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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 基于氨基酸的系统发育树的构建
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whuthefen

新虫 (初入文坛)

[求助] 基于氨基酸的系统发育树的构建

大家好。我最近构建系统发育树，我通过PCR扩增到功能基因片段，功能基因片段通过NCBI上面的blastx检索到最相似的氨基酸序列，然后构建氨基酸序列系统发育树。我的问题是：首先，这样做对吗？其次，同一个DNA序列，我通过BLASTn和BLASTx检索，发现BLASTn检索最相似的DNA序列和Blastx检索出最相似的氨基酸序列不是同一个片段，这就意味着基于氨基酸的系统发育树不能反映基于DNA的系统发育树？而什么时候选基于氨基酸的系统发育树，什么时候选基于DNA的系统发育树呢？我觉得，应该是看自己论文的需要，如果论文想反应DNA序列的遗传适应性，应该选基于DNA的系统发育树，如果倾向于功能分析，选择基于氨基酸的系统发育树。但是，这两个都可以反应同源关系吧,因为系统发育树基于相似性构建的，相似性大意味着可能是同源的。最后，我还有一个问题，如果要证明两个序列是同源的，如何证明呢？
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1楼2011-10-07 12:40:00
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红多多

木虫 (正式写手)

版筑饭牛的日子

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+5, MolEPI+1): 欢迎以后多交流，鼓励之 2011-10-08 07:51:59
其实你的问题我也同，但是我说说我的看法把。
我觉得通过序列做进化树仅仅是一种很低级的手段，不能说低级，怎么说呢，有一定科学性，但是不绝对。通过序列差异来判断两个基因是否同源是基于肯定两个基因有着共同起源这种理论采用的方法。这种方法如任何一种方法一样有着它的局限性，比如来自不同功能的基因，或者说在进化史上曾经有着功能分化的基因在不断衍化的过程中又产生了功能的交叉。那么这种情况你就说不清楚了他们的同源关系了。另外现在很多关于序列差异小但是功能差别大的报道。所以嘛，方法只是方法，我一般写文章都会在讨论的时候弱化这个问题，没办法，大家都明白的，这个不绝对。
关于你说的BLASTn和BLASTx检索出来的结果不一样是因为两个是在不同数据库里面检索的缘故。一般来说BLASTn的覆盖范围更广泛。关于用是用DNA序列还是氨基酸序列做进化树我的看法和你大致一样，就是有功能的看氨基酸，非编码序列则用DNA，但是线粒体叶绿体编码相关的蛋白貌似很多人用DNA序列做进化树。原因你明白的，密码子不一样带来了很多麻烦……
至于你最后一个问题，怎么证明两个序列同源，这个地方我认为说证明不太合适，说推测吧。道理你懂的，这个不绝对，所以……
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可以用QQ找我……
2楼2011-10-08 00:32:22
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whuthefen

新虫 (初入文坛)
★ ★
wanhscn(金币+2): 鼓励交流! 2011-10-08 13:42:02
我同意楼主说的，系统进化树有一定的科学性，但是不绝对。其实进化树可能给你一个线索，你可以根据这个线索推断，进而在去证明自己的推断。楼主说，写文章的时候弱化这个问题，是指在写文章的时候，只是提到序列可能具有什么功能，和什么已知的片段相似，而不去可以讨论差异由多少，进而过多推断功能差别有多大吗？
我还想和楼主讨论一个问题，因为我刚刚接触进化树，有些不太确定的地方。我测出来的DNA序列进行氨基酸比对。首先，我把DNA翻译成氨基酸，为了保证翻译的正确性，我直接通过BLASTx搜索，搜索结果反映该序列最有可能正确的翻译，可能是从正向第1，2，或3个碱基开始翻译的，也可能从反向1，2，3个碱基翻译。然后直接根据这个提示，采用bioedit 和primer软件把DNA翻译过来。   楼主是如何翻译DNA的呢？有没有什么软件，能直接把DNA翻译成6种氨基酸，然后在通过比对找出最有可能的氨基酸。
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3楼2011-10-08 13:06:31
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红多多

木虫 (正式写手)

版筑饭牛的日子

【答案】应助回帖

写文章的时候如果是单单做克隆而没有准确的功能上的比较的话最好不要提功能差异有多大，你就写具有多少多少同源性，和谁具有较高的亲缘关系，千万不要提功能差异等字眼，因为序列差异和功能差异没有直接关系。
翻译DNA一般来说有一段DNA序列根据读码框不一样会翻译出6中结果，一般来说读码框最长的那个就是你要的氨基酸序列。我觉得你在克隆基因的时候应该是带有目的性的克隆把，这样把你翻译的结果和数据库里的数据同源比对下，比出来相似性最高的那个蛋白的功能和你想要的目的片段功能是否相同，如果不是，你就在比对第二长的翻译出来的序列。一般就这么个套路。
我不是楼主，别叫我楼主，楼主是你呀~~~
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可以用QQ找我……
4楼2011-10-08 14:23:34
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whuthefen

新虫 (初入文坛)
我很少上论坛，不太清楚该怎么称呼，不再叫你楼主
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5楼2011-10-08 14:56:51
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henrylee223

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励交流 2011-10-10 17:11:27
如果要证明两个序列是同源的,首先要看它们序列identity 有多少，如果连30%都不到，即可判定不同源。zai看它们有无共同的特征结构域，如果有可能同源
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6楼2011-10-09 22:04:02
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416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
2223822楼: Originally posted by whuthefen at 2011-10-07 12:40:00
大家好。我最近构建系统发育树，我通过PCR扩增到功能基因片段，功能基因片段通过NCBI上面的blastx检索到最相似的氨基酸序列，然后构建氨基酸序列系统发育树。我的问题是：首先，这样做对吗？其次，同一个DNA序列，我 ...

① DNA与氨基酸不同一个片段，这才是正常的或者一般是正常的，毕竟编译过程（密码子→氨基酸）不是一一对应的，一种氨基酸可以有几种密码子来编码；
② 所以二者并不矛盾，可能数据库里面的信息本身还不够多，也许DNA的信息已经很丰富，你对比一下就可以找到与你序列非常接近的种，但是可能氨基酸的很少人把序列提交数据库，你比对就未必能够很精确地确定它的种，所以二者不一定会相符；
③ 判断你的菌属于什么种属，最好用16S rDNA，不要选用氨基酸，前面①说过为什么了，也就是说氨基酸是相对不“保守”的。如果你要分析蛋白质的功能等，那就一定要用氨基酸了，这时就去数据库比对相关的氨基酸序列。但是氨基酸序列只能用于判断蛋白质一二三级结构等模糊信息，不能像DNA那么精确。
④ 二者基本都可以反映同源关系，一般定到属是肯定没有问题的，而且不管是DNA还是氨基酸，你做出来的进化树跟某个序列很相似，你不能就说是它，只是说很接近，是不是它还需要做很多的分子鉴定工作。这时你只能给你的菌株单独命名，这个是特殊的，不管与其他序列多相似，都是独一无二的。同源性只是相对的，所以二者都可以反应问题；
⑤ 你最后一个问题没说明白，两个序列是，是什么东西？氨基酸与你的DNA还是？
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做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
7楼2012-06-14 10:36:04
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