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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 如何鉴定一个新分离纯化获得的菌株的分类地位？
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qiaolinkun

银虫 (小有名气)

[求助] 如何鉴定一个新分离纯化获得的菌株的分类地位？

如题
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1楼 2012-01-04 13:43:01
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回帖置顶 ( 共有1个 )

Sunflower89

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhang8826857(金币+5, MicEPI+1): 鼓励新虫，good 2012-01-04 22:24:21
引用回帖:
4楼: Originally posted by wjf008 at 2012-01-04 17:25:18:
通过16sRNA的pcr进行基因测序，构建系统发育树，楼主是要这样么？

对，如果你要是想知道你分离的菌株是属于哪个属，哪个种的话，16s rRNA基因序列比对构建进化树就可以知道了；如果你的目的是鉴定新种的话，做完上面这些步骤，初步鉴定之后，还要进行多相分类学鉴定。
多相分类学鉴定包括表型特征分析（生理生化特征，酶学特征，脂肪酸组分分析等），遗传性分析（16S rRNA基因序列同源比对，基因组DNA的分子杂交 ，G+C含量）和系统发育分析三个方面。
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6楼2012-01-04 17:57:36
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

天鸟

木虫 (正式写手)
其实简单点，看看杂志上人家做什么指标，你就做什么指标了。
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快乐生活，我快乐
8楼2012-01-05 08:45:14
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普通回帖

Sunflower89

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857(金币+5): 鼓励新虫，加油 2012-01-04 16:58:09
qiaolinkun(金币+10): ★★★★★最佳答案 谢了！ 2012-01-04 20:55:34
我以细菌为例简单的说一下：
提取总DNA，对16s rRNA基因序列进行扩增（做pcr），对这个序列进行测序（你可以让测序公司给你测），在EZTEXON上进行比 ，就可以初步鉴定这株细菌的分类地位了。
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2楼2012-01-04 16:22:37
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qiaolinkun

银虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by Sunflower89 at 2012-01-04 16:22:37:
我以细菌为例简单的说一下：
提取总DNA，对16s rRNA基因序列进行扩增（做pcr），对这个序列进行测序（你可以让测序公司给你测），在EZTEXON上进行比 ，就可以初步鉴定这株细菌的分类地位了。

只需要做16s rRNA么？
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3楼2012-01-04 17:01:37
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wjf008

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
通过16sRNA的pcr进行基因测序，构建系统发育树，楼主是要这样么？
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4楼2012-01-04 17:25:18
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qiaolinkun

银虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by wjf008 at 2012-01-04 17:25:18:
通过16sRNA的pcr进行基因测序，构建系统发育树，楼主是要这样么？

我想知道除了对16s rRNA进行测序是否还需要其它手段进行鉴定？
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5楼2012-01-04 17:55:39
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶
引用回帖:
6楼: Originally posted by Sunflower89 at 2012-01-04 17:57:36:
对，如果你要是想知道你分离的菌株是属于哪个属，哪个种的话，16s rRNA基因序列比对构建进化树就可以知道了；如果你的目的是鉴定新种的话，做完上面这些步骤，初步鉴定之后，还要进行多相分类学鉴定。
多相分类 ...

请问您口中的“酶学特征”是什么意思，能否举例说明？
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
7楼2012-01-05 00:40:44
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hnlbdu

银虫 (正式写手)
回答的很好。
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Just to be the best
9楼2013-01-11 16:36:38
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Sunflower89

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2012-01-05 00:40:44
请问您口中的“酶学特征”是什么意思，能否举例说明？...

酶学特征就是你的细菌有哪些酶活性，比如氧化酶、过氧化氢酶、脲酶、色氨酸脱氢酶、鸟氨酸脱氢酶、β-半乳糖苷酶.......等等，具体要做哪些酶是要看你的细菌属于哪个属之后，看它模式菌株都用了哪些指标就可以。
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10楼2013-01-27 13:27:24
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