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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 构建一棵微生物进化树
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dqchu

金虫 (小有名气)

[求助] 构建一棵微生物进化树

因本人对这方面不熟悉，请懂的帮忙，谢谢。[ Last edited by dqchu on 2011-6-8 at 11:08 ]
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Birdog
1楼 2011-06-08 10:55:51
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myco_lei

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你好，你“序列”里面怎么就一条啊？  你得先在NCBI 里面下载一些其它的序列，一条是没法建的。 你下载好了，我可以帮你建。
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2楼2011-06-08 11:21:24
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dqchu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by myco_lei at 2011-06-08 11:21:24:
你好，你“序列”里面怎么就一条啊？  你得先在NCBI 里面下载一些其它的序列，一条是没法建的。 你下载好了，我可以帮你建。

你好，序列 就是原始的序列，同源序列在NCBI 里不知道下那些合适，所以就求助了。而且也不知道那种格式，麻烦你，帮我了构建一下吧。
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Birdog
3楼2011-06-08 11:27:48
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myco_lei

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
1949stone(金币+2): 关注 2011-06-08 16:11:32
你构建这个树的目的是什么？是想看它属于哪个种还是属于哪个属？对树的质量要求高不？ 用途是什么？ 发文章还是其它，请找一个别人的树，我好参考.
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4楼2011-06-08 11:31:52
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dqchu

金虫 (小有名气)
1949stone: 什么软件 ？ 2011-06-08 16:12:05
引用回帖:
Originally posted by myco_lei at 2011-06-08 11:31:52:
你构建这个树的目的是什么？是想看它属于哪个种还是属于哪个属？对树的质量要求高不？ 用途是什么？ 发文章还是其它，请找一个别人的树，我好参考.

树质量能高最好了，估计软件的出图就可以吧。用于中文的文章。
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Birdog
5楼2011-06-08 12:15:31
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dqchu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dqchu at 2011-06-08 12:15:31:
树质量能高最好了，估计软件的出图就可以吧。用于中文的文章。



就是做进化树的软件呀 MEGA 之类的。
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Birdog
6楼2011-06-08 18:56:29
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shuifen1108

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

根据你的用途　　在ＮＣＢＩ中下载你想要比对的序列　　用Ｃｌｕｓｔｅｒ软件比对　　就会有你发的那个进化树出来　　不难的　　
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7楼2011-06-08 21:15:43
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dqchu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by shuifen1108 at 2011-06-08 21:15:43:
根据你的用途　　在ＮＣＢＩ中下载你想要比对的序列　　用Ｃｌｕｓｔｅｒ软件比对　　就会有你发的那个进化树出来　　不难的　　

8楼2011-06-09 09:19:28
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myco_lei

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

dqchu(金币+25): 谢谢你，但是好像还是不能直接用。 2011-06-10 10:51:55
我是任经验从NCBI上下了一些序列，用PUAUP建的。因为对你的菌和你的要求不清楚，我只能努力到此了。
  下面有几个文件：sequence.fasta是我下载的序列和你的序列信息文件；
                           DQ2_CLASTAL.TRE是paup输出的树文件用treeview可以找开看；DQ2.wmf和dq.wmf 是由treeview输出的两种不同输出方法的成图。你自己看着选吧！
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9楼2011-06-10 10:00:21
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guye1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
954472楼: Originally posted by myco_lei at 2011-06-10 10:00:21
我是任经验从NCBI上下了一些序列，用PUAUP建的。因为对你的菌和你的要求不清楚，我只能努力到此了。
  下面有几个文件：sequence.fasta是我下载的序列和你的序列信息文件；
                           DQ2_CLAST ...

你好，请教PAUP的使用方法？另外问一下发表外文文章的话，是不是多认可用PAUP的树形图，而对MAGA的认可度较低？
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水木年华
10楼2012-09-19 10:15:54
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