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whjhx

金虫 (正式写手)

[交流] 不同来源的同一种微生物基因序列是否相同

同一种方法分离自不同地方，比如水、土壤或植物中的同一种微生物，其16S或18S rRNA序列会否不同？或者是否有实质性或功能性的不同？
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1楼 2011-07-15 14:35:24
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
whjhx(金币+1):谢谢参与
dhd997(金币+2): 鼓励 2011-07-15 18:51:03
whjhx(金币+2): 2011-07-16 09:24:47
引用回帖:
Originally posted by whjhx at 2011-07-15 14:35:24:
同一种方法分离自不同地方，比如水、土壤或植物中的同一种微生物，其16S或18S rRNA序列会否不同？或者是否有实质性或功能性的不同？

没有功能上的不同，16S和18S不表达。
但是序列估计会有所不同。因为细菌的变异比较大。
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2楼2011-07-15 14:45:00
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whjhx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xiadongliang at 2011-07-15 14:45:00:
没有功能上的不同，16S和18S不表达。
但是序列估计会有所不同。因为细菌的变异比较大。

谢谢！研究它们16S和18S序列的不同有没有什么意义啊？会说明什么问题呢？
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3楼2011-07-15 14:55:47
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fwks3518

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
whjhx(金币+1):谢谢参与
dhd997(金币+2): 鼓励 2011-07-15 18:51:17
whjhx(金币+2): 2011-07-16 09:24:39
16s或者18s是看家基因（housekeeping gene），在进化中基本是不会发生重大变异的，变异速率很慢，研究不同微生物16s或18s一般可以构建进化树，或者是鉴定种属关系，一般用于种以上的鉴定。

ps：楼上说16s和18s不表达是不对的，二者都是稳定转录的
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4楼2011-07-15 15:17:35
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whjhx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fwks3518 at 2011-07-15 15:17:35:
16s或者18s是看家基因（housekeeping gene），在进化中基本是不会发生重大变异的，变异速率很慢，研究不同微生物16s或18s一般可以构建进化树，或者是鉴定种属关系，一般用于种以上的鉴定。

ps：楼上说16s和18s ...

谢谢！分离的几株不同来源的微生物确定是同一种，已不需要鉴定，那测16s或18s还有意义吗？测出的16s或18s序列如果有不同能说明什么问题啊？
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5楼2011-07-15 18:24:11
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gwbk

木虫 (正式写手)
★
whjhx(金币+1):谢谢参与
whjhx(金币+2): 2011-07-16 09:25:03
有一个小材料，可以参考下~
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6楼2011-07-15 20:05:02
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whjhx

金虫 (正式写手)
同一种方法分离自不同地方，比如水、土壤或植物中的同一种微生物，已确定是同种，而且就我个人的目的来说它们的功能是基本相同的，不知道还能利用它们做什么？直白说就是怎么利用它们发篇PAPER呢？
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7楼2011-07-16 09:24:22
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fwks3518 at 2011-07-15 15:17:35:
16s或者18s是看家基因（housekeeping gene），在进化中基本是不会发生重大变异的，变异速率很慢，研究不同微生物16s或18s一般可以构建进化树，或者是鉴定种属关系，一般用于种以上的鉴定。

ps：楼上说16s和18s ...

糊涂了，转录归转录，跟表达还是不一样吧？
既然没有表达出蛋白，还叫表达吗？
彻底搞乱了。
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8楼2011-07-16 18:19:04
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fwks3518

木虫 (正式写手)
whjhx(金币+1): 2011-07-17 11:49:07
引用回帖:
Originally posted by whjhx at 2011-07-16 09:24:22:
同一种方法分离自不同地方，比如水、土壤或植物中的同一种微生物，已确定是同种，而且就我个人的目的来说它们的功能是基本相同的，不知道还能利用它们做什么？直白说就是怎么利用它们发篇PAPER呢？

同一种微生物分离自不同环境，意味着为了适应环境，该微生物可能在会存在不同的适应方式，可能存在亚种或者更低层次的分类，可以试着进行分析环境与微生物适应性的关系。
或者这样的素材可以写成比较转录组、比较基因组等比较性文章或者。
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9楼2011-07-17 08:22:48
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fwks3518

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xiadongliang at 2011-07-16 18:19:04:
糊涂了，转录归转录，跟表达还是不一样吧？
既然没有表达出蛋白，还叫表达吗？
彻底搞乱了。

不一定所有基因的最后产物都是蛋白的，16s或者是18s最终产物就是rRNA，参与核蛋白体（ribosome）的组装
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10楼2011-07-17 08:29:31
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whjhx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fwks3518 at 2011-07-17 08:22:48:
同一种微生物分离自不同环境，意味着为了适应环境，该微生物可能在会存在不同的适应方式，可能存在亚种或者更低层次的分类，可以试着进行分析环境与微生物适应性的关系。
或者这样的素材可以写成比较转录组、 ...

好主意!可以做些和微生物生态方面有关的研究
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11楼2011-07-17 11:51:02
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gj2003

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
序列会有一定程度的变异，但对实质性的功能影响，目前尚未有定论。
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13楼2015-01-20 13:35:26
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ajiu11912012楼
2013-04-09 17:01   回复  
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