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lihongyeer

金虫 (正式写手)

[求助] 进化树分析求助

做微生物的鉴定,选了ncbi中max identity为99%左右的20株做比对,现在有两个问题
首先是待测菌与已知菌不在一个分支下,期间也增减了一些序列,还是这样
二是个别未知菌虽然和已知菌在一个分支下,但前边的系数很小,40的也有
不知以上问题出现的原因是什么,怎么解决,急求好心的高手指导!下图中的MDB7是待鉴定的


[ Last edited by lihongyeer on 2011-7-19 at 16:53 ]
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Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
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一一8778

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

系统进化树,树枝上应该显示菌株名称,选择物种的时候除了相似性以外,还有选择有效发表的菌株
2楼2011-08-14 19:48:34
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天鸟

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

lihongyeer(金币+2): 2011-08-16 09:29:03
首先你的这个树建立前,有没有进行CLUSTER W比对呀,没有比对直接建立的树,数值都很小的,再一个你建树时,是选择你的菌的同一属的来建树吧,而不是仅仅是根据你BLASTER的前面的那些种吧,那样建立的树,肯定会是很分散的呀
快乐生活,我快乐
3楼2011-08-15 15:22:36
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lihongyeer

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 天鸟 at 2011-08-15 15:22:36:
首先你的这个树建立前,有没有进行CLUSTER W比对呀,没有比对直接建立的树,数值都很小的,再一个你建树时,是选择你的菌的同一属的来建树吧,而不是仅仅是根据你BLASTER的前面的那些种吧,那样建立的树,肯定会是 ...

谢谢指点,我是进行了clistal比对的,倒是你后边的这个注意事项我没注意我再试试,谢谢你拉
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
4楼2011-08-16 09:28:50
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 天鸟 at 2011-08-15 15:22:36:
首先你的这个树建立前,有没有进行CLUSTER W比对呀,没有比对直接建立的树,数值都很小的,再一个你建树时,是选择你的菌的同一属的来建树吧,而不是仅仅是根据你BLASTER的前面的那些种吧,那样建立的树,肯定会是 ...

我觉得不是选择blast前面种的问题,而是他选择的这些序列是不是跟他的样品序列是同一个方向的,如果都是正向的,应该不会存在这么分散的情况,毕竟相似度在99%啊,差异并不大。

建议,检查一下您的这些序列是不是都是同一个方向的。
5楼2011-08-17 09:30:47
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shamolidelv

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
1282802楼: Originally posted by 天鸟 at 2011-08-15 15:22:36
首先你的这个树建立前,有没有进行CLUSTER W比对呀,没有比对直接建立的树,数值都很小的,再一个你建树时,是选择你的菌的同一属的来建树吧,而不是仅仅是根据你BLASTER的前面的那些种吧,那样建立的树,肯定会是很 ...

那怎么才能知道自己的菌是什么属的呢
6楼2013-01-20 17:23:54
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