应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】请教多个蛋白质序列比对显示保守区域的问题
101/1返回列表
查看: 4191  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

sabrina9786

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】请教多个蛋白质序列比对显示保守区域的问题

我有4个功能相似的蛋白质序列，都含有多铜离子结合区域，想通过软件比对后，显示出他们之间的保守区域，也就是铜离子结合区域。如下面给出的例子！

想请教各位大侠使用何软件才能做到，谢谢！

[ Last edited by sabrina9786 on 2010-8-20 at 10:24 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

生物信息学

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-08-19 16:25:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月月大可

木虫 (著名写手)
sabrina9786(金币+1): 2010-08-20 10:00:36
我尝试用DNAman比对，效果挺好。
赞一下 回复此楼
2楼2010-08-19 23:27:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

微笑漩涡

新虫 (著名写手)
sabrina9786(金币+1): 2010-08-20 10:00:40
BioEdit对比后的编辑能力较强。
赞一下 回复此楼
3楼2010-08-20 08:42:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sabrina9786

木虫 (小有名气)
楼上两位还是没有说清楚，能否详细说明如何完成操作
赞一下 回复此楼
4楼2010-08-20 10:02:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月月大可

木虫 (著名写手)
sabrina9786(金币+2):谢谢！软件能否自动找出，保守区呢！如果能解决的话，奉送剩余金币！ 2010-08-20 10:11:57
引用回帖:
Originally posted by sabrina9786 at 2010-08-20 10:02:41:
楼上两位还是没有说清楚，能否详细说明如何完成操作

把你的每个氨基酸序列单独放入一个txt文件

打开DNAman，序列-------比对----多序列比对   选择你要比对的序列（文件格式要选择 全部 才能显示）  点击   氨基酸序列    其他参数默认。

片刻后就能看到比对结果。找出保守区
赞一下 回复此楼
5楼2010-08-20 10:07:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月月大可

木虫 (著名写手)
sabrina9786(金币+1):谢谢！没有这样的软件吗，别人的文章为什么可以显示出这样的图片？ 2010-08-20 10:25:54
软件会给出不同的颜色，表示是否一致。相同的都是黑色。

但是不会告诉你铜离子结合区。它只能推测保守区。
赞一下 回复此楼
6楼2010-08-20 10:16:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sabrina9786

木虫 (小有名气)
啊，我希望它能像上面我给出的图片中一样！
赞一下 回复此楼
7楼2010-08-20 10:25:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
sabrina9786(金币+2):谢谢！ 2010-08-20 15:44:24
铜离子结合区，是别人把那断区域剪下来的，还是人工的啊，软件只会帮你比较，你再把比较后产生的氨基酸序列放到NCBI里面BLAST，找到哪断为你的铜离子结合区，再把相应区域剪下来就行了……
赞一下 回复此楼
8楼2010-08-20 10:36:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月月大可

木虫 (著名写手)
sabrina9786(金币+1):谢谢！ 2010-08-20 15:44:49
同源比对的工具非常多，我只是常用DNAman。


图中给的保守序列大量显示为H，H本身就有极强的结合铜离子的功能，而这里显示不同蛋白又具有高度的保守型，推断它为结合区相对来说理由比较充足。
赞一下 回复此楼
9楼2010-08-20 10:36:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lentinula

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
貌似是得人工剪切下保守区再来比对。。
赞一下 回复此楼
10楼2013-03-07 10:12:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sabrina9786 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭