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coolairen

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】关于16srRNA菌种鉴定问题 已有3人参与

第一次发帖,好紧张

    自己筛了一株细菌,对其进行了诱变,拿到北京一个民营的菌种鉴定中心进行16srRNA的鉴定,结果出来后,去NCBI进行比对,发现诱变前后两株菌不是一个种,本来是想比较诱变前后基因序列的变化,现在显示竟然不是一株菌,心里那个凉啊。
    我对分子生物学不是很懂,在这里请教一下高手:对细菌进行诱变后,会使细菌的种属发生改变吗?我还怀疑是不是鉴定中心的人给搞错了,他们说比对的时候减去前面的50个碱基和后面150个碱基,我不明白是什么意思?是不是前面50个碱基里有引物片段,不准确?

   请高手指点。多谢了
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天龙n部

金虫 (小有名气)


coolairen(金币+1):谢谢参与
silicare:pfu 2010-10-16 15:06:28
coolairen(金币+1):谢谢,多明白了一些。16s不是我自己做的,北京的这家公司做的。PCR具体用的什么东西我不知道,也不是很懂,这个我要问问这家公司 2010-10-16 18:10:46
16s是你自己做的吗(我指基因操作)?前面和后面切点式为了切掉通用引物片段。一般诱变种属不会变。你PCR用的是puf酶吗?测序的一半都用高保真的酶的。还有你想比较诱变后基因的变化,也不是比较16s啊16s还是很保守序列啊。
2楼2010-10-16 14:19:59
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stliimoon

金虫 (小有名气)

★ ★
coolairen(金币+1):谢谢参与
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-10-16 14:50:34
实在是不明白你做过诱变后,去做16sRNA鉴定是做什么用的,16sRNA是用来鉴定菌种的,你要是不知道你的菌是什么种属,才去做菌种鉴定,你这都知道是什么菌了,去做什么啊,先不管你做的成功不成功,你这方法有点问题吧。
其次,你诱变后是用来做什么的,你先看诱变后对你要的东西有没有变,要是变了再找寻相关的基因序列和蛋白表达等的变化。
你原来的菌种已经已知种属了吗?要是已知的或是鉴定过,那么有可能是聚合酶的问题或提基因组时养菌染菌了。要是没有明确鉴定过,请确认一下通用引物是不是有什么问题。
3楼2010-10-16 14:42:55
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silicare

荣誉版主 (文坛精英)

合伙创业版兼职版主

优秀版主


coolairen(金币+1):谢谢参与
眼前的证据表明,你的菌可能被污染了
4楼2010-10-16 15:06:49
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microxy

铁杆木虫 (著名写手)


coolairen(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by silicare at 2010-10-16 15:06:49:
眼前的证据表明,你的菌可能被污染了

材料污染!!
5楼2010-10-18 14:56:45
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girlfisher

金虫 (小有名气)


coolairen(金币+1):谢谢参与
coolairen(金币+1): 2010-10-18 21:08:32
用克隆测序,把两头引物都找到以后再说一样不一样。
6楼2010-10-18 17:36:23
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coolairen

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by girlfisher at 2010-10-18 17:36:23:
用克隆测序,把两头引物都找到以后再说一样不一样。

请问您说的是什么意思,能具体一下吗?
7楼2010-10-18 21:10:08
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girlfisher

金虫 (小有名气)

★ ★
scelab(金币+2):谢谢交流 2010-10-18 21:34:38
直接PCR测序的话,你的目标16s基因中两头各50bp左右序列是无法测准的,所以你的引物常常找不到,只有把PCR产物克隆到载体上,用载体的引物和载体上大约100多bp的片断作为不准确测序的炮灰,才能获得准确的带有你引物的序列。
8楼2010-10-18 21:33:19
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fwcyue

木虫 (正式写手)


coolairen(金币+1):谢谢参与
诱变是不会改变种属的,送去鉴定的PCR产物有没有做克隆啊
9楼2010-10-18 22:19:42
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coolairen

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by girlfisher at 2010-10-18 21:33:19:
直接PCR测序的话,你的目标16s基因中两头各50bp左右序列是无法测准的,所以你的引物常常找不到,只有把PCR产物克隆到载体上,用载体的引物和载体上大约100多bp的片断作为不准确测序的炮灰,才能获得准确的带有你引 ...

请问,有没有这种可能:在诱变过程中,细菌的16srRNA,即保守序列会不会发生很大的变化?
10楼2010-10-20 21:54:43
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