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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】16s 构建进化树
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芥末蚕豆

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】16s 构建进化树 已有7人参与

弱弱的请问：我想构建16s RNA进化树，我在NCBI上检索16s 的基因序列，但好多都是rimM、sun或是其他的一些16S ribosomal RNA 上的一些基因，不是16S ribosomal RNA gene，所以我想知道我到底要下载哪种基因构建进化树啊？好多菌种检索不到16S ribosomal RNA gene 啊！
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开心就好！
1楼 2010-08-25 19:32:43
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千里千寻5801

金虫 (小有名气)
★ ★
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silicare(金币+1):你的帖子好少啊~ 2010-08-26 17:53:55
先确认你所需要的菌株的序列号，输入你所需要菌株的序列号，在NCBI上就可以下载相应的序列了。
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时间蹉跎了我的青春，却也见证了你我的经历！好好珍惜时间，珍惜自己！
2楼2010-08-26 16:19:29
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pxf983621

铁杆木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
用那个软件，按步骤来就行啦。
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3楼2010-08-26 17:14:19
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芥末蚕豆

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 千里千寻5801 at 2010-08-26 16:19:29:
先确认你所需要的菌株的序列号，输入你所需要菌株的序列号，在NCBI上就可以下载相应的序列了。

那我要是想下这个呢Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida A449，具体能写一下步骤吗？我只能收索到18个相关的基因（rrsA、rrsC、era……）
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开心就好！
4楼2010-08-26 17:40:54
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欣晴5832

金虫 (小有名气)
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silicare(金币+1):谢谢参与 2010-08-28 23:01:25
用DNASTAR直接blastn就能出来与你序列相关的所有序列，按相似度排列，你可以选择你需要的download
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5楼2010-08-28 22:55:59
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lwh66

金虫 (小有名气)
我一直是用BLAST，网上分析下，得到结果后，按相似度进行选择性下载，这样快点，不过确实不是所有的菌都有很多16S ribosomal RNA gene 。
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6楼2010-08-30 09:45:05
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
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silicare(金币+1):谢谢参与 2010-08-30 11:28:04
我认为，NCBI上有些菌没有16S的基因序列，你可以不用选这些啊，选别的不行吗？有些种没有，但相应的属应该有吧，找那些应该也可以达到鉴定的目的……
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7楼2010-08-30 10:17:37
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guozhibin
scelab:交流贴请勿纯表！ 2010-08-30 21:25:44
8楼2010-08-30 20:08:21
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芥末蚕豆

铜虫 (初入文坛)
我老师后来告诉我让我到每个菌的基因组上去找！就都可以找到16S！后来试了试，好像还是对的！不过实在是初学，还有好多都有点迷糊！
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开心就好！
9楼2010-08-31 18:34:47
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