应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 【求助/交流】如何做多个DNA序列的蛋白质序列的比对?
101/1返回列表
查看: 2674  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

guohuayin

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】如何做多个DNA序列的蛋白质序列的比对?

我目前得到大量微生物同一基因的的DNA序列,可以直接对DNA序列进行比对,得到进化关系,我发现DNA序列存在着差异,同时我想进一步利用DNA序列进行相关蛋白质的序列比对. 因为考虑到DNA序列虽然有差异,但是在蛋白质水平上也许未必有差异.请问如何利用DNA序列进行蛋白质的比对呢?不想一个一个的翻译,觉得太麻烦了,有每没有专用的软件呢?可以直接把大量的DNA序列转为蛋白质序列进行比对?请了解朋友解释一下,多谢了.

[ Last edited by guohuayin on 2011-1-8 at 07:36 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-01-08 07:30:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

孤枫

金虫 (小有名气)
★
dhd997(金币+1):鼓励交流 2011-01-08 12:19:02
guohuayin(金币+5):谢谢回复.希望能有更好的办法. 2011-01-08 12:26:14
仅知DNAMAN，先把每个序列翻译成蛋白序列，然后比对，不知你的大量是多大量
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-01-08 11:22:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guohuayin

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 孤枫 at 2011-01-08 11:22:32:
仅知DNAMAN，先把每个序列翻译成蛋白序列，然后比对，不知你的大量是多大量

有一百多个序列,所以很多,一个一个的去做太需要时间了,有没有办法,直接把所有的序列进行蛋白质比对呢?多谢.
赞一下 回复此楼
3楼2011-01-08 12:12:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hyw1989960

木虫 (正式写手)
★
rainwander(金币+1):Vector NTI挺好用的，功能还多~~~鼓励积极参与~~~ 2011-01-08 16:01:07
vector 可以同时对比n个序列
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-01-08 13:04:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

孤枫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by guohuayin at 2011-01-08 12:12:37:


有一百多个序列,所以很多,一个一个的去做太需要时间了,有没有办法,直接把所有的序列进行蛋白质比对呢?多谢.

这个还真不知道。。。感觉还是要先翻译啊，一百多个做起来是得花上一两个小时，。。
赞一下 回复此楼
5楼2011-01-08 14:59:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)
我依稀记得BLAST系列有一个蛋白比对软件
上面可以直接输入蛋白在蛋白库的编号直接进行比对
LZ可以试试看
赞一下 回复此楼
6楼2011-01-08 15:09:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

srlee

铁杆木虫 (小有名气)
★
rainwander(金币+1):鼓励积极参与~~~ 2011-01-08 18:35:34
guohuayin(金币+5): thank you very much. 2011-02-22 12:03:45
引用回帖:
Originally posted by guohuayin at 2011-01-08 07:30:10:
我目前得到大量微生物同一基因的的DNA序列,可以直接对DNA序列进行比对,得到进化关系,我发现DNA序列存在着差异,同时我想进一步利用DNA序列进行相关蛋白质的序列比对. 因为考虑到DNA序列虽然有差异,但是在蛋白质水平 ...

这个问题很简单呀，把这些序列都导入BioEdit，然后选中所有导入的序列（ctrl+A），然后再转换为蛋白序列（ctrl+G）就可以了，你自己试一下看看呀！不知道是不是你要的结果？祝实验顺利！
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2011-01-08 17:55:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guohuayin

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by srlee at 2011-01-08 17:55:51:
这个问题很简单呀，把这些序列都导入BioEdit，然后选中所有导入的序列（ctrl+A），然后再转换为蛋白序列（ctrl+G）就可以了，你自己试一下看看呀！不知道是不是你要的结果？祝实验顺利！

我用你说的方法:
把所有序列都导入BioEdit，然后选中所有导入的序列（ctrl+A），然后再转换为蛋白序列（ctrl+G）就可以了，看到了结果,结果序列如何导出呢?能否导出象用clustal W格式的文件呢?多谢了!
赞一下 回复此楼
8楼2011-03-02 22:56:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

判官小艾

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
bioedit可以同时比对多个
赞一下 回复此楼
9楼2013-03-31 17:18:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小潘

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
guohuayin: 金币+10, thanks for your suggestion. welcome to communicate 2013-11-19 05:56:58
NCBI上有个BlastP可以比对蛋白
赞一下 回复此楼
10楼2013-11-18 21:16:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 guohuayin 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭