版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

返回列表

greatsaint

银虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 390.8
散金: 10
帖子: 193
在线: 15.4小时
虫号: 587599
注册: 2008-08-22
性别: GG
专业: 环境微生物学

[交流] 【求助/交流】如何blast比对及建树？已有4人参与

如何将十几二十个DNA序列进行blast比对，比对后又如何构建进化树？

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

1楼 2010-02-05 21:31:07

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

won7

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 954
散金: 55
帖子: 297
在线: 61.2小时
虫号: 19911
注册: 2003-07-30
性别: GG
专业: 水产资源与保护学

★
greatsaint(金币+1):谢谢参与
greatsaint(金币+1):谢谢！ 2010-02-05 21:52

看来你是初学着，把BLAST和比对混为一谈。BLAST是相似性检索，到http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi去完成。比对较简单的方法是把序列在记事本上做成FASTA格式，如
> sequence name1
ACTGTGACCG(你的序列)
> sequence name2
ACTGTGACCG(你的序列)
.
.
.
保存成txt或fas格式，用MEGA打开，进行比对。比对好了后，保存MEG格式，就可以在MEGA是分析了：序列信息、构树等。

赞一下(1人)

回复此楼

2楼2010-02-05 21:42:48

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

greatsaint

银虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 390.8
散金: 10
帖子: 193
在线: 15.4小时
虫号: 587599
注册: 2008-08-22
性别: GG
专业: 环境微生物学

引用回帖:

Originally posted by won7 at 2010-02-05 21:42:48:
看来你是初学着，把BLAST和比对混为一谈。BLAST是相似性检索，到http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi去完成。比对较简单的方法是把序列在记事本上做成FASTA格式，如
> sequence name1
ACTGT ...

请问Blast与MEGA、Clustal又是什么关系呢？谢谢！

赞一下

回复此楼

3楼2010-02-05 22:02:25

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

won7

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 954
散金: 55
帖子: 297
在线: 61.2小时
虫号: 19911
注册: 2003-07-30
性别: GG
专业: 水产资源与保护学

greatsaint(金币+1):谢谢 2010-02-06 14:20

引用回帖:

Originally posted by greatsaint at 2010-02-05 22:02:25:

请问Blast与MEGA、Clustal又是什么关系呢？谢谢！

没有什么太多关系。BLAST是在GenBank上的做相似性检索的工具，MEGA是一个进行序列分析的软件。Clustal用于序列比对。尽管这三个工具均能显示相似的结果，如均能显示系统树的结构，但使用的模型不同，很少有SCI文献使用BLAST和Clustal的树。MEGA上的比对引用Clustal的核心程序，比对的效果是一样的，但比对结果可以保存的格式不同，MEGA只能保存MEG和FAS两种，而Clustal可保存多种格式。

[ Last edited by won7 on 2010-2-6 at 09:55 ]

赞一下

回复此楼

4楼2010-02-06 09:54:33

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖