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太行山1986

银虫 (小有名气)

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[求助] 一个菌株和最高同源性的菌，构建系统发育树两个菌不在一起已有1人参与

一个菌株和最高同源性的菌，构建系统发育树两个菌不在一起，而是和其他同源性低点的菌株在一起，我的问题是这是什么原因？若要鉴定该菌株要和哪个一起实验才合理？

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1楼 2013-07-03 17:26:26

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416114799

至尊木虫 (知名作家)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
laozuzunzhe: MicEPI+1, good! 2013-07-07 13:14:46
太行山1986: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-07-09 11:03:56

① Identification≠构树时可信度也高，构建进化树时是否在同一簇除了与同源性高低有关外，序列之间同源的可信度高低也很大关系的；比如a和b碱基15不一样，a和c28不一样，结果是不一样的；
② 进化树是判断进化地位的图谱，体现出来的是进化距离。你选的那些序列跟你的序列放一起构建进化树，如果彼此之间刚好就缺了某一个很关键的“中间型”种，你没拿进来，可能就不成簇了；
③ 构建进化树选择序列，最好是同一个属不同种的都挑一个，最多2-3个，要反复挑选，选出最好的那一个。如果你要构建更大的树，比如涉及到不同的科或者其他，可能选择序列又要考虑更多了，反正选择序列是体力活；
④ 现在NCBI提交的很多序列，都是不完整、不准确的，说不定测序错误，甚至也难保有测序公司给你瞎搞吧？现在的NCBI数据库很乱的，里面有个专家库，里面的东西就比较科学、准确。

综上，很多因素哈！做个比较适当的树就行了。