应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】16s 构建进化树
91/1返回列表
查看: 2709  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

芥末蚕豆

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】16s 构建进化树 已有7人参与

弱弱的请问：我想构建16s RNA进化树，我在NCBI上检索16s 的基因序列，但好多都是rimM、sun或是其他的一些16S ribosomal RNA 上的一些基因，不是16S ribosomal RNA gene，所以我想知道我到底要下载哪种基因构建进化树啊？好多菌种检索不到16S ribosomal RNA gene 啊！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
开心就好！
1楼 2010-08-25 19:32:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

千里千寻5801

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
silicare(金币+1):你的帖子好少啊~ 2010-08-26 17:53:55
先确认你所需要的菌株的序列号，输入你所需要菌株的序列号，在NCBI上就可以下载相应的序列了。
赞一下(2人) 回复此楼
时间蹉跎了我的青春，却也见证了你我的经历！好好珍惜时间，珍惜自己！
2楼2010-08-26 16:19:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pxf983621

铁杆木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
用那个软件，按步骤来就行啦。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-08-26 17:14:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

芥末蚕豆

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 千里千寻5801 at 2010-08-26 16:19:29:
先确认你所需要的菌株的序列号，输入你所需要菌株的序列号，在NCBI上就可以下载相应的序列了。

那我要是想下这个呢Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida A449，具体能写一下步骤吗？我只能收索到18个相关的基因（rrsA、rrsC、era……）
赞一下 回复此楼
开心就好！
4楼2010-08-26 17:40:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

欣晴5832

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
silicare(金币+1):谢谢参与 2010-08-28 23:01:25
用DNASTAR直接blastn就能出来与你序列相关的所有序列，按相似度排列，你可以选择你需要的download
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-08-28 22:55:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lwh66

金虫 (小有名气)
我一直是用BLAST，网上分析下，得到结果后，按相似度进行选择性下载，这样快点，不过确实不是所有的菌都有很多16S ribosomal RNA gene 。
赞一下 回复此楼
6楼2010-08-30 09:45:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
silicare(金币+1):谢谢参与 2010-08-30 11:28:04
我认为，NCBI上有些菌没有16S的基因序列，你可以不用选这些啊，选别的不行吗？有些种没有，但相应的属应该有吧，找那些应该也可以达到鉴定的目的……
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2010-08-30 10:17:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guozhibin
scelab:交流贴请勿纯表！ 2010-08-30 21:25:44
8楼2010-08-30 20:08:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

芥末蚕豆

铜虫 (初入文坛)
我老师后来告诉我让我到每个菌的基因组上去找！就都可以找到16S！后来试了试，好像还是对的！不过实在是初学，还有好多都有点迷糊！
赞一下 回复此楼
开心就好！
9楼2010-08-31 18:34:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 芥末蚕豆 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-15 06:49 by 5BDX0d0WFp7t
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-15 06:14 by 5BDX0d0WFp7t
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-15 06:01 by 5BDX0d0WFp7t
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 3/150 2026-09-15 05:49 by 5BDX0d0WFp7t
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:38 by 5BDX0d0WFp7t
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:38 by 5BDX0d0WFp7t
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 3/150 2026-09-15 05:26 by 5BDX0d0WFp7t
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-15 05:22 by 5BDX0d0WFp7t
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 00:21 by mibUvS8DDCwf
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-14 23:57 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-14 23:45 by vZfe6xYu34yj
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-14 23:33 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-14 23:24 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-14 23:13 by vZfe6xYu34yj
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 6/300 2026-09-14 22:37 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 21:37 by vZfe6xYu34yj
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:36 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:25 by vZfe6xYu34yj
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +4 两三岁ss 2026-09-14 4/200 2026-09-14 20:29 by 班主任的同桌
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:48 by Aj1rhIDL5ixY
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭