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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » MEGA建树步骤,可以使用基因片段吗？
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llp19870610

铜虫 (正式写手)

[求助] MEGA建树步骤,可以使用基因片段吗？

MEGA建树步骤,可以使用基因片段吗？
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1楼 2013-04-02 23:27:57
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

niushuaiji

金虫 (正式写手)

不放弃的小鸟

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+1, 谢谢参与。“单纯的以核苷酸序列进行比较没有多大意义”取决于实验目的，不绝对。 2013-04-05 05:36:45
可以使用基因片段，特别是一个基因编码的蛋白有几个重复的保守域时，分段比对、建树可以分析不同保守域的进化过程；不过，由于密码子的兼并性，个人建议翻译成蛋白之后再建树，单纯的以核苷酸序列进行比较没有多大意义！
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Tobeornottobe,that'saproblem
5楼2013-04-04 11:49:37
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
要看你的实验目的。你得到的进化树只反应你所选用的序列。如果你的基因片段是保守区，那就没什么大意思，比如是一个长基因中的唯一高变区，那这样得到的结果和用整个长基因差别不大。
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2楼2013-04-03 08:17:04
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
基因片段可以使用，不过要确定几个问题。
1.是线粒体还是细胞核基因。
2.是否受到选择。
3.序列长度和信息量。
4.你要做什么？
  祝好！
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将相本无种★男儿当自强
3楼2013-04-03 14:37:50
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llp19870610

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by weiruoxun at 2013-04-04 00:53:28
MEGA建树一般只能用于NJ法，如果真要建树的话推荐使用PAUP、PhyML和MrBayes建树。
当然，如果你只是随便算算，不想得到很好的系统发育的结果的话用MEGA也可以。

能不能给我发送一个软件，O(∩_∩)O谢谢
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8楼2013-04-04 17:26:46
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★
llp19870610: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-04-04 19:25:42
引用回帖:
7楼: Originally posted by llp19870610 at 2013-04-04 17:26:09
细胞核里的一个基因家族共9个基因，我只扩增了各个基因的4到7外显子片段，长度相对原长的30%吧，就是想把我自己扩增片段对应归类，但是做出来的结果不是理想状态。...

你这个要求更倾向于build alignment，用clustal更好些。
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10楼2013-04-04 17:42:26
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普通回帖

weiruoxun

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+5, 应助指数-1, 首贴奖励，不过你的回答更倾向于交流，而不是回答问题 2013-04-04 07:55:38
MEGA建树一般只能用于NJ法，如果真要建树的话推荐使用PAUP、PhyML和MrBayes建树。
当然，如果你只是随便算算，不想得到很好的系统发育的结果的话用MEGA也可以。
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4楼2013-04-04 00:53:28
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llp19870610

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-04-03 08:17:04
要看你的实验目的。你得到的进化树只反应你所选用的序列。如果你的基因片段是保守区，那就没什么大意思，比如是一个长基因中的唯一高变区，那这样得到的结果和用整个长基因差别不大。

我想分离一个基因家族，现在克隆的基因片段想归类下，一共九个基因的相对应片段，可以做吗？
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6楼2013-04-04 17:22:17
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llp19870610

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by rommel1941 at 2013-04-03 14:37:50
基因片段可以使用，不过要确定几个问题。
1.是线粒体还是细胞核基因。
2.是否受到选择。
3.序列长度和信息量。
4.你要做什么？
  祝好！

细胞核里的一个基因家族共9个基因，我只扩增了各个基因的4到7外显子片段，长度相对原长的30%吧，就是想把我自己扩增片段对应归类，但是做出来的结果不是理想状态。
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7楼2013-04-04 17:26:09
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llp19870610

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by niushuaiji at 2013-04-04 11:49:37
可以使用基因片段，特别是一个基因编码的蛋白有几个重复的保守域时，分段比对、建树可以分析不同保守域的进化过程；不过，由于密码子的兼并性，个人建议翻译成蛋白之后再建树，单纯的以核苷酸序列进行比较没有多大意 ...

细胞核里的一个基因家族共9个基因，我只扩增了各个基因的4到7外显子片段，长度相对原长的30%吧，就是想把我自己扩增片段对应归类，但是做出来的结果不是理想状态。如果翻译成蛋白是不是就更分不开了？
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9楼2013-04-04 17:27:44
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