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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 如何得到已知蛋白序列的对应的基因序列
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biozlmer

铁虫 (初入文坛)

[求助] 如何得到已知蛋白序列的对应的基因序列

我手上现在有一株酵母工程菌，只知道这个质粒表达的蛋白序列，但是我想知道对应的目的蛋白编码基因序列，本来是有这个资料的，但是丢失了，请问如何得到？并且我要用这个基因序列设计引物，从而把这段序列P出来，所以不好直接用软件翻译蛋白序列为基因序列。求助各位~~~
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1楼 2011-09-05 15:04:23
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带刀猎人

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

设计引物P出来测序，这是最稳妥的，翻译软件翻译由于密码子的简并性，不准确的！
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2楼2011-09-05 17:14:32
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yguang

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

提质粒，质粒的序列是已知的吧，拿质粒上的通用引物测序就行了！
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3楼2011-09-05 17:31:19
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banana08162707

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

既然是工程菌，网上关于该酵母的资料会有的呀。找到你目的蛋白的上下游序列，把你的目的序列P出来。要不你可以把你的工程菌名称告诉我，我帮你查查看。
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4楼2011-09-05 22:46:05
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lwenshan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1.可以直接根据蛋白序列设计简并引物pcr扩增然后测序。
2.是否知道启动子，如果知道，从启动子往下游测序。
3.是否知道筛选标记，或者复制区的信息，如果你知道的话，可以根据这些序列设计引物测序。
4.最后一招，选择几个内切酶把你的质粒切成几个片段，连puc之类的载体然后送去测序
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5楼2011-09-07 09:58:10
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xt123xt

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

biozlmer(金币+5): 这个网站不错，谢谢啦 2011-09-08 19:40:49
http://www.expasy.org/tools/blast/

输入氨基酸序列

run blast

waiting。。。

往下拉

找到 100%Identities的那个

点左上角链接进入

Sequence databases里的就是

点链接进去

最下面就是核酸序列（注意CDS）
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-09-07 14:44:39
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lwenshan

木虫 (小有名气)
既然是工程菌，密码子也有可能做过优化的，或者做了某些别的改动，blast的结果不一定就是你载体里的实际序列。
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7楼2011-09-10 12:15:50
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xt123xt

银虫 (小有名气)
同楼上 如果模板是原始DNA 那无所谓 如果你要拿工程菌（质粒）直接做模板 还是需要测序后再设计引物的
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8楼2011-09-10 13:21:58
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楚姬

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xt123xt at 2011-09-07 14:44:39
http://www.expasy.org/tools/blast/

输入氨基酸序列

run blast

waiting。。。

往下拉

找到 100%Identities的那个

点左上角链接进入

Sequence databases里的就是

点链接进去

最下面就是 ...

找不到100%Identities的，大多数都是70-80，90以上的都找不到
赞一下 回复此楼
9楼2013-11-11 09:29:44
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