应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 霉菌18SrDNA鉴定，构建发育树的问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
71/1返回列表
查看: 1630  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

tdl666

铜虫 (初入文坛)

[求助] 霉菌18SrDNA鉴定，构建发育树的问题

小弟在分子生物学上是小白一个，将一株菌（斜面）送出去做18SrDNA测序后，在ncbi上blast出一些相似性较高的序列，发现序列相似度在99%以上的为Lichtheimia ramosa横梗霉属和Absidia corymbifera犁头霉属， 而序列翻译成蛋白后存在很多断点，没有完整的开放式阅读框；用NJ法建树后看不出它的同源性，呈独立的分支，
  也有的说这是Lichtheimia ramosa和Absidia corymbifera同一类菌，但小弟的发育树作不来，用EzTaxon server 2.1比对发表过的最高的是菌株Mycosphaerella mycopappi ATCC 64711，才80.605%，但菌株形态学上很像犁头霉，我打电话问鉴定机构后，说我的菌种就那样，出现这种情况是我菌株自身的问题，不是他们测得不准，请问大家觉得是他们测得不准，还是我发育树做的不好，但小弟做其他菌的发育树一般都没问题。分离的菌株       
和数据库比较相似度较高的菌株        相似度（%）
MA-1        Absidia corymbifera(AF113408)        99.71
        Lichtheimia ramosa(JQ004932)        99.65
        Lichtheimia ramosa(JQ004933)        99.53
        Absidia corymbifera(AF113407)        98.43
        Lichtheimia corymbifera(JQ004931)        98.43
        Absidia blakesleeana(AF157117)        97.92
        Dichotomocladium elegans(AF157131)        90.42
        Absidia idahoensis(EU826361)        99.64
        Lichtheimia ramosa(JQ775424)        100.00
        Lichtheimia ramosa(JQ775419)        99.91
        Lichtheimia ramosa(JQ775458)        100.00
        Lichtheimia ramosa(JQ775456)        100.00
        Absidia hyalospora(EU826360)        97.77
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-01-05 19:25:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

oldflying

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
会不会是软件的问题呢？我以前用的是Mega建的系统发育树，但具体怎么样我也不是很懂。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

tdl666
一个人的努力和坚持！
2楼2013-01-05 19:46:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tdl666

铜虫 (初入文坛)
还有菌种鉴定机构建议我再做ITS序列，但也不保证结果，这个有道理吗？
赞一下 回复此楼
3楼2013-01-05 19:50:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tdl666

铜虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by oldflying at 2013-01-05 19:46:23
会不会是软件的问题呢？我以前用的是Mega建的系统发育树，但具体怎么样我也不是很懂。

我也找了很多人做了，用的也是Mega，虽然树建的不大一样，但都做的在一个分支上，序列很奇怪。
赞一下 回复此楼
4楼2013-01-05 19:53:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

oldflying

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by oldflying at 2013-01-05 19:46:23
会不会是软件的问题呢？我以前用的是Mega建的系统发育树，但具体怎么样我也不是很懂。

可以用其它标签再做一下，应该也多花不了多少时间。
赞一下(1人) 回复此楼
一个人的努力和坚持！
5楼2013-01-05 20:06:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

拂袖江湖

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857: 金币+1, 鼓励应助 2013-01-06 22:46:58
真菌的18s变异率太低，及时是真菌通用的ITS在对某些毛霉也不太合适，现在普遍地做法是用多基因建树，你可以尝试多p几个基因片段 组合在一起建树
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2013-01-06 08:48:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tdl666

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 拂袖江湖 at 2013-01-06 08:48:59
真菌的18s变异率太低，及时是真菌通用的ITS在对某些毛霉也不太合适，现在普遍地做法是用多基因建树，你可以尝试多p几个基因片段 组合在一起建树

这个不是很懂，不过我会查查相关资料，谢谢了啊
赞一下 回复此楼
7楼2013-01-06 09:37:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tdl666 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 308求调剂 +3 终不似从前 2026-04-05 3/150 2026-04-05 22:23 by hemengdong
[硕博家园] 0856材料化工求调剂，一志愿211，初试成绩349 +3 江淮北月 2026-04-05 3/150 2026-04-05 20:31 by 啵啵啵0119
[考研] 328分调剂 +6 门men 2026-04-04 6/300 2026-04-05 13:40 by imissbao
[考研] 318求调剂 +11 ykyhsa 2026-04-05 13/650 2026-04-05 12:44 by aidndnjck
[考研] 求调剂 +3 电气小神童 2026-04-04 3/150 2026-04-05 10:17 by barlinike
[考博] 申博 +7 IQwQl 2026-04-04 7/350 2026-04-04 23:32 by mumin1990
[考研] 考研调剂 +5 四川王涛 2026-04-04 5/250 2026-04-04 22:18 by 啵啵啵0119
[考研] 325求调剂 +4 春风不借意 2026-04-04 4/200 2026-04-04 22:08 by 啵啵啵0119
[考研] 一志愿华北电力大学（北京），材料科学与工程学硕265，求调剂 +11 yelck 2026-04-03 12/600 2026-04-04 19:52 by dongzh2009
[考研] 材料调剂 +11 吴棂颖！ 2026-04-03 11/550 2026-04-04 09:56 by 小小树2024
[考研] 282求调剂 +20 ycy1201 2026-04-01 22/1100 2026-04-04 00:42 by userper
[考研] 326分求调剂 +3 于是乎呢 2026-04-01 5/250 2026-04-03 14:23 by 于是乎呢
[考研] 085501一志愿天工大，机械专硕求调剂，跨材料 +3 33上 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:08 by 1753564080
[考研] 325分化学调剂 +5 15771691647 2026-04-02 5/250 2026-04-03 09:58 by ChemPharm
[考研] 262求调剂 +6 励志一定发文章 2026-04-02 7/350 2026-04-03 09:54 by linyelide
[考研] 372分材料与化工（085600）一志愿湖南大学求调剂 +5 蓝笺片 2026-04-02 6/300 2026-04-02 21:37 by dongzh2009
[考研] 调剂 +3 好好读书。 2026-04-01 6/300 2026-04-02 15:49 by liumengping
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-01 12/600 2026-04-02 09:15 by olim
[考研] 349求调剂 +6 吃的不少 2026-04-01 6/300 2026-04-01 17:55 by JYD2011
[考研] 一志愿北交材料工程总分358 +5 cs0106 2026-04-01 7/350 2026-04-01 11:45 by wangjy2002
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭