| 查看: 3708 | 回复: 10 | ||||
老夏853铁杆木虫 (著名写手)
|
[求助]
关于进化树距离请教。
|
|||
|
请教一个关于进化树间距离的问题。 1，系统进化树 每个分支上都标有的数据 究竟代表了什么呢？采用Nj 建的树, 2，如果我想表达进化树中不同分支之间的距离，用这些数字能不能做一个计算，来比较直观的得到一个量化的指标？ 比如图中 我想计算分支1,4 之间的距离和 分支6,8 之间距离，这两个距离哪个更近一些，用什么方法呢？ 希望各位不吝赐教 有相关的文献资料什么的 希望能够提点我下 谢谢了啊  [ Last edited by 老夏853 on 2012-2-13 at 09:18 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 高通量测序 | 生物软件学习 |
» 猜你喜欢
333求调剂
已经有10人回复
-
307求调剂
已经有3人回复
-
考研化学308分求调剂
已经有4人回复
-
298求调剂
已经有7人回复
-
263求调剂
已经有5人回复
-
276求调剂。有半年电池和半年高分子实习经历
已经有6人回复
-
求调剂材料学硕080500，总分289分
已经有21人回复
-
北科281学硕材料求调剂
已经有8人回复
-
08工学调剂
已经有9人回复
-
291 求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教这些树的名字
已经有11人回复
- [10金币求助]聚类分析问题
已经有5人回复
- 进化树的数字和长度代表什么呢
已经有5人回复
- 请教大家，这是什么树？
已经有5人回复
- 序列比对，相似性
已经有7人回复
- 关于遗传距离问题
已经有4人回复
- 关于系统进化树构建方法的求助
已经有8人回复
- 请教高手有关用琼脂糖电泳分离相差10bp左右的条带的方法
已经有4人回复
- 请问如何将进化树中的菌种名称显示出来？
已经有20人回复
- 进化树分析求助
已经有5人回复
- 关于进化树序列选择的问题
已经有4人回复
- 【求助】进化树的构建到底有什么意义呢？
已经有12人回复
- 【求助】请教生物信息学方面的专家，一个进化树构建的问题？
已经有10人回复
- 【交流】MEGA构建进化树史上最难的问题求助，必有金币酬谢
已经有8人回复
- 【求助/交流】大家帮忙看看我的系统进化树怎么是这个样子的
已经有12人回复
- 聚类分析计算软件
已经有6人回复
- 【求助/交流】系统进化树
已经有16人回复
- 【求助/交流】如何读懂进化树
已经有21人回复
- 【求助/交流】有没有会用PHYLIP做进化树的交流一下？
已经有10人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
老夏853: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-03-22 18:31:34
感谢参与，应助指数 +1
老夏853: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-03-22 18:31:34
|
六楼的朋友说的对。不过我想补充一点。 针对楼主的问题“ 我想计算分支1,4 之间的距离和 分支6,8 之间距离，这两个距离哪个更近一些，用什么方法呢？” 1. 如果你想知道分支1,4或者6,8之间的精确遗传距离，要用序列相似性比对结果，做相似性矩阵（很多软件都可以，如你做聚类图的MEGA软件等等）能得到这两个样品间的相似性，乘以100%就是相似性百分数，数值越大相似性越高，反之越低。一般用相似性百分数表示两个样品间的遗传距离，分类学系统发育中的远近。 2. 聚类图分支长短是以相似性数值为依据的。聚在一起的样品其分支长度加和就要大于未聚在一起的样品，分支长度加和是你所选比例尺的多少倍就是你这两个样品间的遗传距离。因为是图示嘛，要一目了然，所以用了分支线的长短表示遗传距离，这样的表示比较清楚明了。呵呵 3. 关于图上的数值，它表示一个统计学上的意义。表示你这两个分支有多少次是被聚在一起的。如果是两位数就是说明你选的boot值（建树的软件有个参数选择）是100，如果你选1000次，值就会是三位数，一般要求选1000. 4. 参考文献不少，楼主可以在分类学的杂志上找找。 祝顺利。 |
8楼2012-02-17 11:32:47
leichenliu
金虫 (初入文坛)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 787.3
- 帖子: 50
- 在线: 31.1小时
- 虫号: 1385273
- 注册: 2011-08-31
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
7楼2012-02-14 08:49:16
 |
2楼2012-02-13 09:46:27
老夏853
铁杆木虫 (著名写手)
- MicEPI: 2
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 5944.8
- 散金: 1705
- 红花: 17
- 帖子: 2076
- 在线: 1230.6小时
- 虫号: 463482
- 注册: 2007-11-20
- 专业: 食品加工技术
3楼2012-02-13 13:15:54
sunjump
至尊木虫 (知名作家)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 17006.8
- 散金: 251
- 红花: 1
- 帖子: 5549
- 在线: 406.6小时
- 虫号: 1180778
- 注册: 2010-12-30
- 专业: 生物与医学统计学
4楼2012-02-13 13:53:22
老夏853
铁杆木虫 (著名写手)
- MicEPI: 2
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 5944.8
- 散金: 1705
- 红花: 17
- 帖子: 2076
- 在线: 1230.6小时
- 虫号: 463482
- 注册: 2007-11-20
- 专业: 食品加工技术
5楼2012-02-13 19:05:56
6楼2012-02-14 08:47:24
老夏853
铁杆木虫 (著名写手)
- MicEPI: 2
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 5944.8
- 散金: 1705
- 红花: 17
- 帖子: 2076
- 在线: 1230.6小时
- 虫号: 463482
- 注册: 2007-11-20
- 专业: 食品加工技术
9楼2012-03-22 18:36:40
10楼2012-07-24 10:07:49
