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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 一个菌株和最高同源性的菌，构建系统发育树两个菌不在一起
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太行山1986

银虫 (小有名气)

[求助] 一个菌株和最高同源性的菌，构建系统发育树两个菌不在一起 已有1人参与

一个菌株和最高同源性的菌，构建系统发育树两个菌不在一起，而是和其他同源性低点的菌株在一起，我的问题是这是什么原因？若要鉴定该菌株要和哪个一起实验才合理？
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1楼 2013-07-03 17:26:26
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回帖置顶 ( 共有1个 )

416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
laozuzunzhe: MicEPI+1, good! 2013-07-07 13:14:46
太行山1986: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-07-09 11:03:56
① Identification≠构树时可信度也高，构建进化树时是否在同一簇除了与同源性高低有关外，序列之间同源的可信度高低也很大关系的；比如a和b碱基15不一样，a和c28不一样，结果是不一样的；
② 进化树是判断进化地位的图谱，体现出来的是进化距离。你选的那些序列跟你的序列放一起构建进化树，如果彼此之间刚好就缺了某一个很关键的“中间型”种，你没拿进来，可能就不成簇了；
③ 构建进化树选择序列，最好是同一个属不同种的都挑一个，最多2-3个，要反复挑选，选出最好的那一个。如果你要构建更大的树，比如涉及到不同的科或者其他，可能选择序列又要考虑更多了，反正选择序列是体力活；
④ 现在NCBI提交的很多序列，都是不完整、不准确的，说不定测序错误，甚至也难保有测序公司给你瞎搞吧？现在的NCBI数据库很乱的，里面有个专家库，里面的东西就比较科学、准确。

综上，很多因素哈！做个比较适当的树就行了。
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做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
10楼2013-07-07 07:59:36
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

snqguang

新虫 (小有名气)
是不是系统发育树本身做得有问题？
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2楼2013-07-04 08:06:44
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见神一笑

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
太行山1986: 金币+5 2013-07-05 16:10:40
引用回帖:
4楼: Originally posted by happycctv111 at 2013-07-04 21:09:23
同源性不都是从NCBI上检索到的吗？然后拿这个检索结果去构建发育树  请问构建发育树的软件也可以检索同源性菌？...

算法不一样，当然结果也会有所差别。你用哪个软件构建的发育树，就有哪个来算同源性。Mega就既可以算同源性，也可以建树。还有楼下说的非常对，构建发育树时要把头尾的无效序列去掉，不仅这样，算同源性的时候也要去掉无效序列。
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好好努力
6楼2013-07-05 07:35:54
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普通回帖

见神一笑

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
太行山1986: 金币+4, ★有帮助 2013-07-05 16:10:14
laozuzunzhe: 金币+3, 鼓励应助交流！ 2013-07-06 15:20:05
你这个同源性的高低是用作系统发育树的软件算出来的吗？如果是用别的软件或方法算的，那到了作系统发育树的软件那里可能又不一样了，因为算法不一样。
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好好努力
3楼2013-07-04 16:16:58
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happycctv111

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 见神一笑 at 2013-07-04 16:16:58
你这个同源性的高低是用作系统发育树的软件算出来的吗？如果是用别的软件或方法算的，那到了作系统发育树的软件那里可能又不一样了，因为算法不一样。

同源性不都是从NCBI上检索到的吗？然后拿这个检索结果去构建发育树  请问构建发育树的软件也可以检索同源性菌？
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4楼2013-07-04 21:09:23
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wxldynasty

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
太行山1986: 金币+5, ★有帮助 2013-07-05 16:10:30
laozuzunzhe: 金币+3, 鼓励应助！ 2013-07-06 15:20:32
构建发育树需要掐头去尾。用不同的算法构建发育树，看得到的聚类结果是否一致。构建发育树时引入外源属的相关序列。
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励志追求，虚悟乾坤~
5楼2013-07-05 06:59:30
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太行山1986

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 见神一笑 at 2013-07-05 07:35:54
算法不一样，当然结果也会有所差别。你用哪个软件构建的发育树，就有哪个来算同源性。Mega就既可以算同源性，也可以建树。还有楼下说的非常对，构建发育树时要把头尾的无效序列去掉，不仅这样，算同源性的时候也要 ...

采用MAGA5.05软件的Kimura2-parameter方法对菌株系列计算进化距离，neighbor-joining方法构建系统发育分析，1000次随机抽样，以自引导值（Bootstrap），评估系统发育的置信度（Kumar et al.,2004），头尾也去掉了，很奇怪的现象，我做其他的菌没有问题，就是有两个菌有这种现象，同源性和最高的95%多。
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7楼2013-07-05 16:09:50
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见神一笑

木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 太行山1986 at 2013-07-05 16:09:50
采用MAGA5.05软件的Kimura2-parameter方法对菌株系列计算进化距离，neighbor-joining方法构建系统发育分析，1000次随机抽样，以自引导值（Bootstrap），评估系统发育的置信度（Kumar et al.,2004），头尾也去掉了， ...

用NCBI算出来的同源性呢？还有算进行距离一般用p-distance吧
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好好努力
8楼2013-07-06 09:51:03
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rayn27

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
7楼: Originally posted by 太行山1986 at 2013-07-05 16:09:50
采用MAGA5.05软件的Kimura2-parameter方法对菌株系列计算进化距离，neighbor-joining方法构建系统发育分析，1000次随机抽样，以自引导值（Bootstrap），评估系统发育的置信度（Kumar et al.,2004），头尾也去掉了， ...

楼主是否考虑是新菌？95%可能是新属了，当然，这是在序列和算法没问题的前提下，菌株是否是克隆测序？掐头去尾也不是随便去的啊，。。。
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9楼2013-07-06 11:46:30
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