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冰鱼儿

金虫 (正式写手)

[求助] 真菌种属鉴定 系统发育树构建

系统发育树哪些用于比对的序列是怎么选择的,从NCBI数据库直接复制下来的吗,选择原则是什么,是全基因序列吗?谢谢
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madengyu

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

2楼2011-08-03 17:20:06
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by madengyu at 2011-08-03 17:20:06:
请问你问题解决了嘛?我也有一株真菌要鉴定一下是那个种,能赐教一下吗。谢谢!

真菌的鉴定依据如下:
1)形态学特征:菌丝的形态(有无隔膜)、分生孢子和分生孢子梗的形态、是否产色素等。
2)生理生化试验:常规的生理生化试验,可以参考相关的实验手册;
3)分子生物学鉴定,真菌一般扩增保守的ITS序列,测序以后在NCBI中进行序列同源性比对,也可以通过软件构件系统进化树,进一步确定真菌的分类地位。

只有通过以上几个方面的结合,才能把一株真菌鉴定到种。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2011-08-03 17:39:11
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)

系统树的构建,可以参考我刚刚回复的帖子!

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3454662&fpage=1
4楼2011-08-03 17:41:02
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jinzhi2010

银虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jinkui960 at 2011-08-03 10:39:11
真菌的鉴定依据如下:
1)形态学特征:菌丝的形态(有无隔膜)、分生孢子和分生孢子梗的形态、是否产色素等。
2)生理生化试验:常规的生理生化试验,可以参考相关的实验手册;
3)分子生物学鉴定,真菌一般扩增 ...

请问我们自己可以把真菌鉴定到种吗?还是只能鉴定到属,怎样鉴定自己拿到的是不是一个新的菌种呢?
有所突破~~
5楼2014-09-02 21:19:59
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cindy1217

银虫 (初入文坛)

要看你的目的了,物种的系统发育树是全基因组的,先分析单拷贝直系同源基因,再比对了建树
6楼2019-05-06 18:37:53
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