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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 关于进化树距离请教。
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 关于进化树距离请教。

请教一个关于进化树间距离的问题。
1，系统进化树 每个分支上都标有的数据 究竟代表了什么呢？采用Nj 建的树,
2，如果我想表达进化树中不同分支之间的距离，用这些数字能不能做一个计算，来比较直观的得到一个量化的指标？
比如图中 我想计算分支1,4 之间的距离和 分支6,8 之间距离，这两个距离哪个更近一些，用什么方法呢？
希望各位不吝赐教 有相关的文献资料什么的 希望能够提点我下 谢谢了啊




[ Last edited by 老夏853 on 2012-2-13 at 09:18 ]
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1楼2012-02-13 09:15:04
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

frankerry

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
老夏853: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-03-22 18:31:34
六楼的朋友说的对。不过我想补充一点。
针对楼主的问题“ 我想计算分支1,4 之间的距离和 分支6,8 之间距离，这两个距离哪个更近一些，用什么方法呢？”
1. 如果你想知道分支1,4或者6,8之间的精确遗传距离，要用序列相似性比对结果，做相似性矩阵（很多软件都可以，如你做聚类图的MEGA软件等等）能得到这两个样品间的相似性，乘以100%就是相似性百分数，数值越大相似性越高，反之越低。一般用相似性百分数表示两个样品间的遗传距离，分类学系统发育中的远近。
2. 聚类图分支长短是以相似性数值为依据的。聚在一起的样品其分支长度加和就要大于未聚在一起的样品，分支长度加和是你所选比例尺的多少倍就是你这两个样品间的遗传距离。因为是图示嘛，要一目了然，所以用了分支线的长短表示遗传距离，这样的表示比较清楚明了。呵呵
3. 关于图上的数值，它表示一个统计学上的意义。表示你这两个分支有多少次是被聚在一起的。如果是两位数就是说明你选的boot值（建树的软件有个参数选择）是100，如果你选1000次，值就会是三位数，一般要求选1000.
4. 参考文献不少，楼主可以在分类学的杂志上找找。
祝顺利。
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8楼2012-02-17 11:32:47
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leichenliu

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1.数字代表每一百次划分中，有该数字的次数被划分到这个位置。
2.枝长代表距离，系统树的分枝间的距离就是这它们之间枝长相加。
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7楼2012-02-14 08:49:16
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普通回帖

N222
2楼2012-02-13 09:46:27
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by N222 at 2012-02-13 09:46:27:

希望  相互讨论共同提高！
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3楼2012-02-13 13:15:54
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sunjump

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
老夏853: 金币+2, ★★★很有帮助, 深有同感 就是统计能力太差。。 2012-03-22 18:38:15
统计要统计！
统计可以派上用场了大哥！
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4楼2012-02-13 13:53:22
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sunjump at 2012-02-13 13:53:22:
统计要统计！
统计可以派上用场了大哥！

不懂不懂   请教！
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5楼2012-02-13 19:05:56
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施斐

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以用phylip软件里面的dnadist去算遗传距离，里面有对1和4，以及6和8两两之间的距离值
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6楼2012-02-14 08:47:24
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by frankerry at 2012-02-17 11:32:47:
六楼的朋友说的对。不过我想补充一点。
针对楼主的问题“ 我想计算分支1,4 之间的距离和 分支6,8 之间距离，这两个距离哪个更近一些，用什么方法呢？”
1. 如果你想知道分支1,4或者6,8之间的精确遗传距离，要用 ...

你好
我想请教下个问题 是关于DGGE 电泳后聚类分析的
因此 前面很多人提到的对数据的分析 基本上很难实现
我做好的图只有一个聚类关系 其他数据我们也看不见，，因为比较粗糙聚类的依据是 在同一水平上有无条带进行的所以 ，就这这个图这样。
所以 我想问的是 像这张图的话  计算c1与F1 以及 C8与F8 之间的距离怎么样计算 ？ 请详细赐教。。
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9楼2012-03-22 18:36:40
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传奇2011

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by frankerry at 2012-02-17 11:32:47
六楼的朋友说的对。不过我想补充一点。
针对楼主的问题“ 我想计算分支1,4 之间的距离和 分支6,8 之间距离，这两个距离哪个更近一些，用什么方法呢？”
1. 如果你想知道分支1,4或者6,8之间的精确遗传距离，要用序 ...

您好，想请教下，关于进化树的阶元分析具体指的是什么呢？
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10楼2012-07-24 10:07:49
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