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放肆猫某人

铜虫 (小有名气)

[交流] 关于未知菌的16s rDNA序列在ncbi上分析的结果很奇怪 已有1人参与

做了差不多一个月的分子实验,小小本科生到现在都还没回家,班上女生就我一个没回去过了,各种想家啊。昨天上海那边终于把测序结果返过来,很奇怪,blast后发现貌似没有芽孢杆菌的类似菌做对比,相反都是没有芽孢的菌,(挑去培养一天的单菌落,做过芽孢染色,知道至少是芽孢杆菌),做实验的时候觉得可能自己无菌操作有问题,因为培养液浑浊沉淀根本不一样,有的有分层,有的是均匀的浑浊,各位大神也可以帮忙看下我发的另外一帖子(http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6209229),里面有关于无菌操作现象的详细描述。
然后我查了下给出的类似菌种,发现大多是杆菌,只是没芽孢,跟我镜检下的情况也类似,因为芽孢染色效果不理想,大多只能看到杆菌,而且培养时间16个小时,看不到大量芽孢,所以不确定是否染菌了,但是这个结果返回来之后,我就慌了,没一种是芽孢杆菌,是不是真的意味着我操作有问题啊,全错啊。还是我自己不会用blast,技术渣啊?我把序列附上了,希望大神帮我看下是不是真的不是芽孢杆菌。如果不是,我实验就全白搭了,时间也浪费了,钱也浪费了,好心疼,好想家啊。cry:
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  • 2013-08-15 20:10:00, 1.26 K

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放肆猫某人

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by eagles123 at 2013-08-15 21:41:39
测序公司应该会给你个质量报告, 里面有每个碱基的波形,你看下这些波峰强不强 是不是独立的

这个是老师给我的 测序结果都是发给老师的 我要跟老师讲吗?
9楼2013-08-16 12:10:44
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eagles123

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你这个序列可能是质量不好啊,检查下质量先。你P的16S? BLAST 出来 没合格的match。
2楼2013-08-15 21:28:45
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放肆猫某人

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by eagles123 at 2013-08-15 21:28:45
你这个序列可能是质量不好啊,检查下质量先。你P的16S? BLAST 出来 没合格的match。

!!!那请问下我要如何检查质量呢?难道要重做吗~
3楼2013-08-15 21:36:11
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放肆猫某人

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by eagles123 at 2013-08-15 21:28:45
你这个序列可能是质量不好啊,检查下质量先。你P的16S? BLAST 出来 没合格的match。

对了 我还想问下为什么只有1100+bp 不是应该有1500左右吗 我电泳条带都在1500bp附近~
4楼2013-08-15 21:38:58
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