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基于氨基酸的系统发育树的构建
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| 大家好。我最近构建系统发育树，我通过PCR扩增到功能基因片段，功能基因片段通过NCBI上面的blastx检索到最相似的氨基酸序列，然后构建氨基酸序列系统发育树。我的问题是：首先，这样做对吗？其次，同一个DNA序列，我通过BLASTn和BLASTx检索，发现BLASTn检索最相似的DNA序列和Blastx检索出最相似的氨基酸序列不是同一个片段，这就意味着基于氨基酸的系统发育树不能反映基于DNA的系统发育树？而什么时候选基于氨基酸的系统发育树，什么时候选基于DNA的系统发育树呢？我觉得，应该是看自己论文的需要，如果论文想反应DNA序列的遗传适应性，应该选基于DNA的系统发育树，如果倾向于功能分析，选择基于氨基酸的系统发育树。但是，这两个都可以反应同源关系吧,因为系统发育树基于相似性构建的，相似性大意味着可能是同源的。最后，我还有一个问题，如果要证明两个序列是同源的，如何证明呢？ |
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 【分子生物】EPI帖 |
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wanhscn(金币+2): 鼓励交流! 2011-10-08 13:42:02
wanhscn(金币+2): 鼓励交流! 2011-10-08 13:42:02
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我同意楼主说的，系统进化树有一定的科学性，但是不绝对。其实进化树可能给你一个线索，你可以根据这个线索推断，进而在去证明自己的推断。楼主说，写文章的时候弱化这个问题，是指在写文章的时候，只是提到序列可能具有什么功能，和什么已知的片段相似，而不去可以讨论差异由多少，进而过多推断功能差别有多大吗？ 我还想和楼主讨论一个问题，因为我刚刚接触进化树，有些不太确定的地方。我测出来的DNA序列进行氨基酸比对。首先，我把DNA翻译成氨基酸，为了保证翻译的正确性，我直接通过BLASTx搜索，搜索结果反映该序列最有可能正确的翻译，可能是从正向第1，2，或3个碱基开始翻译的，也可能从反向1，2，3个碱基翻译。然后直接根据这个提示，采用bioedit 和primer软件把DNA翻译过来。 楼主是如何翻译DNA的呢？有没有什么软件，能直接把DNA翻译成6种氨基酸，然后在通过比对找出最有可能的氨基酸。 |
3楼2011-10-08 13:06:31
5楼2011-10-08 14:56:51