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jacber木虫 (正式写手)
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[求助]
关于生物进化发育树之类的分析
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| 我最近才接触这方面的内容，很多原理性的东西都不是很了解，特别是在微生物鉴定后怎么分析其同源性，生物进化发育树等，有没有人提供下相关的统计分析之类的资料啊 ，万分感激，有合适提供者再追加大奖 |
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 【分子生物】EPI帖 | 土壤真菌 | 土壤真菌 | 写论文用 |
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jinkui960
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【答案】应助回帖
1949stone(MolEPI+1): 果然很辛苦啊 2011-08-03 17:42:28
jacber(金币+5): 谢谢 2011-08-03 18:31:34
jacber(金币+5): 1 2011-08-06 02:17:02
jacber(金币+5): 谢谢 2011-08-03 18:31:34
jacber(金币+5): 1 2011-08-06 02:17:02
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一般来说，在克隆得到微生物的保守序列，真菌如ITS序列，细菌如16S rRNA序列以后，先在NCBI上进行Blast检索，确定哪些序列和哪些微生物的相似性比较高，然后下载相似性比较高的序列，最好是下载标准菌株的序列，这样结果更可信。 序列下载了以后，就可以用Clustal软件进行序列比对，并根据自己的目的利用不同的软件构件系统发育树，一般新手常用的构树软件是Mega（4.0）。由于一种软件或者方法构出来的树可能存在一些偏差（Bias）,所以一般采用不同的软件和不同的方法构树，如果不同软件、不同方法构出的树的拓扑结构一致的话，结果会更可信。 不同的进化发育树选择不同的方法，构建NJ树，可以用PHYLIP或MEGA；构建MP树，最好的工具是PAUP；构建ML树可以使用PHYML；贝叶斯树用MrBayes软件。ML树和贝叶斯树要花很长的时间，尤其是贝叶斯树还需要专用电脑。一般的杂志用MEGA也被认可！ 网上有很多这方面的文献，可以参考： 1）进化树构建需要哪些工具 http://zhidao.baidu.com/question/145295640 2）分子进化树构建及数据分析的简介 http://wenku.baidu.com/view/0f4c852c2af90242a895e541.html 希望对你有帮助！ |
2楼2011-08-03 16:56:04
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3楼2011-08-14 09:53:15
JessieDai
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5楼2011-08-25 17:44:51
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8楼2013-09-10 11:20:36
9楼2015-03-22 15:19:56
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木虫 (正式写手)
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