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不同来源的同一种微生物基因序列是否相同
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不同来源的同一种微生物基因序列是否相同
同一种方法分离自不同地方,比如水、土壤或植物中的同一种微生物,其16S或18S rRNA序列会否不同?或者是否有实质性或功能性的不同?
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):谢谢参与
scelab(金币+2): 谢谢交流 2011-07-15 22:09:43
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whjhx
at 2011-07-15 14:31:13:
同一种方法分离自不同地方,比如水、土壤或植物中的同一种微生物,其16S或18S rRNA序列会否不同?或者是否有实质性或功能性的不同?
16S或18S rRNA序列非常保守,不受环境选择压力的影响,所以不同环境来源的同一种微生物其16S或18S rRNA序列不会有实质性或功能性的不同,但一些功能基因可能会发生变化!
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2011-07-15 14:45:09
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jinkui960
at 2011-07-15 14:45:09:
16S或18S rRNA序列非常保守,不受环境选择压力的影响,所以不同环境来源的同一种微生物其16S或18S rRNA序列不会有实质性或功能性的不同,但一些功能基因可能会发生变化!
谢谢!那要分析它们的不同该怎么办呢?我也不知道功能基因在哪啊,难不定测全基因组序列?
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2011-07-15 14:54:07
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whjhx(金币+2): 2011-07-15 21:50:36
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whjhx
at 2011-07-15 14:54:07:
谢谢!那要分析它们的不同该怎么办呢?我也不知道功能基因在哪啊,难不定测全基因组序列?
这个要根据你的研究目的而定,比如,你可以先比较它们的生理特性,对环境温度、PH的适应性,对某种底物的利用能力,产生某种蛋白、酶和次生代谢产物的差异,等等!
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2011-07-15 18:37:54
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jinkui960
at 2011-07-15 18:37:54:
这个要根据你的研究目的而定,比如,你可以先比较它们的生理特性,对环境温度、PH的适应性,对某种底物的利用能力,产生某种蛋白、酶和次生代谢产物的差异,等等!
如果它们某一方面的功能有差异,我该如何找出控制这种功能的基因啊?测全基因组?
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2011-07-15 21:59:31
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scelab(金币+5): 测genome,确实很爽,呵呵 2011-07-15 23:12:41
whjhx(金币+2): 2011-07-16 09:16:04
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Originally posted by
whjhx
at 2011-07-15 21:59:31:
如果它们某一方面的功能有差异,我该如何找出控制这种功能的基因啊?测全基因组?
如果相近的微生物也有类似功能基因,就可以设计简并引物扩增同源基因,再来比较有没有差异。
有很多方法可以选择,因为你的差异不明确,所以也不能给你一个很好的答案。
如果经费多的话,测全基因组也不失为一种好方法!
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2011-07-15 22:34:33
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whjhx(金币+2): 2011-07-16 09:16:10
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whjhx
at 2011-07-15 21:59:31:
如果它们某一方面的功能有差异,我该如何找出控制这种功能的基因啊?测全基因组?
除非是有非常重要的差异,能发非常好的paper或者在工业上有很大的价值,不然测全基因组也意义不大,现在测序成本下降,已经不再像以前光测序就能发好的paper了!
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2011-07-16 00:46:34
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jinkui960
at 2011-07-16 00:46:34:
除非是有非常重要的差异,能发非常好的paper或者在工业上有很大的价值,不然测全基因组也意义不大,现在测序成本下降,已经不再像以前光测序就能发好的paper了!
可惜没有明显的差异,已确定是同种,而且就我个人的目的来说它们的功能是基本相同的,不知道还能利用它们做什么?直白说就是怎么利用它们发篇PAPER呢?
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2011-07-16 09:26:53
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