应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】关于16srRNA菌种鉴定问题
151/2返回列表12下一页
查看: 3461  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

coolairen

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】关于16srRNA菌种鉴定问题 已有3人参与

第一次发帖，好紧张

    自己筛了一株细菌，对其进行了诱变，拿到北京一个民营的菌种鉴定中心进行16srRNA的鉴定，结果出来后，去NCBI进行比对，发现诱变前后两株菌不是一个种，本来是想比较诱变前后基因序列的变化，现在显示竟然不是一株菌，心里那个凉啊。
    我对分子生物学不是很懂，在这里请教一下高手：对细菌进行诱变后，会使细菌的种属发生改变吗？我还怀疑是不是鉴定中心的人给搞错了，他们说比对的时候减去前面的50个碱基和后面150个碱基，我不明白是什么意思？是不是前面50个碱基里有引物片段，不准确？

   请高手指点。多谢了
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-10-16 11:07:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天龙n部

金虫 (小有名气)
★
coolairen(金币+1):谢谢参与
silicare:pfu 2010-10-16 15:06:28
coolairen(金币+1):谢谢，多明白了一些。16s不是我自己做的，北京的这家公司做的。PCR具体用的什么东西我不知道，也不是很懂，这个我要问问这家公司 2010-10-16 18:10:46
16s是你自己做的吗（我指基因操作）？前面和后面切点式为了切掉通用引物片段。一般诱变种属不会变。你PCR用的是puf酶吗？测序的一半都用高保真的酶的。还有你想比较诱变后基因的变化，也不是比较16s啊16s还是很保守序列啊。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-10-16 14:19:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stliimoon

金虫 (小有名气)
★ ★
coolairen(金币+1):谢谢参与
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-10-16 14:50:34
实在是不明白你做过诱变后，去做16sRNA鉴定是做什么用的，16sRNA是用来鉴定菌种的，你要是不知道你的菌是什么种属，才去做菌种鉴定，你这都知道是什么菌了，去做什么啊，先不管你做的成功不成功，你这方法有点问题吧。
其次，你诱变后是用来做什么的，你先看诱变后对你要的东西有没有变，要是变了再找寻相关的基因序列和蛋白表达等的变化。
你原来的菌种已经已知种属了吗？要是已知的或是鉴定过，那么有可能是聚合酶的问题或提基因组时养菌染菌了。要是没有明确鉴定过，请确认一下通用引物是不是有什么问题。
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-10-16 14:42:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

silicare

荣誉版主 (文坛精英)

合伙创业版兼职版主

优秀版主
★
coolairen(金币+1):谢谢参与
眼前的证据表明，你的菌可能被污染了
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-10-16 15:06:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

microxy

铁杆木虫 (著名写手)
★
coolairen(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by silicare at 2010-10-16 15:06:49:
眼前的证据表明，你的菌可能被污染了

材料污染！！
回复此楼
5楼2010-10-18 14:56:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

girlfisher

金虫 (小有名气)
★
coolairen(金币+1):谢谢参与
coolairen(金币+1): 2010-10-18 21:08:32
用克隆测序，把两头引物都找到以后再说一样不一样。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-10-18 17:36:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

coolairen

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by girlfisher at 2010-10-18 17:36:23:
用克隆测序，把两头引物都找到以后再说一样不一样。

请问您说的是什么意思，能具体一下吗？
赞一下 回复此楼
7楼2010-10-18 21:10:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

girlfisher

金虫 (小有名气)
★ ★
scelab(金币+2):谢谢交流 2010-10-18 21:34:38
直接PCR测序的话，你的目标16s基因中两头各50bp左右序列是无法测准的，所以你的引物常常找不到，只有把PCR产物克隆到载体上，用载体的引物和载体上大约100多bp的片断作为不准确测序的炮灰，才能获得准确的带有你引物的序列。
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2010-10-18 21:33:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fwcyue

木虫 (正式写手)
★
coolairen(金币+1):谢谢参与
诱变是不会改变种属的，送去鉴定的PCR产物有没有做克隆啊
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2010-10-18 22:19:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

coolairen

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by girlfisher at 2010-10-18 21:33:19:
直接PCR测序的话，你的目标16s基因中两头各50bp左右序列是无法测准的，所以你的引物常常找不到，只有把PCR产物克隆到载体上，用载体的引物和载体上大约100多bp的片断作为不准确测序的炮灰，才能获得准确的带有你引 ...

请问，有没有这种可能：在诱变过程中，细菌的16srRNA，即保守序列会不会发生很大的变化？
赞一下 回复此楼
10楼2010-10-20 21:54:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 coolairen 的主题更新
151/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 长年满屏的广告，版主太不责任了。基金也等的急 +4 gltch 2026-08-12 4/200 2026-08-12 16:08 by eulota
[基金申请] filecode +13 documentary 2026-08-10 15/750 2026-08-12 15:56 by 云上清扬
[论文投稿] 职称评审，求友友推荐见刊最快的期刊 +4 工厂打螺丝 2026-08-08 4/200 2026-08-12 09:18 by hansi2025
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +3 布布和一二 2026-08-11 4/200 2026-08-11 15:20 by aasahr
[基金申请] 基金中了 +15 laoda193707 2026-08-06 15/750 2026-08-11 00:11 by jiafei2190
[基金申请] 静等基金结果 +5 gjjjzhong 2026-08-10 16/800 2026-08-10 17:19 by Tide man
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读？ +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭