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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 进化树分析求助
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lihongyeer

金虫 (正式写手)

[求助] 进化树分析求助

做微生物的鉴定，选了ncbi中max identity为99%左右的20株做比对，现在有两个问题
首先是待测菌与已知菌不在一个分支下，期间也增减了一些序列，还是这样
二是个别未知菌虽然和已知菌在一个分支下，但前边的系数很小，40的也有
不知以上问题出现的原因是什么，怎么解决，急求好心的高手指导！下图中的MDB7是待鉴定的


[ Last edited by lihongyeer on 2011-7-19 at 16:53 ]
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Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
1楼 2011-07-19 16:52:09
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一一8778

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

系统进化树，树枝上应该显示菌株名称，选择物种的时候除了相似性以外，还有选择有效发表的菌株
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2楼2011-08-14 19:48:34
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天鸟

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

lihongyeer(金币+2): 2011-08-16 09:29:03
首先你的这个树建立前，有没有进行CLUSTER W比对呀，没有比对直接建立的树，数值都很小的，再一个你建树时，是选择你的菌的同一属的来建树吧，而不是仅仅是根据你BLASTER的前面的那些种吧，那样建立的树，肯定会是很分散的呀
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快乐生活，我快乐
3楼2011-08-15 15:22:36
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lihongyeer

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 天鸟 at 2011-08-15 15:22:36:
首先你的这个树建立前，有没有进行CLUSTER W比对呀，没有比对直接建立的树，数值都很小的，再一个你建树时，是选择你的菌的同一属的来建树吧，而不是仅仅是根据你BLASTER的前面的那些种吧，那样建立的树，肯定会是 ...

谢谢指点，我是进行了clistal比对的，倒是你后边的这个注意事项我没注意我再试试，谢谢你拉
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Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
4楼2011-08-16 09:28:50
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 天鸟 at 2011-08-15 15:22:36:
首先你的这个树建立前，有没有进行CLUSTER W比对呀，没有比对直接建立的树，数值都很小的，再一个你建树时，是选择你的菌的同一属的来建树吧，而不是仅仅是根据你BLASTER的前面的那些种吧，那样建立的树，肯定会是 ...

我觉得不是选择blast前面种的问题，而是他选择的这些序列是不是跟他的样品序列是同一个方向的，如果都是正向的，应该不会存在这么分散的情况，毕竟相似度在99%啊，差异并不大。

建议，检查一下您的这些序列是不是都是同一个方向的。
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5楼2011-08-17 09:30:47
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shamolidelv

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
1282802楼: Originally posted by 天鸟 at 2011-08-15 15:22:36
首先你的这个树建立前，有没有进行CLUSTER W比对呀，没有比对直接建立的树，数值都很小的，再一个你建树时，是选择你的菌的同一属的来建树吧，而不是仅仅是根据你BLASTER的前面的那些种吧，那样建立的树，肯定会是很 ...

那怎么才能知道自己的菌是什么属的呢
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6楼2013-01-20 17:23:54
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