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hunter3401

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】如何构建系统更发育树 已有12人参与

本人做了一株菌的16S,现在想构建它系统发育树,请虫友们帮忙看下,这样做是否合理,首先Clustx进行多序列比对,将比对的结果MEGA分析——N-Jtree.如果合理的话该如何选择用来进行比对的菌的序列?假如说我的菌与枯草芽孢杆菌有99%的相似性,那么我是在这些结果里来找序列进行Clustx比对吗?
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欣晴5832

金虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
reasonspare(金币+1):谢谢分享。 2010-08-12 06:06:18
先把你的序列放到ncbi或用DNASTAR这样的软件blast一下,结果会按照同源性的高低给一个评分,选择高的序列,需要多少序列就看你的用途了,如果你是想确定类群的话个人认为可以多选一些,挑选有价值的,如果已经确定了类群,只是要做系统树而选择外类群的话就没有必要选的太多。
7楼2010-08-11 21:13:23
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