24小时热门版块排行榜    

查看: 3162  |  回复: 7

1989青苹果

铁杆木虫 (职业作家)

[交流] 16S测序结果不一样什么原因? 已有3人参与

最近测了一株菌的相似性很低,于是做了个新种鉴定,今天再次测了一下我的菌(16S PCR产物直接测序,半个反应,以前比对是做的克隆测序,整个反应的)发现属名都变了,但是相似度还是很低,和原来差不多,这是什么原因呢?有没有人遇到过同样的情况?
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

测序相关问题

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

仰望天空。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Sthunder

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不明白你说的变了是什么意思。如果你说同一株菌,两次测序结果不同的话,我觉得你的菌可能被污染了,或者你在PCR或者模板制备过程中被污染。下次跑PCR的时候记得做个阴性对照,以排除PCR污染的可能性!Good luck!
互助互励,共奋共进!!
2楼2013-09-13 22:12:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WSW_Alone

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
有些菌16S有多个拷贝的
處世樹為模,本固任從枝葉動;立身錢作樣,內方還要外邊圓。
3楼2013-09-14 09:35:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1989青苹果

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by WSW_Alone at 2013-09-14 09:35:59
有些菌16S有多个拷贝的

这也行啊

[ 发自小木虫客户端 ]
仰望天空。
4楼2013-09-14 13:04:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1989青苹果

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Sthunder at 2013-09-13 22:12:15
不明白你说的变了是什么意思。如果你说同一株菌,两次测序结果不同的话,我觉得你的菌可能被污染了,或者你在PCR或者模板制备过程中被污染。下次跑PCR的时候记得做个阴性对照,以排除PCR污染的可能性!Good luck!

作对照的

[ 发自小木虫客户端 ]
仰望天空。
5楼2013-09-14 13:04:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WSW_Alone

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 1989青苹果 at 2013-09-14 13:04:20
这也行啊
...

所以现在做高通量的时候要选好引物啊
一般是V4V5区 只会高估3%
其他区最高高估12%呢
處世樹為模,本固任從枝葉動;立身錢作樣,內方還要外邊圓。
6楼2013-09-14 20:42:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ganshihualuo

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by WSW_Alone at 2013-09-14 09:35:59
有些菌16S有多个拷贝的

16S的不同拷贝有可能跳属吗?
7楼2014-12-02 11:31:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1989青苹果

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
6楼: Originally posted by WSW_Alone at 2013-09-14 20:42:18
所以现在做高通量的时候要选好引物啊
一般是V4V5区 只会高估3%
其他区最高高估12%呢...

很有道理。

[ 发自小木虫客户端 ]
仰望天空。
8楼2014-12-02 12:09:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 学员PkShJR 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 0XLacIJUOj8D 2026-08-24 8/400 2026-08-25 05:12 by BZKMTicpDhFj
[基金申请] 明天应该可查了!? +5 chengyan1220 2026-08-23 5/250 2026-08-24 23:28 by 我4大白菜
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +7 图啦图啦 2026-08-24 8/400 2026-08-24 22:00 by maomao_da
[基金申请] 我面上完蛋了 +9 且听虎啸 2026-08-20 10/500 2026-08-24 20:08 by 苦寒来香
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +17 羊腰板 2026-08-21 19/950 2026-08-24 16:52 by iaeyuan
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 估计是周四 +4 archvillain 2026-08-18 4/200 2026-08-24 13:53 by zzuzxg
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +6 炎黄贵胄 2026-08-22 7/350 2026-08-24 11:58 by 6543yes
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 17/850 2026-08-24 10:20 by echo8914667
[基金申请] 科研孤儿太难了 +18 我4大白菜 2026-08-20 19/950 2026-08-24 09:47 by 凯恩广盛催化分
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
请填处理意见