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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】（求助）急 回答就送金币啊关于mega 和phylip 画出来的系统发育树
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忧游鸟

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】（求助）急 回答就送金币啊关于mega 和phylip 画出来的系统发育树

我自己筛选出了一株菌S-1 放线菌链霉菌，最后测序得到的序列放进NCBI blastn 之后选取的都是相似度99% 的序列进行建树，但是选取的菌种都是1500bp 左右， 而我的只有985bp 采用phylip  是有一株菌和S-1 归为一支，但是mega的话，没有和 S-1 归为一株的 S-1 位于最下面。有知道什么原因的帮忙解释下啊


mega绘制

phylip 建树

[ Last edited by 忧游鸟 on 2010-11-20 at 09:51 ]
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1楼 2010-11-20 09:45:25
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boouy

银虫 (正式写手)
★
忧游鸟(金币+3): 2010-11-20 10:56:10
lstt09nk(金币+1):感谢参与，楼主还有未解决的疑问，期待你的关注 2010-11-20 13:05:55
建议序列第一轮比对后选择相同的长度再做第二轮alignment和tree。
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2楼2010-11-20 10:41:54
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忧游鸟

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by boouy at 2010-11-20 10:41:54:
建议序列第一轮比对后选择相同的长度再做第二轮alignment和tree。

非常感谢楼上的高手
楼上建议的怎么选取相同长度的片段呢？ 手动删除那些冗长的没有相似度比较的片段么？  如果mega 上不归位一支  是不是进化顺序表示不一样 可以归为不同的种呢  本人为环境专业的 才接触  求详解？

[ Last edited by 忧游鸟 on 2010-11-20 at 11:02 ]
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3楼2010-11-20 10:58:51
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boouy

银虫 (正式写手)
★ ★
dhd997(金币+2):热心鼓励 2010-11-21 10:16:07
忧游鸟(金币+10): 2010-11-21 10:43:14
引用回帖:
Originally posted by 忧游鸟 at 2010-11-20 10:58:51:


非常感谢楼上的高手
楼上建议的怎么选取相同长度的片段呢？ 手动删除那些冗长的没有相似度比较的片段么？  如果mega 上不归位一支  是不是进化顺序表示不一样 可以归为不同的种呢  本人为环境专业的 才接触  ...

1. 进行序列比对，如利用bioedit的clustal比对，获得alignment的结果；
2. 在bioedit中比较删除不相似区段的序列；
3. 新序列群进行第二次比对，获得.aln文件
4. 导入mega中建树【选择bootstrap功能，以检测树的可靠性，大于50%结果可取，大于75%比较好，越高越可靠】。
5. 选取某个遗传距离作为分类的阈值，然后决定分类情况。
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4楼2010-11-20 23:41:30
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guocen1992

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问你的phylip建树的置信度是怎么显示出来的呢，我的是氨基酸序列，用ML法做的，可是建好树后用treeview置信度显示不出来，如下图，请问你知不知道原因呢？

1.jpg



2.jpg
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5楼2013-04-08 17:10:26
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忧游鸟

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by guocen1992 at 2013-04-08 17:10:26
请问你的phylip建树的置信度是怎么显示出来的呢，我的是氨基酸序列，用ML法做的，可是建好树后用treeview置信度显示不出来，如下图，请问你知不知道原因呢？

1.jpg

2.jpg
...

应该是设置的哪里吧 好久没用phylip建树了 后面都是用的mega mega建树的准确度和图片的质量好像要好看一些 现在的承认度也高一些 建议用mega建树
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6楼2013-04-10 10:39:40
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