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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】大家帮忙看看我的系统进化树怎么是这个样子的
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惟我独尊

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】大家帮忙看看我的系统进化树怎么是这个样子的

下面是我初建的系统进化树，还不太了解，其中gi开头 的是从genbank中下载的相似序列，单纯的数字是如1，4,8,10,23等是我的测序结果，请问我这个树是不是很有问题，怎么树杈前的数那么小啊 ，这说明什么，还有底下的比例尺是0.5，树的形状和这个有多大关系，怎么把它改小一点，我用的是MEGA 4.0，采用NJ法建的树
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1楼 2011-02-25 17:19:32
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ottolzm

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
1949stone(金币+5): 鼓励 2011-02-25 20:50:40
惟我独尊(金币+5): 非常感谢 2011-02-26 15:24:37
首先 你的这棵进化树从拓扑结构上将没有很大的问题 但是它没有任何意义 其次 我不明确你的目的是想鉴定菌株还是想表示你的菌株的遗传进化关系
我再来回答你的问题 进化树下面的比例尺 应该是遗传标度  你建的树的比例尺显示为0.5 显然是比较大的 一般的都是0.0几 另外进化树中的节间数字表示的是步长值 它是用来衡量你的进化树的准确性的 实际意义是 在你所选择初始步长值参数n(n一般为1000)的情况下 设置任意自然数的随机种子值 软件根据你所提供的信息建立了n棵树 而节间数就是在这n次建树中 有多少次这个分枝内的菌株被分到了一起(有时显示100以下数字时 那是百分数 如果是1000以下是那就是相应的次数了)  同时 纠正你一下 遗传标度法和步长值法是用来表示两种不同的结果时用的 步长值常用在鉴定菌种的进化树中 而遗传距离法常用在表示不同菌株间进化关系的进化树中 我很少见到 两种被同时应用在同一颗进化树中 另外 MEGA软件提供了更改遗传标度的方法 在你建好树之后 选择OPTION按钮里 可以更改显示的最小遗传距离 根据你选的数据 建议改成0.01 比较好 如果再小 我估计你的进化树的左右的跨度会很大 这样你放在文章里 你不好看了 最后 建议：在建立进化树的时候 不能选择Unculture 等开头的菌株(人家都无法培养 有可能只是从土壤等混合样品中分离到了DNA信息而已 而没有纯培养物 这样的菌你觉得能作为你的标准吗？)  另外 GENEBANK的序列号 只提供一个即可 而且一般放在菌株的后面
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6楼2011-02-25 20:44:58
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普通回帖

飞翔2350

木虫 (正式写手)
本人菜鸟，也在研究发育树的构建，同问，求高手解答
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2楼2011-02-25 17:33:50
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ashen1944

木虫 (著名写手)
同2楼，求问！
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3楼2011-02-25 17:34:30
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nutfeeling

金虫 (著名写手)
顶顶顶顶
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4楼2011-02-25 17:35:41
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惟我独尊

金虫 (小有名气)
自己顶一下 期待大家的继续回复！
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5楼2011-02-25 19:01:51
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惟我独尊

金虫 (小有名气)
★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励追问哈 2011-04-25 18:56:45
引用回帖:
Originally posted by ottolzm at 2011-02-25 20:44:58:
首先 你的这棵进化树从拓扑结构上将没有很大的问题 但是它没有任何意义 其次 我不明确你的目的是想鉴定菌株还是想表示你的菌株的遗传进化关系
我再来回答你的问题 进化树下面的比例尺 应该是遗传标度  你建的树的 ...

谢谢你的回复，我的目的是表示菌株的遗传进化关系，我是做的ＤＧＧＥ，其中单纯的数字如，１，4，２８，２９等是我割胶测序的结果，uncultured开头的是在genbank中找的最大相似序列。我想我应该选择遗传距离法，回头我改一下遗传标尺，谢谢。你说我这个没有任何意义，我不理解，我设置的n值是1000啊，可为什么会出现这种状况，除了更改标尺和更规范的标识菌名，我应该如何改进才能做出有意义的树图呢？而且，ＤＧＧＥ测序得出的是不能培养的也很正常，我该如何改进呢？
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7楼2011-02-26 15:33:23
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boouy

银虫 (正式写手)
MEGA5出来了啊，用最大自然法。
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8楼2011-02-26 20:32:34
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秋电工

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ottolzm at 2011-02-25 20:44:58:
首先 你的这棵进化树从拓扑结构上将没有很大的问题 但是它没有任何意义 其次 我不明确你的目的是想鉴定菌株还是想表示你的菌株的遗传进化关系
我再来回答你的问题 进化树下面的比例尺 应该是遗传标度  你建的树的 ...

lz,在做相似的东西（菌株遗传进化关系），想请问下，什么是遗传距离法？
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9楼2011-04-15 21:22:11
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惟我独尊

金虫 (小有名气)
★
西瓜(金币+1): 同意 2011-04-25 18:38:51
引用回帖:
Originally posted by 秋电工 at 2011-04-15 21:22:11:
lz,在做相似的东西（菌株遗传进化关系），想请问下，什么是遗传距离法？

不好意思 我也不是很懂，你再查查基本的理论知识吧
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10楼2011-04-25 18:19:47
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AndyClaudia

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你将你的序列调成正向的即可！
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12楼2014-04-27 14:10:07
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音杀古11楼
2012-03-06 00:35   回复  
1302615397813楼
2015-12-21 21:51   回复  
引用回帖:
6楼: Originally posted by ottolzm at 2011-02-25 20:44:58 首先 你的这棵进化树从拓扑结构上将没有很大的问题 但是它没有任何意义 其次 我不明确你的目的是想鉴定菌株还是想表示你的菌株的遗传进化关系 我再来回答你的问题 进化树下面的比例尺 应该是遗传标度 你建的树的比 ...

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