24小时热门版块排行榜    

查看: 2040  |  回复: 10

dqchu

金虫 (小有名气)

[求助] 构建一棵微生物进化树

因本人对这方面不熟悉,请懂的帮忙,谢谢。[ Last edited by dqchu on 2011-6-8 at 11:08 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

Birdog
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

myco_lei

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你好,你“序列”里面怎么就一条啊?  你得先在NCBI 里面下载一些其它的序列,一条是没法建的。 你下载好了,我可以帮你建。
享受,把握现在!
2楼2011-06-08 11:21:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dqchu

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by myco_lei at 2011-06-08 11:21:24:
你好,你“序列”里面怎么就一条啊?  你得先在NCBI 里面下载一些其它的序列,一条是没法建的。 你下载好了,我可以帮你建。

你好,序列 就是原始的序列,同源序列在NCBI 里不知道下那些合适,所以就求助了。而且也不知道那种格式,麻烦你,帮我了构建一下吧。
Birdog
3楼2011-06-08 11:27:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

myco_lei

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
1949stone(金币+2): 关注 2011-06-08 16:11:32
你构建这个树的目的是什么?是想看它属于哪个种还是属于哪个属?对树的质量要求高不? 用途是什么? 发文章还是其它,请找一个别人的树,我好参考.
享受,把握现在!
4楼2011-06-08 11:31:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dqchu

金虫 (小有名气)

1949stone: 什么软件 ? 2011-06-08 16:12:05
引用回帖:
Originally posted by myco_lei at 2011-06-08 11:31:52:
你构建这个树的目的是什么?是想看它属于哪个种还是属于哪个属?对树的质量要求高不? 用途是什么? 发文章还是其它,请找一个别人的树,我好参考.

树质量能高最好了,估计软件的出图就可以吧。用于中文的文章。



Birdog
5楼2011-06-08 12:15:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dqchu

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by dqchu at 2011-06-08 12:15:31:
树质量能高最好了,估计软件的出图就可以吧。用于中文的文章。



就是做进化树的软件呀 MEGA 之类的。
Birdog
6楼2011-06-08 18:56:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shuifen1108

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

根据你的用途  在NCBI中下载你想要比对的序列  用Cluster软件比对  就会有你发的那个进化树出来  不难的  
7楼2011-06-08 21:15:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dqchu

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by shuifen1108 at 2011-06-08 21:15:43:
根据你的用途  在NCBI中下载你想要比对的序列  用Cluster软件比对  就会有你发的那个进化树出来  不难的  

8楼2011-06-09 09:19:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

myco_lei

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

dqchu(金币+25): 谢谢你,但是好像还是不能直接用。 2011-06-10 10:51:55
我是任经验从NCBI上下了一些序列,用PUAUP建的。因为对你的菌和你的要求不清楚,我只能努力到此了。
  下面有几个文件:sequence.fasta是我下载的序列和你的序列信息文件;
                           DQ2_CLASTAL.TRE是paup输出的树文件用treeview可以找开看;DQ2.wmf和dq.wmf 是由treeview输出的两种不同输出方法的成图。你自己看着选吧!
享受,把握现在!
9楼2011-06-10 10:00:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guye1

金虫 (小有名气)

引用回帖:
954472楼: Originally posted by myco_lei at 2011-06-10 10:00:21
我是任经验从NCBI上下了一些序列,用PUAUP建的。因为对你的菌和你的要求不清楚,我只能努力到此了。
  下面有几个文件:sequence.fasta是我下载的序列和你的序列信息文件;
                           DQ2_CLAST ...

你好,请教PAUP的使用方法?另外问一下发表外文文章的话,是不是多认可用PAUP的树形图,而对MAGA的认可度较低?
水木年华
10楼2012-09-19 10:15:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 dqchu 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 【双一流院校新能源、环境材料,材料加工与模拟招收大量调剂】 +3 Higraduate 2026-03-22 6/300 2026-03-24 09:55 by AZMK
[考研] 335求调剂 +4 yuyu宇 2026-03-23 5/250 2026-03-23 23:49 by Txy@872106
[考研] 材料专硕找调剂 +3 哈哈哈吼吼吼哈 2026-03-23 3/150 2026-03-23 23:13 by peike
[考研] 335分 | 材料与化工专硕 | GPA 4.07 | 有科研经历 +4 cccchenso 2026-03-23 4/200 2026-03-23 23:00 by 徐ckkk
[考研] 化学308分求调剂 +3 你好明天你好 2026-03-23 3/150 2026-03-23 20:11 by macy2011
[考研] 生物学一志愿985,分数349求调剂 +6 zxts12 2026-03-21 9/450 2026-03-23 18:37 by macy2011
[考研] 328求调剂,英语六级551,有科研经历 +7 生物工程调剂 2026-03-17 12/600 2026-03-23 18:18 by YMU施老师
[考研] 307求调剂 +3 余意卿 2026-03-21 3/150 2026-03-23 10:32 by Iveryant
[考研] 269专硕求调剂 +6 金恩贝 2026-03-21 6/300 2026-03-22 14:31 by ColorlessPI
[考研] 297求调剂 +11 戏精丹丹丹 2026-03-17 12/600 2026-03-21 17:47 by ColorlessPI
[考研] 一志愿华南师大 070300(化学)304分求调剂 +3 0703武芊慧雪304 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:48 by JourneyLucky
[考研] 22408 344分 求调剂 一志愿 华电计算机技术 +4 solanXXX 2026-03-20 4/200 2026-03-20 23:49 by alg094825
[考研] 中南大学化学学硕337求调剂 +3 niko- 2026-03-19 6/300 2026-03-20 21:58 by luoyongfeng
[考研] 材料学硕297已过四六级求调剂推荐 +11 adaie 2026-03-19 11/550 2026-03-20 21:30 by laoshidan
[考研] 一志愿 南京航空航天大学大学 ,080500材料科学与工程学硕 +5 @taotao 2026-03-20 5/250 2026-03-20 20:16 by JourneyLucky
[考研] 086500 325 求调剂 +3 领带小熊 2026-03-19 3/150 2026-03-20 18:38 by 尽舜尧1
[考研] 生物学调剂招人!!! +3 山海天岚 2026-03-17 4/200 2026-03-19 21:34 by 怎么释怀
[考研] 288求调剂,一志愿华南理工大学071005 +5 ioodiiij 2026-03-17 5/250 2026-03-19 18:22 by zcl123
[考研] 0703化学调剂 +4 18889395102 2026-03-18 4/200 2026-03-19 16:13 by 30660438
[考研] 材料考研调剂 +3 xwt。 2026-03-19 3/150 2026-03-19 11:22 by w沐阳w
信息提示
请填处理意见