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guohuayin

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】如何做多个DNA序列的蛋白质序列的比对?

我目前得到大量微生物同一基因的的DNA序列,可以直接对DNA序列进行比对,得到进化关系,我发现DNA序列存在着差异,同时我想进一步利用DNA序列进行相关蛋白质的序列比对. 因为考虑到DNA序列虽然有差异,但是在蛋白质水平上也许未必有差异.请问如何利用DNA序列进行蛋白质的比对呢?不想一个一个的翻译,觉得太麻烦了,有每没有专用的软件呢?可以直接把大量的DNA序列转为蛋白质序列进行比对?请了解朋友解释一下,多谢了.

[ Last edited by guohuayin on 2011-1-8 at 07:36 ]
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1楼2011-01-08 07:30:10
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孤枫

金虫 (小有名气)
★
dhd997(金币+1):鼓励交流 2011-01-08 12:19:02
guohuayin(金币+5):谢谢回复.希望能有更好的办法. 2011-01-08 12:26:14
仅知DNAMAN，先把每个序列翻译成蛋白序列，然后比对，不知你的大量是多大量
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2楼2011-01-08 11:22:32
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guohuayin

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 孤枫 at 2011-01-08 11:22:32:
仅知DNAMAN，先把每个序列翻译成蛋白序列，然后比对，不知你的大量是多大量

有一百多个序列,所以很多,一个一个的去做太需要时间了,有没有办法,直接把所有的序列进行蛋白质比对呢?多谢.
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3楼2011-01-08 12:12:37
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hyw1989960

木虫 (正式写手)
★
rainwander(金币+1):Vector NTI挺好用的，功能还多~~~鼓励积极参与~~~ 2011-01-08 16:01:07
vector 可以同时对比n个序列
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4楼2011-01-08 13:04:11
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孤枫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by guohuayin at 2011-01-08 12:12:37:


有一百多个序列,所以很多,一个一个的去做太需要时间了,有没有办法,直接把所有的序列进行蛋白质比对呢?多谢.

这个还真不知道。。。感觉还是要先翻译啊，一百多个做起来是得花上一两个小时，。。
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5楼2011-01-08 14:59:22
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jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)
我依稀记得BLAST系列有一个蛋白比对软件
上面可以直接输入蛋白在蛋白库的编号直接进行比对
LZ可以试试看
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6楼2011-01-08 15:09:41
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srlee

铁杆木虫 (小有名气)
★
rainwander(金币+1):鼓励积极参与~~~ 2011-01-08 18:35:34
guohuayin(金币+5): thank you very much. 2011-02-22 12:03:45
引用回帖:
Originally posted by guohuayin at 2011-01-08 07:30:10:
我目前得到大量微生物同一基因的的DNA序列,可以直接对DNA序列进行比对,得到进化关系,我发现DNA序列存在着差异,同时我想进一步利用DNA序列进行相关蛋白质的序列比对. 因为考虑到DNA序列虽然有差异,但是在蛋白质水平 ...

这个问题很简单呀，把这些序列都导入BioEdit，然后选中所有导入的序列（ctrl+A），然后再转换为蛋白序列（ctrl+G）就可以了，你自己试一下看看呀！不知道是不是你要的结果？祝实验顺利！
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7楼2011-01-08 17:55:51
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guohuayin

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by srlee at 2011-01-08 17:55:51:
这个问题很简单呀，把这些序列都导入BioEdit，然后选中所有导入的序列（ctrl+A），然后再转换为蛋白序列（ctrl+G）就可以了，你自己试一下看看呀！不知道是不是你要的结果？祝实验顺利！

我用你说的方法:
把所有序列都导入BioEdit，然后选中所有导入的序列（ctrl+A），然后再转换为蛋白序列（ctrl+G）就可以了，看到了结果,结果序列如何导出呢?能否导出象用clustal W格式的文件呢?多谢了!
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8楼2011-03-02 22:56:45
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判官小艾

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
bioedit可以同时比对多个
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9楼2013-03-31 17:18:26
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小小潘

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
guohuayin: 金币+10, thanks for your suggestion. welcome to communicate 2013-11-19 05:56:58
NCBI上有个BlastP可以比对蛋白
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10楼2013-11-18 21:16:45
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