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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 16S测序结果不一样什么原因？
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1989青苹果

铁杆木虫 (职业作家)

[交流] 16S测序结果不一样什么原因？ 已有3人参与

最近测了一株菌的相似性很低，于是做了个新种鉴定，今天再次测了一下我的菌（16S PCR产物直接测序，半个反应，以前比对是做的克隆测序，整个反应的）发现属名都变了，但是相似度还是很低，和原来差不多，这是什么原因呢？有没有人遇到过同样的情况？
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仰望天空。
1楼 2013-09-13 20:33:23
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Sthunder

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
不明白你说的变了是什么意思。如果你说同一株菌，两次测序结果不同的话，我觉得你的菌可能被污染了，或者你在PCR或者模板制备过程中被污染。下次跑PCR的时候记得做个阴性对照，以排除PCR污染的可能性！Good luck！
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互助互励，共奋共进！！
2楼2013-09-13 22:12:15
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WSW_Alone

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
有些菌16S有多个拷贝的
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處世樹為模，本固任從枝葉動；立身錢作樣，內方還要外邊圓。
3楼2013-09-14 09:35:59
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1989青苹果

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by WSW_Alone at 2013-09-14 09:35:59
有些菌16S有多个拷贝的

这也行啊

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仰望天空。
4楼2013-09-14 13:04:20
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1989青苹果

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Sthunder at 2013-09-13 22:12:15
不明白你说的变了是什么意思。如果你说同一株菌，两次测序结果不同的话，我觉得你的菌可能被污染了，或者你在PCR或者模板制备过程中被污染。下次跑PCR的时候记得做个阴性对照，以排除PCR污染的可能性！Good luck！

作对照的

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仰望天空。
5楼2013-09-14 13:04:32
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WSW_Alone

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 1989青苹果 at 2013-09-14 13:04:20
这也行啊
...

所以现在做高通量的时候要选好引物啊
一般是V4V5区 只会高估3%
其他区最高高估12%呢
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處世樹為模，本固任從枝葉動；立身錢作樣，內方還要外邊圓。
6楼2013-09-14 20:42:18
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ganshihualuo

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by WSW_Alone at 2013-09-14 09:35:59
有些菌16S有多个拷贝的

16S的不同拷贝有可能跳属吗？
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7楼2014-12-02 11:31:26
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1989青苹果

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by WSW_Alone at 2013-09-14 20:42:18
所以现在做高通量的时候要选好引物啊
一般是V4V5区 只会高估3%
其他区最高高估12%呢...

很有道理。

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仰望天空。
8楼2014-12-02 12:09:27
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