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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » MEGA 5.0构建系统发育树的问题
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piaoyuaaa

金虫 (小有名气)

[求助] MEGA 5.0构建系统发育树的问题

已知样品序列（未知菌），在NCBI上比对，下载100%的相似序列，用MEGA5.0建树，为什么不在一棵树上呢？差别好远，几个相似的序列聚在一起，而我的样品序列则在另一大分支上面，是怎么回事？
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1楼 2011-08-26 09:47:15
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cexoihtydx

金虫 (正式写手)
★ ★
adslye(金币+2): 感谢交流~祝顺利！ 2011-08-26 15:06:10
你能确定你的已知样品序列是你所需要的基因吗？可以用其他的构建进化树软件试一下，看是否出现同样的情况
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不放弃，日子总有阳光，追求总有希望！
2楼2011-08-26 11:59:48
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
adslye(金币+1): 感谢交流~祝顺利！ 2011-08-26 15:06:38
piaoyuaaa(金币+2): 2011-09-03 07:34:34
序列方向不一致把。好好检查一下。
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3楼2011-08-26 12:11:50
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yangsh_nj

木虫 (著名写手)
★
adslye(金币+1): 感谢交流，祝顺利！ 2011-09-06 10:09:22
Mega系统进化树构建之前需要对序列进行排序。排序的时候一定要注意序列的方向。
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4楼2011-09-06 07:25:42
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cyz20050505

木虫 (正式写手)
靠，说详细点嘛，然后配上图，大家才好帮你解决撒。
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5楼2011-09-07 16:48:55
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apple870502

木虫 (小有名气)
请问楼主，mega 5是识别什么后缀的文件？我找到的使用说明说txt，结果截图里面文件栏里显示的是seq,但不管我用哪种格式，在建树时都添加不了，不知道为什么，现在用mega 5没法建树了呀！
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6楼2011-10-12 20:20:39
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hulqi

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2457016楼: Originally posted by apple870502 at 2011-10-12 20:20:39:
请问楼主，mega 5是识别什么后缀的文件？我找到的使用说明说txt，结果截图里面文件栏里显示的是seq,但不管我用哪种格式，在建树时都添加不了，不知道为什么，现在用mega 5没法建树了呀！

要用fasta格式
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7楼2012-04-12 10:20:11
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hujinlong

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2457016楼: Originally posted by apple870502 at 2011-10-12 20:20:39
请问楼主，mega 5是识别什么后缀的文件？我找到的使用说明说txt，结果截图里面文件栏里显示的是seq,但不管我用哪种格式，在建树时都添加不了，不知道为什么，现在用mega 5没法建树了呀！

把txt里的序列拷贝到mega里不就可以了嘛
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8楼2012-08-07 22:17:06
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cherishagnes

铜虫 (初入文坛)
你是不是前后没有对齐的部分没有删掉，我也是一样的状况，但是删了之后就好了
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9楼2014-03-10 13:40:38
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刘文静liu

新虫 (初入文坛)
怎么用MEGA软件计算各样品间的遗传距离值，以及遗传信息比较
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10楼2014-03-20 21:55:09
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