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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】请教多个蛋白质序列比对显示保守区域的问题
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sabrina9786

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】请教多个蛋白质序列比对显示保守区域的问题

我有4个功能相似的蛋白质序列，都含有多铜离子结合区域，想通过软件比对后，显示出他们之间的保守区域，也就是铜离子结合区域。如下面给出的例子！

想请教各位大侠使用何软件才能做到，谢谢！

[ Last edited by sabrina9786 on 2010-8-20 at 10:24 ]
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1楼 2010-08-19 16:25:41
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月月大可

木虫 (著名写手)
sabrina9786(金币+1): 2010-08-20 10:00:36
我尝试用DNAman比对，效果挺好。
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2楼2010-08-19 23:27:02
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微笑漩涡

新虫 (著名写手)
sabrina9786(金币+1): 2010-08-20 10:00:40
BioEdit对比后的编辑能力较强。
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3楼2010-08-20 08:42:45
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sabrina9786

木虫 (小有名气)
楼上两位还是没有说清楚，能否详细说明如何完成操作
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4楼2010-08-20 10:02:41
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月月大可

木虫 (著名写手)
sabrina9786(金币+2):谢谢！软件能否自动找出，保守区呢！如果能解决的话，奉送剩余金币！ 2010-08-20 10:11:57
引用回帖:
Originally posted by sabrina9786 at 2010-08-20 10:02:41:
楼上两位还是没有说清楚，能否详细说明如何完成操作

把你的每个氨基酸序列单独放入一个txt文件

打开DNAman，序列-------比对----多序列比对   选择你要比对的序列（文件格式要选择 全部 才能显示）  点击   氨基酸序列    其他参数默认。

片刻后就能看到比对结果。找出保守区
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5楼2010-08-20 10:07:19
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月月大可

木虫 (著名写手)
sabrina9786(金币+1):谢谢！没有这样的软件吗，别人的文章为什么可以显示出这样的图片？ 2010-08-20 10:25:54
软件会给出不同的颜色，表示是否一致。相同的都是黑色。

但是不会告诉你铜离子结合区。它只能推测保守区。
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6楼2010-08-20 10:16:47
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sabrina9786

木虫 (小有名气)
啊，我希望它能像上面我给出的图片中一样！
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7楼2010-08-20 10:25:09
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
sabrina9786(金币+2):谢谢！ 2010-08-20 15:44:24
铜离子结合区，是别人把那断区域剪下来的，还是人工的啊，软件只会帮你比较，你再把比较后产生的氨基酸序列放到NCBI里面BLAST，找到哪断为你的铜离子结合区，再把相应区域剪下来就行了……
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8楼2010-08-20 10:36:19
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月月大可

木虫 (著名写手)
sabrina9786(金币+1):谢谢！ 2010-08-20 15:44:49
同源比对的工具非常多，我只是常用DNAman。


图中给的保守序列大量显示为H，H本身就有极强的结合铜离子的功能，而这里显示不同蛋白又具有高度的保守型，推断它为结合区相对来说理由比较充足。
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9楼2010-08-20 10:36:36
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lentinula

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
貌似是得人工剪切下保守区再来比对。。
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10楼2013-03-07 10:12:54
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