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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于系统进化树构建方法的求助
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第五平原

木虫 (正式写手)

[求助] 关于系统进化树构建方法的求助

我想针对不同物种的某一个基因的蛋白序列用MAGE4做一个系统进化树分析，构建时是邻接法呢还是用极大似然法呢？哪个更准确一点？小白求助。
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勤勉
1楼 2012-03-22 15:52:16
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
NJ和ML树本身算法有差异，具体很复杂，如果你要是构建树的话，最好将几种方法都做一下，针对你的研究方向，看看他们之间的差异。NJ法要求要有一个较好的外群，这个需要你自己摸索。分析中的参数基本可以从Modeltest和Mrmodeltest中获得。祝好
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将相本无种★男儿当自强
2楼2012-03-22 22:46:25
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第五平原

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by rommel1941 at 2012-03-22 22:46:25:
NJ和ML树本身算法有差异，具体很复杂，如果你要是构建树的话，最好将几种方法都做一下，针对你的研究方向，看看他们之间的差异。NJ法要求要有一个较好的外群，这个需要你自己摸索。分析中的参数基本可以从Modelte ...

非常感谢，顺便再问一句，如果我用几种方法都试了，最符合植物学分类的那一个图是不是就算最准确的那一个啊？
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勤勉
3楼2012-03-23 10:55:10
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xiesenyuli

金虫 (小有名气)
我用mega5.0构建，但是一导入进菌种基因序列很慢，然后点击W后计算特别慢，最后也没成功。是不是软件问题还是怎么回事？我导入了20个菌株序列
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4楼2012-03-23 14:35:59
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

★ ★
telomerase: 金币+2, 谢谢你的热心应助 2012-03-24 20:35:25
引用回帖:
3楼: Originally posted by 第五平原 at 2012-03-23 10:55:10:
非常感谢，顺便再问一句，如果我用几种方法都试了，最符合植物学分类的那一个图是不是就算最准确的那一个啊？

这确实不一定，软件反应的只是所用数据的结果，并没有考虑你的植物学分类内容，如果软件结果一致，也只能说明在你所选用的位点上，与植物分类结果一直。不知道我的解释是否明白，祝好
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将相本无种★男儿当自强
5楼2012-03-24 09:01:42
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第五平原

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by rommel1941 at 2012-03-24 09:01:42:
这确实不一定，软件反应的只是所用数据的结果，并没有考虑你的植物学分类内容，如果软件结果一致，也只能说明在你所选用的位点上，与植物分类结果一直。不知道我的解释是否明白，祝好

非常感谢。
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勤勉
6楼2012-03-24 15:20:08
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lisi离思

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我有一T-DNA插入的拟南芥长的很奇怪，于是通过tail pcr想鉴定一下插入位点在哪，测序结果回来了，该怎么比对，请求各位高手指教
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7楼2012-12-17 20:57:24
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qjzhihua

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by rommel1941 at 2012-03-22 22:46:25
NJ和ML树本身算法有差异，具体很复杂，如果你要是构建树的话，最好将几种方法都做一下，针对你的研究方向，看看他们之间的差异。NJ法要求要有一个较好的外群，这个需要你自己摸索。分析中的参数基本可以从Modeltest ...

你好，请问一下你说的外群，是指什么呢？我做一个菌株的蛋白序列的进化树，那选择这个外群是在这个菌株里面选择一个与他毫无关系的蛋白好呢？还是在其他菌株里面选择一个与他毫无关系的蛋白好呢？
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8楼2015-09-08 10:29:23
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xyjccaolei

铜虫 (小有名气)
学习一下！！！
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柏奥易杰WB超市
9楼2016-09-01 15:05:23
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