 测序结果都是发给老师的 我要跟老师讲吗?
9楼2013-08-16 12:10:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

放肆猫某人

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by eagles123 at 2013-08-15 21:43:07
染没染菌 不好说 要看到具体的东西才知道

那请问具体是看什么东西呢 ?
10楼2013-08-16 12:11:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 放肆猫某人 的主题更新
普通表情 高级回复(可上传附件)
信息提示
请填处理意见