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whjhx

金虫 (正式写手)

[交流] 不同来源的同一种微生物基因序列是否相同

同一种方法分离自不同地方，比如水、土壤或植物中的同一种微生物，其16S或18S rRNA序列会否不同？或者是否有实质性或功能性的不同？
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1楼 2011-07-15 14:31:13
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)
★ ★ ★
whjhx(金币+1):谢谢参与
scelab(金币+2): 谢谢交流 2011-07-15 22:09:43
引用回帖:
Originally posted by whjhx at 2011-07-15 14:31:13:
同一种方法分离自不同地方，比如水、土壤或植物中的同一种微生物，其16S或18S rRNA序列会否不同？或者是否有实质性或功能性的不同？

16S或18S rRNA序列非常保守，不受环境选择压力的影响，所以不同环境来源的同一种微生物其16S或18S rRNA序列不会有实质性或功能性的不同，但一些功能基因可能会发生变化！
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2楼2011-07-15 14:45:09
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whjhx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by jinkui960 at 2011-07-15 14:45:09:
16S或18S rRNA序列非常保守，不受环境选择压力的影响，所以不同环境来源的同一种微生物其16S或18S rRNA序列不会有实质性或功能性的不同，但一些功能基因可能会发生变化！

谢谢！那要分析它们的不同该怎么办呢？我也不知道功能基因在哪啊，难不定测全基因组序列？
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3楼2011-07-15 14:54:07
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)
whjhx(金币+2): 2011-07-15 21:50:36
引用回帖:
Originally posted by whjhx at 2011-07-15 14:54:07:
谢谢！那要分析它们的不同该怎么办呢？我也不知道功能基因在哪啊，难不定测全基因组序列？

这个要根据你的研究目的而定，比如，你可以先比较它们的生理特性，对环境温度、PH的适应性，对某种底物的利用能力，产生某种蛋白、酶和次生代谢产物的差异，等等！
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4楼2011-07-15 18:37:54
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whjhx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by jinkui960 at 2011-07-15 18:37:54:
这个要根据你的研究目的而定，比如，你可以先比较它们的生理特性，对环境温度、PH的适应性，对某种底物的利用能力，产生某种蛋白、酶和次生代谢产物的差异，等等！

如果它们某一方面的功能有差异，我该如何找出控制这种功能的基因啊？测全基因组？
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5楼2011-07-15 21:59:31
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)
★ ★ ★ ★ ★
scelab(金币+5): 测genome，确实很爽，呵呵 2011-07-15 23:12:41
whjhx(金币+2): 2011-07-16 09:16:04
引用回帖:
Originally posted by whjhx at 2011-07-15 21:59:31:
如果它们某一方面的功能有差异，我该如何找出控制这种功能的基因啊？测全基因组？

如果相近的微生物也有类似功能基因，就可以设计简并引物扩增同源基因，再来比较有没有差异。
有很多方法可以选择，因为你的差异不明确，所以也不能给你一个很好的答案。
如果经费多的话，测全基因组也不失为一种好方法！
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6楼2011-07-15 22:34:33
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)
whjhx(金币+2): 2011-07-16 09:16:10
引用回帖:
Originally posted by whjhx at 2011-07-15 21:59:31:
如果它们某一方面的功能有差异，我该如何找出控制这种功能的基因啊？测全基因组？

除非是有非常重要的差异，能发非常好的paper或者在工业上有很大的价值，不然测全基因组也意义不大，现在测序成本下降，已经不再像以前光测序就能发好的paper了！
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7楼2011-07-16 00:46:34
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whjhx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by jinkui960 at 2011-07-16 00:46:34:
除非是有非常重要的差异，能发非常好的paper或者在工业上有很大的价值，不然测全基因组也意义不大，现在测序成本下降，已经不再像以前光测序就能发好的paper了！

可惜没有明显的差异，已确定是同种，而且就我个人的目的来说它们的功能是基本相同的，不知道还能利用它们做什么？直白说就是怎么利用它们发篇PAPER呢？
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8楼2011-07-16 09:26:53
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