24小时热门版块排行榜    

查看: 2221  |  回复: 5

lihongyeer

金虫 (正式写手)

[求助] 进化树分析求助

做微生物的鉴定,选了ncbi中max identity为99%左右的20株做比对,现在有两个问题
首先是待测菌与已知菌不在一个分支下,期间也增减了一些序列,还是这样
二是个别未知菌虽然和已知菌在一个分支下,但前边的系数很小,40的也有
不知以上问题出现的原因是什么,怎么解决,急求好心的高手指导!下图中的MDB7是待鉴定的


[ Last edited by lihongyeer on 2011-7-19 at 16:53 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一一8778

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

系统进化树,树枝上应该显示菌株名称,选择物种的时候除了相似性以外,还有选择有效发表的菌株
2楼2011-08-14 19:48:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天鸟

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

lihongyeer(金币+2): 2011-08-16 09:29:03
首先你的这个树建立前,有没有进行CLUSTER W比对呀,没有比对直接建立的树,数值都很小的,再一个你建树时,是选择你的菌的同一属的来建树吧,而不是仅仅是根据你BLASTER的前面的那些种吧,那样建立的树,肯定会是很分散的呀
快乐生活,我快乐
3楼2011-08-15 15:22:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 天鸟 at 2011-08-15 15:22:36:
首先你的这个树建立前,有没有进行CLUSTER W比对呀,没有比对直接建立的树,数值都很小的,再一个你建树时,是选择你的菌的同一属的来建树吧,而不是仅仅是根据你BLASTER的前面的那些种吧,那样建立的树,肯定会是 ...

谢谢指点,我是进行了clistal比对的,倒是你后边的这个注意事项我没注意我再试试,谢谢你拉
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
4楼2011-08-16 09:28:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 天鸟 at 2011-08-15 15:22:36:
首先你的这个树建立前,有没有进行CLUSTER W比对呀,没有比对直接建立的树,数值都很小的,再一个你建树时,是选择你的菌的同一属的来建树吧,而不是仅仅是根据你BLASTER的前面的那些种吧,那样建立的树,肯定会是 ...

我觉得不是选择blast前面种的问题,而是他选择的这些序列是不是跟他的样品序列是同一个方向的,如果都是正向的,应该不会存在这么分散的情况,毕竟相似度在99%啊,差异并不大。

建议,检查一下您的这些序列是不是都是同一个方向的。
5楼2011-08-17 09:30:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shamolidelv

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
1282802楼: Originally posted by 天鸟 at 2011-08-15 15:22:36
首先你的这个树建立前,有没有进行CLUSTER W比对呀,没有比对直接建立的树,数值都很小的,再一个你建树时,是选择你的菌的同一属的来建树吧,而不是仅仅是根据你BLASTER的前面的那些种吧,那样建立的树,肯定会是很 ...

那怎么才能知道自己的菌是什么属的呢
6楼2013-01-20 17:23:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lihongyeer 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 21/1050 2026-08-24 14:21 by refreshing11
[基金申请] 估计是周四 +4 archvillain 2026-08-18 4/200 2026-08-24 13:53 by zzuzxg
[基金申请] 我面上完蛋了 +8 且听虎啸 2026-08-20 9/450 2026-08-24 13:52 by zzuzxg
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +12 kulium 2026-08-21 15/750 2026-08-24 12:02 by iaeyuan
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +6 炎黄贵胄 2026-08-22 7/350 2026-08-24 11:58 by 6543yes
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 明天应该可查了!? +4 chengyan1220 2026-08-23 4/200 2026-08-24 08:47 by gloomy6159
[基金申请] 什么时候开奖? +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
请填处理意见