应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 谁能帮我分析一下系统进化树？
81/1返回列表
查看: 4528  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 BioEPI ，点击这里进行查看

lct515

新虫 (著名写手)

[求助] 谁能帮我分析一下系统进化树？

我做了一个菌种的系统进化树，但是不太会分析。请教高手帮我分析一下。具体见附件
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-01-14 14:39:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有1个 )

delphacid

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

silicare(金币+3, BioEPI+1): 谢谢参与 2012-02-20 12:51:04
1.看不出来外群
2.树最好都是二分岐的，你做的树有一些地方分不出来，为三分歧，可能需要增加特征，或者对特征进行再次评估，再运行系统发育软件试试看。
3.分析的时候主要找姊妹群，它们之间的亲缘关系比非姊妹群的关系要近。
就说这几点，多看看系统发育方面的理论书籍吧，看看别人是怎么分析滴。
赞一下(2人) 回复此楼
天道酬勤
5楼2012-01-16 03:01:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

henrylee223

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
lct515(金币+2): ★★★很有帮助 感谢你的回答 2012-01-14 16:40:30
silicare(金币+3): 谢谢参与 2012-02-20 12:51:33
首先，根据进化树分析，你的不同菌种分为两个大的类群，然后再在两个类群内细分：类群1上面的可先分为连个小的类群，S30 和PHS-1为一个，其余为另一小类；然后再细分。类群2下面的也可分为连个小类，s89和mn17-9位一类，其余位一类。
赞一下 回复此楼
2楼2012-01-14 16:15:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lct515

新虫 (著名写手)
这两个大的类群之间有什么关系呢？另一个类群与我的菌株又有什么关系呢？
赞一下 回复此楼
3楼2012-01-14 16:37:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gjs713

至尊木虫 (职业作家)
依我个人做系统树的经验 你这个树有些问题：
在查找同源序列的时候，一般同属不同种的只需要找2-3个就够了。
以sp结尾的这种菌种序列我们一般不选取，因为它还没有确定种属，对于构建系统发育树确定种属来说并没有指导作用。
另外，这个树没有比例尺，这个很重要。
在最后我们一般还会选取一个远源的外属序列作为对照，当然这个并不是必不可少的。
赞一下(1人) 回复此楼
勤奋、执着、专注，则无坚不破。
4楼2012-01-15 20:05:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刘文瑶

新虫 (小有名气)
选菌就没选好，异源菌没必要选那么多，你这个就是说明了你的菌属于Pseudomomas aeruginosa 这个属的了。前面有些分支的数值较低，可信度不好！
赞一下 回复此楼
6楼2012-01-16 10:43:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

张晓梅ZXM

金虫 (正式写手)

meimeizhang
silicare(金币+2): 谢谢参与 2012-02-20 12:51:16
没有比例尺，没有outgroup,都很重要的
赞一下 回复此楼
每天进步一点点，持之以恒！
7楼2012-02-19 10:44:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghst110

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 张晓梅ZXM at 2012-02-19 10:44:33
没有比例尺，没有outgroup,都很重要的

比例尺和可信度是怎样的呀？能具体说明一下吗？
赞一下 回复此楼
*才随遇长，识以穷精*
8楼2012-05-29 16:35:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lct515 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 7/350 2026-08-04 04:50 by k7OM8YghWbkC
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 6/300 2026-08-04 04:47 by k7OM8YghWbkC
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 8/400 2026-08-04 04:47 by k7OM8YghWbkC
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 8/400 2026-08-04 04:46 by k7OM8YghWbkC
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 7/350 2026-08-04 04:46 by k7OM8YghWbkC
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 5/250 2026-08-04 04:44 by k7OM8YghWbkC
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 8/400 2026-08-04 04:41 by k7OM8YghWbkC
[有机交流] 一个有机合成实验室都需要哪些设备？ 50+3 kf2781974 2026-07-31 9/450 2026-08-04 03:56 by kf2781974
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 7/350 2026-08-04 03:35 by k7OM8YghWbkC
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 8/400 2026-08-04 03:21 by k7OM8YghWbkC
[基金申请] 什么时候能放榜呀？ +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
[高分子] UV压敏胶开发 +3 ichall 2026-07-30 5/250 2026-08-03 14:40 by Sunrisepay
[基金申请] 面上提前没消息，有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 16/800 2026-08-03 12:23 by fuweiguochen
[基金申请] 面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！ +19 低垂的野花 2026-07-31 25/1250 2026-08-03 09:25 by gy116024
[教师之家] 基础研究怎么拉横向，学校到款任务越来越多，难以完成 拉横向，都有哪些途径啊 +8 锦衣卫寒战 2026-07-28 12/600 2026-08-03 08:22 by syl200707
[基金申请] 微信指数没变化，科研之友没阅读 +15 wangze12014 2026-07-28 19/950 2026-08-02 20:05 by 蔡棒棒菂
[考博] 2027年申博 50+3 射雕英雄胜 2026-07-30 3/150 2026-08-02 09:36 by lfy8008
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[基金申请] 你们的时间戳变了吗 +3 archvillain 2026-07-30 4/200 2026-07-30 18:53 by levinzhwen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭