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1989青苹果

铁杆木虫 (职业作家)

[交流] 16S测序结果不一样什么原因? 已有3人参与

最近测了一株菌的相似性很低,于是做了个新种鉴定,今天再次测了一下我的菌(16S PCR产物直接测序,半个反应,以前比对是做的克隆测序,整个反应的)发现属名都变了,但是相似度还是很低,和原来差不多,这是什么原因呢?有没有人遇到过同样的情况?
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仰望天空。
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Sthunder

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不明白你说的变了是什么意思。如果你说同一株菌,两次测序结果不同的话,我觉得你的菌可能被污染了,或者你在PCR或者模板制备过程中被污染。下次跑PCR的时候记得做个阴性对照,以排除PCR污染的可能性!Good luck!
互助互励,共奋共进!!
2楼2013-09-13 22:12:15
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WSW_Alone

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
有些菌16S有多个拷贝的
處世樹為模,本固任從枝葉動;立身錢作樣,內方還要外邊圓。
3楼2013-09-14 09:35:59
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1989青苹果

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by WSW_Alone at 2013-09-14 09:35:59
有些菌16S有多个拷贝的

这也行啊

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仰望天空。
4楼2013-09-14 13:04:20
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1989青苹果

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Sthunder at 2013-09-13 22:12:15
不明白你说的变了是什么意思。如果你说同一株菌,两次测序结果不同的话,我觉得你的菌可能被污染了,或者你在PCR或者模板制备过程中被污染。下次跑PCR的时候记得做个阴性对照,以排除PCR污染的可能性!Good luck!

作对照的

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仰望天空。
5楼2013-09-14 13:04:32
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WSW_Alone

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 1989青苹果 at 2013-09-14 13:04:20
这也行啊
...

所以现在做高通量的时候要选好引物啊
一般是V4V5区 只会高估3%
其他区最高高估12%呢
處世樹為模,本固任從枝葉動;立身錢作樣,內方還要外邊圓。
6楼2013-09-14 20:42:18
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ganshihualuo

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by WSW_Alone at 2013-09-14 09:35:59
有些菌16S有多个拷贝的

16S的不同拷贝有可能跳属吗?
7楼2014-12-02 11:31:26
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1989青苹果

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
6楼: Originally posted by WSW_Alone at 2013-09-14 20:42:18
所以现在做高通量的时候要选好引物啊
一般是V4V5区 只会高估3%
其他区最高高估12%呢...

很有道理。

[ 发自小木虫客户端 ]
仰望天空。
8楼2014-12-02 12:09:27
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