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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 谁能帮我分析一下系统进化树？
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lct515

新虫 (著名写手)

[求助] 谁能帮我分析一下系统进化树？

我做了一个菌种的系统进化树，但是不太会分析。请教高手帮我分析一下。具体见附件
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1楼 2012-01-14 14:39:53
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回帖置顶 ( 共有1个 )

delphacid

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

silicare(金币+3, BioEPI+1): 谢谢参与 2012-02-20 12:51:04
1.看不出来外群
2.树最好都是二分岐的，你做的树有一些地方分不出来，为三分歧，可能需要增加特征，或者对特征进行再次评估，再运行系统发育软件试试看。
3.分析的时候主要找姊妹群，它们之间的亲缘关系比非姊妹群的关系要近。
就说这几点，多看看系统发育方面的理论书籍吧，看看别人是怎么分析滴。
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天道酬勤
5楼2012-01-16 03:01:17
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普通回帖

henrylee223

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
lct515(金币+2): ★★★很有帮助 感谢你的回答 2012-01-14 16:40:30
silicare(金币+3): 谢谢参与 2012-02-20 12:51:33
首先，根据进化树分析，你的不同菌种分为两个大的类群，然后再在两个类群内细分：类群1上面的可先分为连个小的类群，S30 和PHS-1为一个，其余为另一小类；然后再细分。类群2下面的也可分为连个小类，s89和mn17-9位一类，其余位一类。
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2楼2012-01-14 16:15:48
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lct515

新虫 (著名写手)
这两个大的类群之间有什么关系呢？另一个类群与我的菌株又有什么关系呢？
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3楼2012-01-14 16:37:03
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gjs713

至尊木虫 (职业作家)
依我个人做系统树的经验 你这个树有些问题：
在查找同源序列的时候，一般同属不同种的只需要找2-3个就够了。
以sp结尾的这种菌种序列我们一般不选取，因为它还没有确定种属，对于构建系统发育树确定种属来说并没有指导作用。
另外，这个树没有比例尺，这个很重要。
在最后我们一般还会选取一个远源的外属序列作为对照，当然这个并不是必不可少的。
赞一下(1人) 回复此楼
勤奋、执着、专注，则无坚不破。
4楼2012-01-15 20:05:45
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刘文瑶

新虫 (小有名气)
选菌就没选好，异源菌没必要选那么多，你这个就是说明了你的菌属于Pseudomomas aeruginosa 这个属的了。前面有些分支的数值较低，可信度不好！
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6楼2012-01-16 10:43:28
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张晓梅ZXM

金虫 (正式写手)

meimeizhang
silicare(金币+2): 谢谢参与 2012-02-20 12:51:16
没有比例尺，没有outgroup,都很重要的
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每天进步一点点，持之以恒！
7楼2012-02-19 10:44:33
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ghst110

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 张晓梅ZXM at 2012-02-19 10:44:33
没有比例尺，没有outgroup,都很重要的

比例尺和可信度是怎样的呀？能具体说明一下吗？
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*才随遇长，识以穷精*
8楼2012-05-29 16:35:09
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