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biozlmer

铁虫 (初入文坛)

[求助] 如何得到已知蛋白序列的对应的基因序列

我手上现在有一株酵母工程菌,只知道这个质粒表达的蛋白序列,但是我想知道对应的目的蛋白编码基因序列,本来是有这个资料的,但是丢失了,请问如何得到?并且我要用这个基因序列设计引物,从而把这段序列P出来,所以不好直接用软件翻译蛋白序列为基因序列。求助各位~~~
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带刀猎人

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

设计引物P出来测序,这是最稳妥的,翻译软件翻译由于密码子的简并性,不准确的!
2楼2011-09-05 17:14:32
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yguang

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

提质粒,质粒的序列是已知的吧,拿质粒上的通用引物测序就行了!
3楼2011-09-05 17:31:19
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banana08162707

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

既然是工程菌,网上关于该酵母的资料会有的呀。找到你目的蛋白的上下游序列,把你的目的序列P出来。要不你可以把你的工程菌名称告诉我,我帮你查查看。
4楼2011-09-05 22:46:05
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lwenshan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1.可以直接根据蛋白序列设计简并引物pcr扩增然后测序。
2.是否知道启动子,如果知道,从启动子往下游测序。
3.是否知道筛选标记,或者复制区的信息,如果你知道的话,可以根据这些序列设计引物测序。
4.最后一招,选择几个内切酶把你的质粒切成几个片段,连puc之类的载体然后送去测序
5楼2011-09-07 09:58:10
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xt123xt

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

biozlmer(金币+5): 这个网站不错,谢谢啦 2011-09-08 19:40:49
http://www.expasy.org/tools/blast/

输入氨基酸序列

run blast

waiting。。。

往下拉

找到 100%Identities的那个

点左上角链接进入

Sequence databases里的就是

点链接进去

最下面就是核酸序列(注意CDS)
6楼2011-09-07 14:44:39
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lwenshan

木虫 (小有名气)

既然是工程菌,密码子也有可能做过优化的,或者做了某些别的改动,blast的结果不一定就是你载体里的实际序列。
7楼2011-09-10 12:15:50
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xt123xt

银虫 (小有名气)

同楼上 如果模板是原始DNA 那无所谓 如果你要拿工程菌(质粒)直接做模板 还是需要测序后再设计引物的
8楼2011-09-10 13:21:58
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楚姬

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by xt123xt at 2011-09-07 14:44:39
http://www.expasy.org/tools/blast/

输入氨基酸序列

run blast

waiting。。。

往下拉

找到 100%Identities的那个

点左上角链接进入

Sequence databases里的就是

点链接进去

最下面就是 ...

找不到100%Identities的,大多数都是70-80,90以上的都找不到
9楼2013-11-11 09:29:44
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