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hunter3401

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】如何构建系统更发育树 已有12人参与

本人做了一株菌的16S，现在想构建它系统发育树，请虫友们帮忙看下，这样做是否合理，首先Clustx进行多序列比对，将比对的结果MEGA分析——N-Jtree.如果合理的话该如何选择用来进行比对的菌的序列？假如说我的菌与枯草芽孢杆菌有99%的相似性，那么我是在这些结果里来找序列进行Clustx比对吗?
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1楼 2010-08-08 09:52:57
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fanta911

新虫 (初入文坛)
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看天(金币+3):鼓励交流 2010-08-08 13:23:44
好像大家都不大精通这方面，我曾经发帖子希望大家讨论一下可惜回复的也太少。
我没做过细菌的，但是通过做真菌的its也多少了解些，把我的想法说说。做树，首先要在genbank上搜索相似序列，但是上面提交的序列也很多很乱，你要把握的原则是，一要ident那个值要高，二要具体看那条序列的详细信息（序列是否完整，是否可信，这一点主要看信息里的文章是否已经发表）。选几条值高的那个属，然后再选个外类群，做树就可以了，具体的还需要具体摸索。一般百分之99以上可能就是那个种了，不过我这些都是自己摸索，希望辩证的来看。
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2楼2010-08-08 10:29:38
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
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看天(金币+2):很热心 2010-08-08 13:23:54
我认为可以直接将你的16s序列放入blast比对，找到2楼所说的，相似的序列，就是比对的前面的一些结果，还有，你想通过比对来鉴定你的细菌是吧，这样的话，可以尽量选择一些不同的种，相同的种一般不超过2个……
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome
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3楼2010-08-08 13:17:32
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普通回帖

jndxmmc

新虫 (小有名气)
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先去NCBI下载相似性高的序列 其实你做之前就基本确定菌的种属了，下载模式株也行，然后Clustx进行多序列比对，将比对的结果MEGA分析，构建系统发育数就ok了
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4楼2010-08-11 11:17:29
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njauzx

金虫 (小有名气)
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学习中
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5楼2010-08-11 14:26:30
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pxf983621

铁杆木虫 (小有名气)
★
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按那个软件的说明做就可以了。
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6楼2010-08-11 20:29:12
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欣晴5832

金虫 (小有名气)
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reasonspare(金币+1):谢谢分享。 2010-08-12 06:06:18
先把你的序列放到ncbi或用DNASTAR这样的软件blast一下，结果会按照同源性的高低给一个评分，选择高的序列，需要多少序列就看你的用途了，如果你是想确定类群的话个人认为可以多选一些，挑选有价值的，如果已经确定了类群，只是要做系统树而选择外类群的话就没有必要选的太多。
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7楼2010-08-11 21:13:23
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hunter3401

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by jndxmmc at 2010-08-11 11:17:29:
先去NCBI下载相似性高的序列 其实你做之前就基本确定菌的种属了，下载模式株也行，然后Clustx进行多序列比对，将比对的结果MEGA分析，构建系统发育数就ok了

请问下哪些是模式株？比如说
哪里可以查到？
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8楼2010-08-23 09:57:54
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jndxmmc

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
模式株很多 有些文献都有注明 菌保中心这方面的资料很全
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9楼2010-08-25 08:35:13
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05243003

木虫 (正式写手)

蓝色的天
NCBI里好多都是无效种，做16S的话建议到韩国EzTaxon Server Version 2.1 里去找相似性的菌株，里边都是已发表的典型菌株。
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10楼2010-08-25 08:59:56
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