| 查看: 3848 | 回复: 23 | |||
greatsaint银虫 (小有名气)
|
[交流]
【求助/交流】如何blast比对及建树？ 已有4人参与
|
| 如何将十几二十个DNA序列进行blast比对，比对后又如何构建进化树？ |
回复此楼» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有214人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
-
留学--博士招生
已经有16人回复
-
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
-
湖北师范大学招调剂啦
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 已取得基因反向测序结果，要先如何处理再上blast比对？
已经有4人回复
- 如何对已经进行BLAST比对的序列进行功能预测
已经有4人回复
- 求助序列分析BLAST最简洁的教程
已经有19人回复
- 请问构建系统发育树 比对菌株的选择原则
已经有3人回复
- 建系统发育树时怎么样才能调高bootstrap值啊？送金币
已经有34人回复
- 进化树分析求助
已经有5人回复
- 求助设计好的引物怎样通过blast比对来确定引物的正确性
已经有4人回复
- 【交流】Blast比对结果解惑
已经有11人回复
- 【原创】mega建树方法
已经有225人回复
- 【求助/交流】16S rDNA测序 系统发育树构建 急！！！
已经有6人回复
- 【求助/交流】请高人帮我详尽的分析一段DNA序列
已经有17人回复
- 【求助/交流】序列分析
已经有10人回复
won7
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 954
- 散金: 55
- 帖子: 297
- 在线: 61.2小时
- 虫号: 19911
- 注册: 2003-07-30
- 性别: GG
- 专业: 水产资源与保护学
★
greatsaint(金币+1):谢谢参与
greatsaint(金币+1):谢谢！ 2010-02-05 21:52
greatsaint(金币+1):谢谢参与
greatsaint(金币+1):谢谢！ 2010-02-05 21:52
|
看来你是初学着，把BLAST和比对混为一谈。BLAST是相似性检索，到http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi去完成。比对较简单的方法是把序列在记事本上做成FASTA格式，如 > sequence name1 ACTGTGACCG(你的序列) > sequence name2 ACTGTGACCG(你的序列) . . . 保存成txt或fas格式，用MEGA打开，进行比对。比对好了后，保存MEG格式，就可以在MEGA是分析了：序列信息、构树等。 |
2楼2010-02-05 21:42:48
greatsaint
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 390.8
- 散金: 10
- 帖子: 193
- 在线: 15.4小时
- 虫号: 587599
- 注册: 2008-08-22
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
3楼2010-02-05 22:02:25
won7
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 954
- 散金: 55
- 帖子: 297
- 在线: 61.2小时
- 虫号: 19911
- 注册: 2003-07-30
- 性别: GG
- 专业: 水产资源与保护学
greatsaint(金币+1):谢谢 2010-02-06 14:20
|
没有什么太多关系。BLAST是在GenBank上的做相似性检索的工具，MEGA是一个进行序列分析的软件。Clustal用于序列比对。尽管这三个工具均能显示相似的结果，如均能显示系统树的结构，但使用的模型不同，很少有SCI文献使用BLAST和Clustal的树。MEGA上的比对引用Clustal的核心程序，比对的效果是一样的，但比对结果可以保存的格式不同，MEGA只能保存MEG和FAS两种，而Clustal可保存多种格式。 [ Last edited by won7 on 2010-2-6 at 09:55 ] |
4楼2010-02-06 09:54:33
yinzhiminghao
铁杆木虫 (职业作家)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 5846.7
- 沙发: 2
- 帖子: 3446
- 在线: 97.8小时
- 虫号: 274540
- 注册: 2006-08-26
- 性别: GG
- 专业: 有机合成
5楼2010-02-06 10:05:28
yuanbo934
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 29 (小学生)
- 金币: 25014.5
- 红花: 4
- 帖子: 2924
- 在线: 230.1小时
- 虫号: 462771
- 注册: 2007-11-19
- 性别: GG
- 专业: 微生物资源与分类学
6楼2010-02-06 10:42:50
tannjqq
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2185.8
- 红花: 1
- 帖子: 586
- 在线: 12.7小时
- 虫号: 944809
- 注册: 2010-01-19
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
7楼2010-02-06 11:42:03
beyo
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 4299.6
- 红花: 1
- 帖子: 143
- 在线: 29.9小时
- 虫号: 891461
- 注册: 2009-11-02
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
8楼2010-02-06 22:12:50
9楼2010-02-06 23:04:56
rfxu
金虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1031
- 帖子: 1017
- 在线: 6.7小时
- 虫号: 809123
- 注册: 2009-07-14
- 性别: GG
- 专业: 高分子化学与物理,材料化学
10楼2010-02-07 01:31:02
