应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 谁能帮我分析一下系统进化树？
81/1返回列表
查看: 4613  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 BioEPI ，点击这里进行查看

lct515

新虫 (著名写手)

[求助] 谁能帮我分析一下系统进化树？

我做了一个菌种的系统进化树，但是不太会分析。请教高手帮我分析一下。具体见附件
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-01-14 14:39:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

henrylee223

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
lct515(金币+2): ★★★很有帮助 感谢你的回答 2012-01-14 16:40:30
silicare(金币+3): 谢谢参与 2012-02-20 12:51:33
首先，根据进化树分析，你的不同菌种分为两个大的类群，然后再在两个类群内细分：类群1上面的可先分为连个小的类群，S30 和PHS-1为一个，其余为另一小类；然后再细分。类群2下面的也可分为连个小类，s89和mn17-9位一类，其余位一类。
赞一下 回复此楼
2楼2012-01-14 16:15:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lct515

新虫 (著名写手)
这两个大的类群之间有什么关系呢？另一个类群与我的菌株又有什么关系呢？
赞一下 回复此楼
3楼2012-01-14 16:37:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gjs713

至尊木虫 (职业作家)
依我个人做系统树的经验 你这个树有些问题：
在查找同源序列的时候，一般同属不同种的只需要找2-3个就够了。
以sp结尾的这种菌种序列我们一般不选取，因为它还没有确定种属，对于构建系统发育树确定种属来说并没有指导作用。
另外，这个树没有比例尺，这个很重要。
在最后我们一般还会选取一个远源的外属序列作为对照，当然这个并不是必不可少的。
赞一下(1人) 回复此楼
勤奋、执着、专注，则无坚不破。
4楼2012-01-15 20:05:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

delphacid

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

silicare(金币+3, BioEPI+1): 谢谢参与 2012-02-20 12:51:04
1.看不出来外群
2.树最好都是二分岐的，你做的树有一些地方分不出来，为三分歧，可能需要增加特征，或者对特征进行再次评估，再运行系统发育软件试试看。
3.分析的时候主要找姊妹群，它们之间的亲缘关系比非姊妹群的关系要近。
就说这几点，多看看系统发育方面的理论书籍吧，看看别人是怎么分析滴。
赞一下(2人) 回复此楼
天道酬勤
5楼2012-01-16 03:01:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刘文瑶

新虫 (小有名气)
选菌就没选好，异源菌没必要选那么多，你这个就是说明了你的菌属于Pseudomomas aeruginosa 这个属的了。前面有些分支的数值较低，可信度不好！
赞一下 回复此楼
6楼2012-01-16 10:43:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

张晓梅ZXM

金虫 (正式写手)

meimeizhang
silicare(金币+2): 谢谢参与 2012-02-20 12:51:16
没有比例尺，没有outgroup,都很重要的
赞一下 回复此楼
每天进步一点点，持之以恒！
7楼2012-02-19 10:44:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghst110

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 张晓梅ZXM at 2012-02-19 10:44:33
没有比例尺，没有outgroup,都很重要的

比例尺和可信度是怎样的呀？能具体说明一下吗？
赞一下 回复此楼
*才随遇长，识以穷精*
8楼2012-05-29 16:35:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lct515 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:51 by jCd0dEvKHShX
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:50 by jCd0dEvKHShX
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 11:49 by jCd0dEvKHShX
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:29 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 11:18 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +3 349506619 2026-08-28 3/150 2026-08-29 10:49 by 木风9012
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 05:45 by gy1nBQXYQJqL
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +4 gdd2018 2026-08-28 9/450 2026-08-28 14:22 by jklily
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭